Vi presenterar ett protokoll om hur man använder hög genomströmning Cryo-elektron tomografi att bestämma hög upplösning in situ strukturer av molekylära maskiner. Protokollet tillåter stora mängder data som ska behandlas, undviker vanliga flaskhalsar och minskar resursdriftstopp, så att användaren kan fokusera på viktiga biologiska frågor.