Vi beskriver ett detaljerat protokoll för isolering av tumör-initierande celler från humana sarkom-patientbaserade xenografter genom fluorescensaktiverad cell sortering, med humant leukocytantigen-1 (HLA-1) som en negativ markör, och för ytterligare validering och karakteriseringen av dessa HLA-1-negativa tumör-initierande celler.