Summary
Het huidige protocol beschrijft een methode van RNA-fluorescentie in situ hybridisatie om de lncRNA's te lokaliseren in menselijke osteosarcoomcellen.
Abstract
De belangrijke rol van lange niet-coderende RNA's (lncRNA's) bij kanker is bestudeerd, zoals het reguleren van de proliferatie, epitheliale-mesenchymale overgang (EMT), migratie, infiltratie en autofagie van kankercellen. Lokalisatiedetectie van lncRNA's in cellen kan inzicht geven in hun functies. Door het ontwerpen van de lncRNA-specifieke antisense-ketensequentie gevolgd door labeling met fluorescerende kleurstoffen, kan RNA-fluorescentie in situ hybridisatie (FISH) worden toegepast om de cellulaire lokalisatie van lncRNA's te detecteren. Samen met de ontwikkeling van microscopie maken de RNA FISH-technieken het nu zelfs mogelijk om de slecht tot expressie gebrachte lncRNA's te visualiseren. Deze methode kan niet alleen de lokalisatie van lncRNA's alleen detecteren, maar ook de colokalisatie van andere RNA's, DNA of eiwitten detecteren door gebruik te maken van tweekleurige of meerkleurige immunofluorescentie. Hier hebben we de gedetailleerde experimentele werkingsprocedure en voorzorgsmaatregelen van RNA FISH opgenomen door lncRNA small nucleolar RNA host gen 6 (SNHG6) in menselijke osteosarcoomcellen (143B) als voorbeeld te gebruiken, om een referentie te bieden voor onderzoekers die RNA FISH-experimenten willen uitvoeren, met name lncRNA FISH.
Introduction
Ons begrip van het menselijk genoom is sterk uitgebreid door recente ontwikkelingen in de technologie van het hele genoom. Ongeveer 93% van het menselijk genoom kan worden getranscribeerd in RNA's, maar slechts 2% van de RNA's kan worden vertaald in eiwitten; de overige 98% van de RNA's die geen eiwittranslatiefunctie hebben, worden niet-coderend RNA (ncRNA) genoemd1. Als klasse van niet-coderende RNA's (ncRNA's) hebben lange ncRNA's (lncRNA's), die meer dan 200 nucleotiden bevatten, steeds meer aandacht getrokken vanwege hun betrokkenheid bij vele fysiologische en pathologische processen van de cellen, zoals differentiatie, cycluscontrole, apoptose, migratie en invasie 3,4,5. LncRNA's spelen hun rol via verschillende mechanismen, zoals het reguleren van de chromatinestructuur en nucleaire genexpressie, het beheersen van het mRNA-splitsingsproces en posttranscriptionele modificatie6. LncRNA's reguleren het optreden, de ontwikkeling en de metastase van maligniteiten op zowel transcriptioneel als posttranscriptioneel niveau. Transcriptionele regulatie wordt gerealiseerd in de kern door RNA-transcriptie te beïnvloeden via binding aan de chromosomale structuren, terwijl posttranscriptionele regulatie wordt gerealiseerd in het cytoplasma door de doelgenen te controleren via een endogene competitieve RNA (ceRNA) -mechanisme 5,7,8. CeRNA heeft een nieuw mechanisme van RNA-interactie onthuld, namelijk dat lncRNA's kunnen fungeren als een spons om miRNA's te adsorberen en de miRNA-gemedieerde afbraak van verwante doelgenen teremmen. Daarom is de informatie over de subcellulaire lokalisatie van lncRNA's, of een specifiek lncRNA zich nu in het cytoplasma of de kern bevindt, belangrijk om hun biologische functies te helpen identificeren.
Op dit moment wordt lncRNA-lokalisatie voornamelijk gedetecteerd door twee methoden, de ene is door middel van een nucleus/cytoplasmafractie-isolatietest en de andere is door RNA FISH. In het eerste geval worden RNA's in respectievelijk de cytoplasmatische en de nucleaire fracties geëxtraheerd, en vervolgens wordt PCR-amplificatie uitgevoerd met specifieke lncRNA-primers om de verhouding van lncRNA's in het cytoplasma en de kern te detecteren. Het voordeel van deze methode is tijdsefficiëntie, terwijl het nadeel is dat de werkelijke lncRNA-lokalisatie niet direct wordt weerspiegeld door het relatieve aandeel lncRNA's in het cytoplasma en de kern. RNA FISH kan lncRNA-lokalisatie in cellen detecteren door het ontwerp van lncRNA-specifieke antisense-ketensequenties, gevolgd door labeling met fluorescerende kleurstoffen10. De RNA FISH-methoden zijn verbeterd met vooruitgang in sondetechnieken en detectiemethoden, waaronder fluorofoor-gelabelde meervoudige oligo-sondesets11, LNA-sondes12 en vertakte DNA-sondes (bDNA)13. RNA FISH kan niet alleen de lokalisatie van lncRNA detecteren, maar ook de colokalisatie van andere RNA's, DNA of eiwitten detecteren door gebruik te maken van tweekleurige of meerkleurige immunofluorescentie14.
In dit werk hebben we het gedetailleerde intracellulaire lokalisatiedetectieprotocol van lncRNA klein nucleolair RNA-gastheergen 6 (SNHG6) in osteosarcoomcellen (143B) door RNA FISH als voorbeeld opgenomen. SNHG6 is een 600-730 nucleotide lncRNA in zijn volwassen gesplitste vorm en geïdentificeerd als een nieuw oncogen bij diverse menselijke kankers, waaronder colorectale kanker, maagkanker, ovariumcarcinoom, osteosarcoom en hepatocellulair carcinoom15,16,17,18. Studies hebben de betrokkenheid van SNHG6 bij biologisch gedrag van kankercellen bevestigd, zoals proliferatie, EMT en autofagie, en hebben de cytoplasmatische lokalisatie van SNHG6 aangetoond waar het de doelgenen kan beïnvloeden door de miRNA's te binden (sponsen)15,16,17. Dit gedetailleerde detectieprotocol van SNHG6 intracellulaire lokalisatie door RNA FISH wordt hierin gepresenteerd.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Zie de Materiaaltabel voor meer informatie over alle materialen, reagentia en instrumenten die in dit protocol worden gebruikt. Figuur 1 toont het algemene protocol voor RNA FISH; Tabel 1 bevat de samenstelling van alle oplossingen en tabel 2 bevat de primersequenties die in dit protocol worden gebruikt.
1. Voorbereiding van de sonde
- Identificeer en verkrijg de FASTA-sequentie van een doel-lncRNA van belang, bijvoorbeeld van GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Ontwerp volgens de aanwijzingen op de website de ISH-sondes online19 en bekijk de suggesties van het ontwerpalgoritme om de sondes op te sommen die met het Cy3-label moeten worden besteld.
- Incubeer de hybridisatiebuffer bij 37 °C gedurende 2 uur van tevoren.
- Los 4 sondes met optische dichtheid (OD) op in 160 μl met diethylpyrocarbonaat (DEPC) behandeld ddH2O in een concentratie van 1 mg/ml uit de buurt van licht.
OPMERKING: Optische dichtheid (OD) vertegenwoordigt de meeteenheid van DNA en RNA. Gewoonlijk is 1 OD-eenheid = 33 μg/ml DNA. - Bereid 200 μl van het sondemengsel voor elk putje (1,2 μl-10 μl sonde, 70 μl hybridisatiebuffer, vul het volume aan met DEPC-behandelde ddH2O tot 200 μl) en stel een reeks op van 50 μg/ml, 25 μg/ml, 12,5 μg/ml en 6 μg/ml.
OPMERKING: De sondeconcentratie moet vooraf experimenteel worden onderzocht. Een hoge sondeconcentratie zal leiden tot niet-specifieke binding van lncRNA's, terwijl een lage sondeconcentratie zal leiden tot ongevoelige of mislukte detectie van lncRNA's. - Denatureer het sondemengsel bij 73 °C gedurende 5 min.
NOTITIE: Als de Cy3-gelabelde DNA-sonde dubbelstrengs is, denatureer de sonde dan tot enkelstrengs DNA bij 95 °C gedurende 5 minuten en laat vervolgens snel afkoelen gedurende 2 minuten op ijs.
2. Voorbereiding van de cel
- Zaai 50.000 cellen van 143B per putje op steriele glazen dekglaasjes in een celkweekplaat met 12 putjes en incubeer ze gedurende 24 uur (37 °C, 5% CO2) in DMEM.
OPMERKING: Het specifieke aantal cellen dat hier wordt gezaaid, varieert met de celgrootte, wat geschikt is voor de gezaaide cellen om een samenvloeiing van 50% te bereiken na 24 uur te zijn geïncubeerd. De steriele glazen dekglaasjes zijn rond om geschikt te zijn voor de 12-wells plaat. - Verwijder het medium en was gedurende 2 x 5 min met 1x fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS).
LET OP: Bereid 1x PBS met DEPC-behandelde ddH2O. PBS zonder DEPC-behandeling kan niet worden gebruikt omdat het RNase bevat. Voer alle volgende stappen uit in RNase-vrije omstandigheden. - Verwijder 1x PBS en voeg 200 μL 100% ethanol toe in elk putje om gedurende 15 minuten op kamertemperatuur te fixeren.
- Verwijder de ethanol, voeg 200 μL 0,1% Triton X-100 (in 1x PBS) toe aan elk putje en incubeer gedurende 15 minuten bij kamertemperatuur.
OPMERKING: De tijd moet strikt worden gecontroleerd met Triton X-100 permeabilisatie en mag niet te lang zijn. - Verwijder 0,1% Triton X-100 en was 2 x 5 min met 1x PBS.
OPMERKING: Als het protocol hier moet worden gepauzeerd, vervang dan de PBS door 70% ethanol (verdunning van 100% ethanol met RNasevrije ddH2O) en bewaar het monster maximaal 3 maanden bij 4 °C. - Verwijder 1x PBS, voeg 200 μL 2x natriumzoutcitraat (SSC)-buffer (verdunning van 20x SSC met RNase-vrij ddH2O) toe aan elk putje en incubeer gedurende 30 minuten bij 37 °C.
- Verwijder 2x SSC-buffer, voeg 200 μL 70% ethanol toe aan elk putje en incubeer gedurende 3 minuten bij kamertemperatuur.
- Gooi de 70% ethanol weg, voeg 200 μL 85% ethanol (verdunning van 100% ethanol met RNase-vrij ddH2O) toe aan elk putje en incubeer gedurende 3 minuten bij kamertemperatuur.
- Gooi de 85% ethanol weg, voeg 200 μL 100% ethanol toe aan elk putje en incubeer gedurende 3 minuten bij kamertemperatuur.
- Absorbeer en gooi 100% ethanol weg; Laat de putjes drogen.
3. Fluorescentie in situ hybridisatie (FISH)
- Voeg 200 μL sondemengsel (gedenatureerd zoals in stap 1.5) toe aan elk putje en incubeer bij 37 °C gedurende de nacht (16-18 uur).
OPMERKING: Er is een sterke positieve correlatie tussen hybridisatietemperatuur en sondeconcentratie; Om de achtergrond te optimaliseren, moeten daarom zowel de hybridisatietemperatuur als de sondeconcentratie worden verlaagd. - Neem de volgende dag monsters van 37 °C en gooi het sondemengsel weg. Voeg 200 μL 0,4x SSC/0,3% Tween-20 buffer toe aan elk putje (voorverwarmd op 65 °C) en was gedurende 2 minuten op kamertemperatuur.
- Verwijder de 0.4x SSC/0.3% Tween-20-buffer, voeg 200 μL 2x SSC/0.1% Tween-20-buffer toe aan elk putje en was gedurende 2 minuten op kamertemperatuur.
- Verwijder 2x SSC/0,1% Tween-20-buffer, voeg 200 μL 4',6-diamidino-2-fenylindool (DAPI)-kleuringsoplossing (1 μg/ml) toe en kleuring gedurende 20 minuten uit de buurt van licht.
- Gooi de DAPI-kleurstofoplossing weg en was met 1x PBS gedurende 2 minuten op kamertemperatuur.
- Voeg 50 μL montagemedium met gom toe aan het objectglaasje en plaats het glazen dekglaasje op het objectglaasje om het te bevestigen.
NOTITIE: Zorg ervoor dat u het dekglaasje met de celzijde naar beneden op het glaasje plaatst. - Observeer onder een fluorescentiemicroscoop.
NOTITIE: Gebruik een fluorescentiemicroscoop of een confocale lasermicroscoop; Dit laatste zorgt voor een hogere gevoeligheid en helderheid beeldvorming.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Representatieve beelden van SNHG6 FISH in menselijke osteosarcoomcellen worden getoond (Figuur 2). De negatieve controle wordt behandeld met de negatieve Ctrl-sonde; positieve controle wordt behandeld met U6-sonde 20. SNHG6-sonde en U6-sonde zijn gelabeld met Cy3, dat rode fluorescentie uitzendt. DAPI is een kleurstof die het DNA kleurt, dat blauwe fluorescentie afgeeft. Dit resultaat toont aan dat SNHG6 voornamelijk gelokaliseerd is in het cytoplasma, en deze informatie kan een belangrijke richting geven voor verder onderzoek naar SNHG6.
Als een zeer hoge concentratie sonde wordt gebruikt, is onder de fluorescentiemicroscoop een achtergrondkleur te zien. Figuur 3 toont de representatieve beelden wanneer een hoge concentratie SNHG6-sonde wordt gebruikt in RNA FISH. De witte pijlen staan voor niet-specifieke kleuring.
Figuur 1: Stroomschema van het RNA FISH-protocol voor lncRNA. Deze grafiek toont het belangrijkste protocol van het RNA FISH-experimentproces. Afkortingen: FISH = fluorescentie in situ hybridisatie; lncRNA = lang niet-coderend RNA. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Figuur 2: De lokalisatie van LncRNA (SNHG6) in menselijke osteosarcoomcellen (143B). Negatieve controle wordt behandeld met een negatieve controlesonde. Positieve controle wordt behandeld met een U6-sonde . SNHG6 - en U6-sondes zijn gelabeld met Cy3, dat rode fluorescentie uitzendt. DAPI is een kleurstof die het DNA kleurt en blauwe fluorescentie afgeeft. Rood en blauw versmelten tot roze. De beelden zijn gemaakt met behulp van een fluorescentiemicroscoop. Schaalbalk = 10 μm. Afkortingen: LncRNA = lang niet-coderend RNA; DAPI = 4',6-diamidino-2-fenylindol. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Figuur 3: De representatieve beelden van de hoge concentratie van de SNHG6-sonde in RNA FISH. SNHG6-sondes zijn gelabeld met Cy3, dat rode fluorescentie uitzendt. DAPI is een kleurstof die het DNA kleurt en blauwe fluorescentie afgeeft. Rood en blauw versmelten tot roze. De beelden zijn gemaakt met behulp van een fluorescentiemicroscoop. Schaalbalk = 10 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Tabel 1: De samenstelling van de oplossingen die zijn gebruikt in het RNA FISH-hybridisatie-experiment. Alle verdunningen moeten worden gedaan met steriel, RNasevrij water. Al het toegevoegde water is DEPC-behandeld ddH2O. Afkortingen: FISH = fluorescentie in situ hybridisatie; DEPC = diethylpyrocarbonaat. Klik hier om deze tabel te downloaden.
Tabel 2: Alle sondesequenties die in dit experiment zijn gebruikt. Klik hier om deze tabel te downloaden.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Dit RNA FISH-protocol kan niet alleen de lokalisatie van lncRNA's in cellen detecteren, maar ook de colokalisatie van andere RNA's, DNA of eiwitten in cellen, die ook kunnen worden gebruikt om de locatie van lncRNA's in in paraffine ingebedde weefsels te detecteren. Het specifieke protocol in dergelijke gevallen is echter anders omdat de in paraffine ingebedde weefsels van was moeten worden ontdaan21. Deze experimentele procedure kan worden toegepast in platen met 48 of 96 putjes, maar platen met 384 putjes zijn te klein om hier te worden gebruikt.
Verschillende kritieke stappen van deze methode moeten worden opgemerkt, waaronder de RNase-vrije omgeving, sondeconcentratie, hybridisatietemperatuur en het instellen van negatieve en positieve controles. Ten eerste is de RNase-vrije toestand cruciaal omdat het RNase de bindingen tussen nucleotiden afbreekt en leidt tot de afbraak van lncRNA's in het algemeen. Ten tweede varieert de algemeen aanbevolen sondeconcentratie van 5 tot 50 μg/ml. Een hoge sondeconcentratie zal leiden tot niet-specifieke binding van lncRNA's, terwijl een lage sondeconcentratie zal leiden tot ongevoelige of mislukte detectie van lncRNA's19. Als een zeer hoge concentratie sonde wordt gebruikt, is een achtergrondkleur te zien onder de fluorescentiemicroscoop, zelfs in aanwezigheid van een gecodeerde sonde (een negatieve controle); Daarom worden gewoonlijk dezelfde concentraties van negatieve controles gebruikt om de basislijn vast te stellen (hetzelfde als de interne controle) tijdens de voorbereidende experimenten waarbij de juiste sondeconcentratie wordt onderzocht om niet-specifieke binding te voorkomen. De hoogste sondeconcentratie zonder achtergrondkleur in de negatieve controlegroep, die de sterkste signalering vertoonde zonder niet-specifieke binding, werd gebruikt in de volgende experimenten. Ten derde wordt aanbevolen om ten minste twee of drie sondes te ontwerpen voor optimalisatie met een specifiek lncRNA. Tegelijkertijd kunnen ook twee of meer sondes worden gemengd om de detectiegevoeligheid van doel-lncRNA's te verbeteren. Ten vierde is de normale hybridisatietemperatuur van de lncRNA-sonde 37 °C. Tijdens het hybridisatieproces moet de hybridisatietemperatuur constant en uniform worden gehouden. Het bereik van de hybridisatietemperatuur tussen verschillende sondes is 34 tot 38 °C. De hybridisatietemperatuur is sterk positief gecorreleerd met de sondeconcentratie; Om de achtergrond te optimaliseren, moet daarom de sondeconcentratie worden verminderd. Ten slotte is het ook van cruciaal belang om negatieve en positieve controles in te stellen. De groep zonder sonde wordt gebruikt als negatieve controle om achtergrondsignalen te verkrijgen. Een U6-sonde of een ribosomale RNA-sonde wordt gebruikt als positieve controle om de mogelijkheid van vals-positieve resultaten uit te sluiten.
Deze aanpak heeft verschillende voordelen. De fluorescentiekleur van lncRNA-sondes kan worden gewijzigd. Groene fluorescentie wordt uitgezonden door fluoresceïne-isothiocyanaat (FITC), fluoresceïne (FAM) en Alexa Fluor 488, terwijl rode fluorescentie wordt uitgezonden door Cy3 en Alexa Fluor 555. FITC wordt gebruikt voor typisch groen en Cy3 voor typisch rood. Bovendien kunnen de beelden worden verkregen met behulp van een fluorescentiemicroscoop of een confocale lasermicroscoop. De beelden van deze laatste zijn gevoeliger en helderder dan die verkregen met behulp van een fluorescentiemicroscoop.
De beperking van de RNA FISH-methode is dat dit een kwalitatieve methode is; Daarom zijn de resultaten niet kwantificeerbaar. Vanwege de verandering in hybridisatietijd en de invloed van subjectieve factoren tijdens fluorescentiemicroscoopobservatie, kan lncRNA-expressie niet nauwkeurig worden gekwantificeerd in cellen. De expressieniveaus van lncRNA's in verschillende cellulaire fracties kunnen alleen kwalitatief worden geëvalueerd. Met verbetering van de techniek is echter een single-molecule fluorescent in situ hybridization (smFISH)-methode22 ontwikkeld om het RNA-expressieniveau te kwantificeren; in de toekomst kan meer smFISH-detectie worden gemeld.
De RNA FISH-techniek heeft een breed scala aan toepassingen. De intracellulaire lokalisatiedetectie van lncRNA's zal de studie van de biologische mechanismen van lncRNA's ten goede komen. Tegelijkertijd kan deze techniek ook worden gebruikt om de lokalisatie van andere niet-coderende RNA's in cellen te detecteren, waaronder circRNA's, miRNA's en tRNA's.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
De auteurs verklaren dat ze geen concurrerende financiële belangen hebben.
Acknowledgments
Dit werk wordt ondersteund door subsidies van (1) het National Key R&D-programma van China (2020YFE0201600); (2) de National Nature Science Foundation (81973877 en 82174408); (3) Shanghai Collaborative Innovation Center of Industrial Transformation of Hospital TCM Preparation; (4) Onderzoeksprojecten binnen het budget van de Shanghai University of Traditional Chinese Medicine (2021LK047).
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Automatic cell counter | Shanghai Simo Biological Technology Co., Ltd | IC1000 | Counting cells |
| Cell culture plate-12 | Shanghai YueNian Biotechnology Co., Ltd | 3513,corning | Place the coverslips in the plate |
| Cell line (143B) | Cell Bank of Chinese Academy of Sciences | CRL-8303 | osteosarcoma cancer cell line |
| Centrifuge tube (15 mL, 50 mL) | Shanghai YueNian Biotechnology Co., Ltd | 430790, Corning | Centrifuge the cells |
| Coverslips | Shanghai YueNian Biotechnology Co., Ltd | abs7026 | The cells are seeded on the coverslips |
| Cy3 label-SNHG6 DNA probe | Shanghai GenePharma Co.,Ltd | A10005 | Detect SNHG6 location |
| DMEM media | Shanghai YueNian Biotechnology Co., Ltd | LM-E1141 | Cell culture medium |
| Dry Bath Incubator | Haimen Kylin-Bell Lab Instruments Co.,Ltd. | DKT200-2 | Incubation at different high temperatures |
| Ethanol 100% | Sinopharm Chemical ReagentCo., Ltd | 10009218 | dehydration |
| Fluorescence microscope | Shanghai Waihai Biotechnology Co., LTD | Olympus BX43 equipped with a camera of Olympus U-TV0.5XC-3(SN:5J01719),olympus | Observation and positioning |
| Incubator | Shanghai Yiheng Scientific Instrument Co., LTD | DHP-9051 | The samples were incubated at 37 °C. |
| Mounting Medium | Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd. | E675004 | Attach the coverslips to the slide |
| Shaker | Haimen Kylin-Bell Lab Instruments Co.,Ltd. | TS-8S | Washing sample |
| Slide | Shanghai YueNian Biotechnology Co., Ltd | 188105 | The coverslips is placed on the slide |
| Triton X-100 | Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd. | A600198 | Permeable membrane and nuclear membrane |
| Trypsin (0.25%) | Shanghai YueNian Biotechnology Co., Ltd | 25200056, Gibco | trypsin treatment of cells |
| Tween-20 | Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd. | A600560 | detergent |
References
- Djebali, S., et al.
- Li, C. H., Chen, Y. Insight into the role of long noncoding RNA in cancer development and progression. International Review of Cell and Molecular Biology. 326, 33-65 (2016).
- Pan, R., et al. lncRNA FBXL19-AS1 regulates osteosarcoma cell proliferation, migration and invasion by sponging miR-346. OncoTargets and Therapy. 11, 8409-8420 (2018).
- Jia, D., Niu, Y., Li, D., Liu, Z. lncRNA C2dat1 promotes cell proliferation, migration, and invasion by targeting miR-34a-5p in osteosarcoma cells. Oncology Research. 26 (5), 753-764 (2018).
- Liu, Y., Wang, D., Ji, Q., Yan, J. LncRNA MATN1-AS1 for prediction of prognosis in osteosarcoma patients and its cellular function. Molecular Biotechnology. 64 (1), 66-74 (2022).
- Luo, M. L. Methods to study long noncoding RNA biology in cancer. Advances in Experimental Medicine and Biology. 927, 69-107 (2016).
- Zhao, A., et al. lncRNA TUSC7 inhibits osteosarcoma progression through the miR-181a/RASSF6 axis. International Journal of Molecular Medicine. 47 (2), 583-594 (2021).
- Tong, C. J., et al. LncRNA RUSC1-AS1 promotes osteosarcoma progression through regulating the miR-340-5p and PI3K/AKT pathway. Aging. 13 (16), 20116-20130 (2021).
- Qi, X., et al. ceRNA in cancer: possible functions and clinical implications. Journal of Medical Genetics. 52 (10), 710-718 (2015).
- Tripathi, V., Fei, J., Ha, T., Prasanth, K. V. RNA fluorescence in situ hybridization in cultured mammalian cells. Methods in Molecular Biology. 1206, 123-136 (2015).
- Femino, A. M., Fay, F. S., Fogarty, K., Singer, R. H. Visualization of single RNA transcripts in situ. Science. 280 (5363), 585-590 (1998).
- Thomsen, R., Nielsen, P. S., Jensen, T. H. Dramatically improved RNA in situ hybridization signals using LNA-modified probes. RNA. 11 (11), 1745-1748 (2005).
- Player, A. N., Shen, L. P., Kenny, D., Antao, V. P., Kolberg, J. A. Single-copy gene detection using branched DNA (bDNA) in situ hybridization. The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 49 (5), 603-612 (2001).
- Hazra, R., Spector, D. L. Simultaneous visualization of RNA transcripts and proteins in whole-mount mouse preimplantation embryos using single-molecule fluorescence in situ hybridization and immunofluorescence microscopy. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 10, 986261 (2022).
- Xu, M., et al. lncRNA SNHG6 regulates EZH2 expression by sponging miR-26a/b and miR-214 in colorectal cancer. Journal of Hematology & Oncology. 12 (1), 3 (2019).
- Yan, K., Tian, J., Shi, W., Xia, H., Zhu, Y. LncRNA SNHG6 is associated with poor prognosis of gastric cancer and promotes cell proliferation and EMT through epigenetically silencing p27 and sponging miR-101-3p. Cellular Physiology and Biochemistry: International Journal of Experimental Cellular Physiology, Biochemistry, and Pharmacology. 42 (3), 999-1012 (2017).
- Zhu, X., Yang, G., Xu, J., Zhang, C. Silencing of SNHG6 induced cell autophagy by targeting miR-26a-5p/ULK1 signaling pathway in human osteosarcoma. Cancer Cell International. 19, 82 (2019).
- Birgani, M. T., et al. Long non-coding RNA SNHG6 as a potential biomarker for hepatocellular carcinoma. Pathology Oncology Research: POR. 24 (2), 329-337 (2018).
- Nielsen, B. S., et al. Detection of lncRNA by LNA-based in situ hybridization in paraffin-embedded cancer cell spheroids. Methods in Molecular Biology. 2348, 123-137 (2021).
- Li, Y., et al. Long noncoding RNA SNHG6 regulates p21 expression via activation of the JNK pathway and regulation of EZH2 in gastric cancer cells. Life Sciences. 208, 295-304 (2018).
- Traylor-Knowles, N. In situ hybridization techniques for paraffin-embedded adult coral samples. Journal of Visualized Experiments: JoVE. (138), e57853 (2018).
- Wang, S. Single molecule RNA FISH (smFISH) in whole-mount mouse embryonic organs. Current Protocols in Cell Biology. 83 (1), 79 (2019).
