A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:05Title
- 01:49Installation of the Software Package
- 04:02Analysis of a Crystal Structure
- 05:22Construction of a DNA Structure from Rigid-body Parameters
- 06:38Analysis of Multi-model Structure Files
- 08:15Superposition of Multi-model Structures onto a Common Reference Frame
- 09:29Construction of a Protein-decorated DNA Molecule
- 11:54Results: Nucleic Acid Structure Analysis and Reconstruction with 3DNA
- 15:52Conclusion
Den 3DNA programpaket är ett populärt och mångsidigt bioinformatik verktyg med förmåga att analysera, konstruera och visualisera tredimensionella nukleinsyrastrukturer. Den här artikeln presenterar detaljerade protokoll för en delmängd av nya och populära funktioner som finns i 3DNA, gäller både enskilda strukturer och ensembler av relaterade strukturer.
Tags
3DNA Software PackageBioinformatics ToolNucleic Acid StructuresAnalyze StructuresConstruct StructuresVisualize StructuresProtocolsDownload SoftwareInstall SoftwareBase Pair AssignmentRigid-body ParametersAtomic Model ReconstructionEnsembles Of StructuresNMR MeasurementsMD SimulationsW3DNA Web ServerUser-friendly InterfaceBuild ModelsDNA MoleculesBound Proteins
