Den här artikeln beskrivs en metod för att få en tredimensionell (3D) strukturen av spiralformade samman molekyler med hjälp av cryo-elektronmikroskopi. I detta protokoll använder vi HIV-1 kapsid församlingar för att illustrera den detaljerade 3D-rekonstruktion förfarande för att uppnå en densitet kartan med den iterativa spiralformade verkliga rymden rekonstruktion metoden.