Journal
/
Genetics
/
Optimering och jämförande analys av organellära DNA-berikningsmetoder lämpliga för nästa generations sekvensering
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Optimering och jämförande analys av organellära DNA-berikningsmetoder lämpliga för nästa generations sekvensering

DOI:
10.3791/55528-v

•

12:33 min

•

July 28, 2017

•

, ,
1Cereal Disease Laboratory,United States Department of Agriculture-Agricultural Research Service, 2Department of Horticultural Science,University of Minnesota, 3Department of Plant Pathology,University of Minnesota

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:49Growing Wheat Plants
  • 01:51Organellar DNA Enrichment by Differential Centrifugation (DC)
  • 07:31Organellar DNA Enrichment by Methyl-fractionation (MF)
  • 09:44Results: Both Enrichment Methods Yield Sufficient DNA Highly Enriched for Organellar Sequences and Suitable for NGS
  • 11:33Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Jämförelsen och optimeringen av två organellära DNA-berikningsmetoder presenteras: traditionell differentiell centrifugering och fraktionering av det totala gDNA baserat på metyleringsstatus. Vi bedömer den resulterande DNA-kvantiteten och kvaliteten, demonstrerar prestanda vid kortläsning av nästa generationens sekvensering och diskuterar potentialen för användning vid långlästsekvens med en molekylsekvensering.

Tags

Plant OrganelleDNA EnrichmentNext-generation SequencingDifferential CentrifugationMeta FractionationWheat SeedlingOrganelle IsolationSTE BufferFiltration

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Metyl-bindande DNA fånga sekvensering för patientvävnader

Bedömning av DNA kontaminering i RNA-prover baserat på Ribosomal DNA

Rening av hög molekylvikt Genomiskt DNA från mjöldagg för lång Läs Sequencing

Robust DNA isolering och hög genomströmning sekvensering bibliotek konstruktion för herbarieexemplar

Riktade nästa generations sekvensering och bioinformatik Pipeline för att utvärdera genetiska determinanter av konstitutionella sjukdom

Detektion av sällsynta händelser med fel-korrigerade DNA och RNA-sekvensering

Förstärkning av nära fullängds HIV-1 Proviruses för nästa generations sekvensering

Hög genomströmning identifiering av reglerande gensekvenser som använder nästa generations sekvensering av cirkulär kromosom konformation fånga (4C-seq)

RNA nästa generations sekvensering och en bioinformatik pipeline för att identifiera uttryckta LINE-1s på Locus-specifik nivå

Single-molekyl Förster resonans energiöverförings metoder för real tids utredning av Holliday Junction resolution av GEN1

Read Article