Global Gene Expression analys med en Zebrafish plattform Oligonucleotide microarray
Summary
Gene microarrays är kraftfulla verktyg i genuttryck profilering vid ett genomet-nivå. Denna teknik har ansökan i en mängd biologiska discipliner, inbegripet utvecklingsbiologi och toxikologi. I den här videon detalj vi ett protokoll för globala genuttryck analys med en omfattande plattform oligonukleotid microarray för zebrafisk.
Abstract
Gene microarray-tekniken möjliggör kvantitativ mätning och genuttryck profilering av avskrift nivåer på arvsmassan-nivå. Gene microarray-tekniken används i ett flertal biologiska discipliner i en mängd olika tillämpningar inklusive globala genuttrycksanalys i förhållande till utvecklingsstadiet, till ett sjukdomstillstånd, och i toxiska reaktioner. Häri, inkluderar vi en demonstration av globala genuttryck analys med ett omfattande zebrafisk-specifik plattform oligonukleotid microarray. Den zebrafisk uttrycket microarray-plattform innehåller 385 tusen sonder, 60 baspar i längd, förhör 37.157 mål med upp till 12 givare per mål. För denna plattform, var cDNA och genetisk information tillgänglig för zebrafisk som samlas in från olika genomiska databaser, inklusive Ensembl (http://www.ensembl.org), Vega (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC ( http://genome.ucsc.edu) och ZFIN (http://www.zfin.org). Som en följd av detta uttryck rad ger fullständig täckning av den aktuella zebrafisk transkriptom. Den zebrafisk uttrycket microarray trycktes av Roche NimbleGen (Madison, WI). Denna tekniska demonstrationen omfattar fluorescerande märkningen av ett cDNA produkt, hybridisering av de märkta cDNA produkten till microarray plattform, och utbud söker efter signal förvärv med en strategi färganalys.
Protocol
Discussion
Många microarray protokoll, inklusive en detaljerad här, använda fluorescerande färger som ett sätt att mäta och kvantifiera hybridisering. Den Cy3 fluorescerande färg är känslig för foto och ozon nedbrytning. Det rekommenderas att förfarandet genomföras på minimal belysning. Dessutom kan små dammpartiklar störa hybridisering och skanning. Särskild uppmärksamhet bör ägnas åt att se till att arbetsområdet är rent och fritt från damm.
Det finns många alternativ till mä…
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Array Microcentrifuge Dryer | ISC Bioexpress | C-1303-T | ||
| BioPrime Array CGH Genomic Labeling System | Invitrogen | 18095-011 | ||
| Cyanine 3-dCTP | PerkinElmer | NEL576 | ||
| GenePix 4000B | Molecular Devices | GENEPIX 4000B | ||
| Microcon YM-30 | Millipore | 42411 | ||
| NimbleGen Array Processing Accessories | Roche NimbleGen | 5223539001 | ||
| NimbleGen Hybridization Kit | Roche NimbleGen | 5223474001 | ||
| NimbleGen Hybridization System 4 | Roche NimbleGen | 5223652001 | ||
| NimbleGen Wash Buffer Kit | Roche NimbleGen | 5223504001 | ||
| X1 Mixers | Roche NimbleGen | 5223725001 |
