Utvecklingen av mikrobiella samhällen beror på en kombination av faktorer, bland annat miljöarkitektur, medlemmens överflöd, egenskaper och interaktioner. Detta protokoll beskriver en syntetisk, mikrofabrikad miljö för samtidig spårning av tusentals samhällen som finns i femtoliter brunnar, där viktiga faktorer som nischstorlek och inneslutning kan approximeras.