Gene mundial y Análisis de Expresión utilizando una plataforma de microarrays de oligonucleótidos de pez cebra

Summary

Microarrays de genes son herramientas poderosas en el perfil de expresión génica a nivel de todo el genoma. Esta tecnología tiene aplicación en una variedad de disciplinas biológicas como la biología del desarrollo y la toxicología. En este video, se detalla un protocolo para el análisis global de la expresión génica utilizando microarrays de oligonucleótidos de una plataforma completa para el pez cebra.

Abstract

Gen la tecnología de microarrays permite la medición cuantitativa y perfiles de expresión génica de los niveles de transcripción en forma todo el genoma. Gen la tecnología de microarrays se utiliza en numerosas disciplinas biológicas en una variedad de aplicaciones, incluyendo el análisis global de la expresión génica en relación con la etapa de desarrollo, a un estado de enfermedad, y en las respuestas tóxicas. En este documento, se incluye una demostración de un análisis global de la expresión génica utilizando una amplia pez cebra-específicas de la plataforma de microarrays de oligonucleótidos. La expresión de pez cebra plataforma de microarrays contiene 385.000 sondas, 60 pares de bases de longitud, interrogando a 37.157 blancos con hasta 12 sondas por objetivo. Para esta plataforma, toda la información genómica y de cDNA para el pez cebra se obtuvieron de diversas bases de datos genómicas incluyendo Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC ( http://genome.ucsc.edu), y ZFIN (http://www.zfin.org). Como resultado de esta gama de expresión ofrece una cobertura completa de la transcriptome pez cebra actual. Los microarrays de expresión pez cebra fue impreso por Roche NimbleGen (Madison, WI). Esta demostración técnica incluye el marcaje fluorescente de un producto de cDNA, hibridación de los productos etiquetados cDNA a la plataforma de microarray y análisis de matriz para la adquisición de señales mediante la estrategia de un solo color el análisis.

Protocol

Parte 1: marcaje fluorescente de cDNA El tinte Cy3 utilizados en el experimento de microarrays es sensible a la foto-degradación. El procedimiento debe llevarse a cabo en una mínima cantidad de luz. El protocolo de etiquetado es una adaptación del sistema Array CGH BioPrime Etiquetado Genómica Manual 1. Los reactivos para la reacción de marcaje se almacenan a -20 ° C. Desde el CGH array BioPrime Genómica sistema de etiquetado descongelar 2,5 veces el tampón Prim…

Discussion

Muchos protocolos de microarrays, incluyendo el que se detalla aquí, utilice colorantes fluorescentes como un medio de medir y cuantificar la hibridación. El tinte fluorescente Cy3 es sensible a la foto y la degradación de la capa de ozono. Se recomienda que el procedimiento se llevó a cabo en un mínimo de iluminación. Además, las pequeñas partículas de polvo pueden interferir con la hibridación y la exploración. Se debe prestar especial atención a asegurarse de que el área de trabajo esté limpia y libre d…

Materials

Material Name	Type	Company	Catalogue Number	Comment
Array Microcentrifuge Dryer		ISC Bioexpress	C-1303-T
BioPrime Array CGH Genomic Labeling System		Invitrogen	18095-011
Cyanine 3-dCTP		PerkinElmer	NEL576
GenePix 4000B		Molecular Devices	GENEPIX 4000B
Microcon YM-30		Millipore	42411
NimbleGen Array Processing Accessories		Roche NimbleGen	5223539001
NimbleGen Hybridization Kit		Roche NimbleGen	5223474001
NimbleGen Hybridization System 4		Roche NimbleGen	5223652001
NimbleGen Wash Buffer Kit		Roche NimbleGen	5223504001
X1 Mixers		Roche NimbleGen	5223725001