Vi præsenterer her, en protokol, der involverer genetisk koblede spektralt særskilte photoactivatable og fluorescerende proteiner. Disse fluorescerende proteiner kimærer tillade kvantificering af de PA-FP fraktion, der er photoactivated at være fluorescerende, dvs., photoactivation effektivitet. Protokollen afslører, at forskellige former for photoactivation give forskellige photoactivation effektivitet.