Enpartikkelanalyse i kryo-elektronmikroskopi er en av de viktigste teknikkene som brukes til å bestemme strukturen til biologiske ensembler ved høy oppløsning. Scipion gir verktøy for å lage hele rørledningen for å behandle informasjonen som er oppnådd av mikroskopet og oppnå en 3D-rekonstruksjon av den biologiske prøven.