Denne protokollen beskriver separasjonen av funksjonelle mitokondrielle elektrontransportkjedekomplekser (Cx) IV og superkomplekser derav ved bruk av naturlig elektroforese for å avsløre informasjon om deres montering og struktur. Den innfødte gel kan underkastes immunoblotting, in-gel-analyser og rensing ved elektroeluering for ytterligere å karakterisere individuelle komplekser.