حزمة البرامج 3DNA هو أداة المعلوماتية الحيوية الشعبية وتنوعا مع قدرات لتحليل وبناء وتصور هياكل الحمض النووي ثلاثي الأبعاد. تقدم هذه المقالة بروتوكولات وإجراءات تفصيلية لمجموعة فرعية من الميزات الجديدة وشعبية المتاحة في 3DNA، التي تنطبق على كل الهياكل الفردية ومجموعات من الهياكل ذات الصلة.