Le logiciel 3DNA est un outil bioinformatique populaire et polyvalent avec des capacités à analyser, construire et visualiser des structures d'acides nucléiques en trois dimensions. Cet article présente des protocoles détaillés pour un sous-ensemble de fonctionnalités nouvelles et populaires disponibles dans 3DNA, applicables aux deux structures individuelles et des ensembles de structures connexes.