ניתוח Proteome של האפיתל החושית השבלול יכול להיות מאתגר בשל גודלו הקטן ובגלל חלבוני קרום קשים לבודד ולזהות. הממברנה וחלבונים מסיסים שניהם יכולים להיות מזוהות על ידי שילוב של שיטות הכנה של מספר רב של טכניקות והפרדה יחד עם ספקטרומטריית מסה ברזולוציה גבוהה.