Globale Genexpressionsanalyse Mit einem Zebrafisch Oligonukleotid-Microarray-Plattform
Summary
Gene Microarrays sind mächtige Werkzeuge in Genexpressions-Profiling bei einer genomweiten Ebene. Diese Technologie findet Anwendung in einer Vielzahl von biologischen Disziplinen Entwicklungsbiologie und Toxikologie. In diesem Video-, Detail haben wir ein Protokoll für die globale Genexpressionsanalyse mit einem umfassenden Oligonukleotid-Microarray-Plattform für die Zebrafisch.
Abstract
Gene Microarray-Technologie erlaubt die quantitative Messung und Genexpressions-Profiling von Transkripten auf einer genomweiten Basis. Gene Microarray-Technologie wird in zahlreichen biologischen Disziplinen in einer Vielzahl von Anwendungen, darunter globale Genexpressionsanalyse in Bezug auf Entwicklungsstadium, einer Krankheit Zustand verwendet, und in toxischen Reaktionen. Hierin sind wir eine Demonstration der globalen Genexpressionsanalyse mit einem umfassenden Zebrafisch-spezifischen Oligonukleotid-Microarray-Plattform. Der Zebrafisch Ausdruck Microarray-Plattform enthält 385.000 Sonden, 60 Basenpaaren Länge, verhören 37.157 Ziele mit bis zu 12 Sonden pro Target. Für diese Plattform wurden alle cDNA und genomischer Informationen für die Zebrafisch aus verschiedenen genomischen Datenbanken einschließlich Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC gesammelt ( http://genome.ucsc.edu) und ZFIN (http://www.zfin.org). Als Ergebnis dieses Ausdrucks-Array bietet eine vollständige Abdeckung des aktuellen Zebrafisch Transkriptom. Der Zebrafisch Ausdruck Microarray wurde von Roche NimbleGen (Madison, WI) gedruckt. Diese technische Demonstration umfasst die Fluoreszenzmarkierung der cDNA-Produkt, die Hybridisierung der markierten cDNA-Produkt an den Microarray-Plattform und Array-Scanning für die Signalerfassung mit dem eine Farbe Analyse-Strategie.
Protocol
Discussion
Viele Microarray-Protokolle, darunter auch die hier detailliert, verwenden fluoreszierende Farbstoffe als ein Mittel zur Messung und Quantifizierung Hybridisierung. Die Cy3 Fluoreszenzfarbstoff ist empfindlich auf ein Foto, und Ozonabbau. Es wird empfohlen, dass das Verfahren in minimal-Beleuchtung durchgeführt werden. Darüber hinaus können kleine Staubpartikel mit Hybridisierung und Scannen stören. Besondere Aufmerksamkeit sollte sicherstellen, dass die Arbeit ist sauber und frei von Staub sein.
<p class="jove_…Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Array Microcentrifuge Dryer | ISC Bioexpress | C-1303-T | ||
| BioPrime Array CGH Genomic Labeling System | Invitrogen | 18095-011 | ||
| Cyanine 3-dCTP | PerkinElmer | NEL576 | ||
| GenePix 4000B | Molecular Devices | GENEPIX 4000B | ||
| Microcon YM-30 | Millipore | 42411 | ||
| NimbleGen Array Processing Accessories | Roche NimbleGen | 5223539001 | ||
| NimbleGen Hybridization Kit | Roche NimbleGen | 5223474001 | ||
| NimbleGen Hybridization System 4 | Roche NimbleGen | 5223652001 | ||
| NimbleGen Wash Buffer Kit | Roche NimbleGen | 5223504001 | ||
| X1 Mixers | Roche NimbleGen | 5223725001 |
