Multiphoton mikroskopi av hele mus organer er mulig ved optisk fjerne organ før bildebehandling, men ikke alle protokoller bevare den fluorescerende signal av fluorescerende proteiner. Bruke en optisk clearing metoden med etanol-basert dehydrering og benzylalkohol: benzylbenzoat clearing, viser vi høyoppløselige multiphoton bilder av hele mus hjernen uttrykker YFP.