Konfokal scanning mikroskopi brukes for å avbilde enkelt mitokondrielle hendelser i perfundert hjerte eller skjelettmuskulatur i levende dyr. Real-time overvåkning av enkelt mitokondrielle prosesser som superoxide blinker og membran potensielle svingninger gjør at evalueringen av mitokondrienes funksjon i en fysiologisk relevant kontekst og i løpet av patologiske forstyrrelser.