Vi beskriver ett protokoll för transcardiac perfusion av möss, demontering och sektionering av hjärnan, samt immunofluorescensteknik färgning, harts inbäddning och supertunna sektionering av hjärnan sektioner. Efter slutförandet av dessa förfaranden, är immunostained materialet redo för undersökning med transmissionselektronmikroskopi.