Här rapporterar vi gemensamma metoder för att analysera fagocytisk funktion murina alveolära makrofager och bakteriell clearance från lungan. Dessa metoder studera in vitro-fagocytos av fluorescein Isotiocyanat pärlor och Invivo fagocytos av Pseudomonas aeruginosa grönt fluorescerande Protein. Vi beskriver också en metod för att rensa P. aeruginosa hos möss.