Her beskriver vi en protokol, der kobler to proteomiske teknikker, nemlig 2-dimensional elektroforese (2DE) og massespektrometri (MS), til at identificere differentielt udtrykte / posttranslationelle modificerede proteiner blandt to eller flere grupper af delprøver. Denne fremgangsmåde, sammen med funktionelle eksperimenter, muliggør identifikation og karakterisering af prognostiske markører / terapeutiske mål.