Overview
Her introduserer vi en analyse for å måle SWIP, en atferdsmessig fenotype av C. elegans som oppstår under kraftig bevegelse som svømming. Eksempelprotokollen drøfter både manuelle og automatiserte analysetilnærminger.
Protocol
Følgende protokoll er et utdrag fra Kudumala et al, Swimming Induced Paralysis to Assess Dopamine Signaling in Caenorhabditis elegans, J. Vis. Exp. (2019).
SWIP
MERK: Vi beskriver den manuelle metoden for å vurdere SWIP i wild-type ormer behandlet med AMPH. Vi diskuterer også kort sporing av ormer og videre analyse av ormekinetikk ved hjelp av en automatisert ormesporer og en sporingsprogramvare som tidligere ble beskrevet av Hardaway et al.
-
Manuell metode for å teste for SWIP
- Aliquot 40 μL 200 mOsm/L sukroseoppløsning enten med eller uten 0,5 mM AMPH i en glassflekkplate. Under stereoskopet velger du 8-10 sen-L4-scene ormer med øyenvippe eller platinaplukk og senk plukket i platen som inneholder løsningen til ormer beveger seg av plukket og svømmer inn i løsningen. Legg merke til antall ormer som er plukket inn i brønnen, start tidtakeren, observer og registrer antall ormer som viser SWIP ved hvert minuttmerke.
- Kopier rådataene til et regneark, og beregn prosentandelen av ormer som er lammet, ved å dele antall ormer lammet i hvert minutt med totalt antall ormer som er testet gjennom hele analysen, og multipliser med 100. Kopier prosentverdiene til en hvilken som helst graf- og statistisk programvare, og tegn dataene med prosentverdier på Y-aksen og -tiden på X-aksen ved hjelp av XY-diagramformatet.
- Utfør toveis ANOVA etterfulgt av post-hoc analyse (f.eks. Bonferroni post-test) for å teste for statistisk signifikans blant kontroll, AMPH-grupper og behandlingstidspunkt.
-
Automatisert analyse av SWIP
- Utfør automatisert analyse på en enkelt orm om gangen. Protokollen for å sette opp kamera, orm tracker programvare og skript for å kjøre sporing programvare analyse er beskrevet i detalj i Hardaway et al.
- Legg kort en enkelt sen L4-scene hermafroditt i en glassflekkplate ved hjelp av et øyenvippeplukk, som beskrevet i den manuelle metoden i avsnitt 1.1.2. Ta opp svømmevideoer av en orm på den tiden og bruk ormesporerprogramvaren til å beregne frekvensen av kroppsbøyninger.
- Følg skriptet som følger med sporingsprogramvaren for å få orm thrashing frekvens og for å generere varmekart fra ormen thrashing data.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Materials
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Amphetamine | Sigma | 51-63-8 | |
Depression glass spot plate | Corning | Corning, Inc. 722085 | |
Eye lash | |||
Graphing and statistical software | Prism | Graphpad 5 | |
Osmometer | Advanced Instruments, Inc | Model 3320 | |
Spreadsheet | MS office | Microsoft Excel | |
Stereo Microscope | Zeiss | Model tlb3. 1 stemi2000 | |
Sucrose | Sigma-Aldrich | RB=S5016 | |
Superglue | Loctite | 1647358 .14 oz. | |
SwimR sofware | 10.18129/B9.bioc.SwimR | ||
Tracker 2 | Worm Tracker 2.0 | www.mrc-lmb.cam.ac.uk/wormtracker/ | |
Video recording software | Virtualdub | http://www.virtualdub.org/ |