Journal
/
Genetics
/
Validera hela genomet Nanopore Sekvensering, med Hjälp av Usutu Virus som exempel
JoVE Journal
Genetics
This content is Free Access.
JoVE Journal Genetics
Validating Whole Genome Nanopore Sequencing, using Usutu Virus as an Example
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Validera hela genomet Nanopore Sekvensering, med Hjälp av Usutu Virus som exempel

DOI:
10.3791/60906-v

•

05:45 min

•

March 11, 2020

•

, , ,
1ErasmusMC, Department of Viroscience, WHO Collaborating Centre for Arbovirus and Viral Hemorrhagic Fever Reference and Research,Erasmus University Medical Center

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:59Nanopore Data Consensus Sequence Generation
  • 02:33Nanopore Sequencing Error Profile Compensation
  • 03:54Results: Representative Nanopore Sequencing Error Rate Overview
  • 04:58Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Vi har tidigare validerat ett protokoll för amplicon-baserade hela genomet Usutu virus (USUV) sekvensering på en nanopore sekvensering plattform. Här beskriver vi de metoder som används mer i detalj och bestämmer felfrekvensen för nanopore R10-flödescellen.

Tags

Artificial IntelligenceAI Writing AssistantsCopywritingContent GenerationText-based ContentContent CreationAI-assisted WritingWriter’s BlockContent EfficiencyReal-time SequencingVirus Genetic SequencingNanopore SequencingUsutu VirusError RateRead CoverageSequence DataConsensus SequenceReference-based AlignmentMinimap2SamtoolsKMA

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Kartläggning av RNA-RNA-interaktioner globalt med användning av biotinylerad psoralen

Generation av infödda kromatin Immunoprecipitation sekvensering bibliotek för Nucleosome densitet analys

G2-seq: En hög genomströmning sekvensering-baserad teknik för att identifiera sent replikera regioner i genomet

Profilering DNA Replication Timing med zebrafiskar som ett In Vivo -modellsystem

Detektion av sällsynta händelser med fel-korrigerade DNA och RNA-sekvensering

Ultralåga ingående Genome Sequencing bibliotek förberedelse från enda Tardigrade prov

Förstärkning av nära fullängds HIV-1 Proviruses för nästa generations sekvensering

Avskilja bakterier med kapsel belopp med hjälp av en diskontinuerlig täthetlutning

Genomet redigering i däggdjur cellinjer med CRISPR-Cas

Sekvensering av mRNA från helblod med Nanopore sekvensering

Read Article