Här presenterar vi ett protokoll för att tillåta korrekt kvantifiering av mitokondriellt DNA (mtDNA)-metylering. I detta protokoll beskriver vi en enzymatisk nedbrytning av DNA med BamHI tillsammans med en bioinformatisk analys pipeline som kan användas för att undvika överskattning av mtDNA metylering nivåer orsakas av det sekundära strukturerar av mtDNA.