Utviklingen av mikrobielle samfunn avhenger av en kombinasjon av faktorer, inkludert miljøarkitektur, medlemmelig overflod, egenskaper og interaksjoner. Denne protokollen beskriver et syntetisk, mikrofabrikerte miljø for samtidig sporing av tusenvis av lokalsamfunn som finnes i femtoliter brønner, hvor nøkkelfaktorer som nisjestørrelse og inneslutning kan tilnærmet.