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Chapters
- 00:04Title
- 00:43Validate the Sensitivity and Specificity of Each Primer-probe Set for Each Genomic Barcode Using Digital PCR
- 03:09Analyze Digital PCR Data and Calculate Absolute Copy Numbers
- 04:52Results: Representative Digital PCR Results of Diluted AA-barcoded gDNA
- 06:28Conclusion
Dieser molekulare Ansatz zur Bestimmung der bakteriellen Fitness ermöglicht die präzise und genaue Detektion von Mikroorganismen mithilfe einzigartiger genomischer DNA-Barcodes, die über digitale PCR quantifiziert werden. Das Protokoll beschreibt die Berechnung des Wettbewerbsindex für Salmonellenstämme; Die Technologie ist jedoch leicht an Protokolle anpassbar, die eine absolute Quantifizierung jedes genetisch verformbaren Organismus erfordern.
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Keywords:
Digital PCRCompetitive IndexHigh-throughput AnalysisFitnessSalmonellaQuantificationMixed PopulationMolecular-based TechniquesGenetic MarkersBacterial ChromosomesGenomic DNADilution SeriesDigital PCR SupermixProbe-based ChemistryNo Template ControlsNegative ControlsPositive ControlsDroplet GeneratorThermal CyclerData Analysis Software
