3DNA सॉफ्टवेयर पैकेज, विश्लेषण का निर्माण, और तीन आयामी न्यूक्लिक एसिड संरचनाओं कल्पना करने की क्षमता के साथ एक लोकप्रिय और बहुमुखी जैव सूचना विज्ञान उपकरण है. यह लेख व्यक्तिगत संरचनाओं और संबंधित संरचनाओं की टुकड़ियों दोनों पर लागू 3DNA में उपलब्ध नई और लोकप्रिय सुविधाओं के एक सबसेट के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है.