예측 및 유전자 규제 요소의 검증은 레티노 산 유도 배아 동안 활성화 된 세포 분화 줄기

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Developmental Biology

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Simandi, Z., Horvath, A., Nagy, P., Nagy, L. Prediction and Validation of Gene Regulatory Elements Activated During Retinoic Acid Induced Embryonic Stem Cell Differentiation. J. Vis. Exp. (112), e53978, doi:10.3791/53978 (2016).

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Abstract

배아 개발은 많은 유전자의 활성화와 억압을 포함하는 다단계 과정이다. 게놈 인핸서 요소는 세포 분화 동안 유전자 발현의 조직 및 세포 - 유형 특이 조절에 기여하는 것으로 알려져있다. 따라서, 자신의 식별 및 추가 조사는 세포의 운명이 결정되는 방법을 이해하기 위해 중요하다. 유전자 발현 데이터 (예를 들어, 마이크로 어레이 또는 RNA-SEQ) 및 염색질 면역 (칩) 기반 게놈 전체 연구 (칩 SEQ)의 결과의 통합은 이러한 조절 영역의 대규모 식별을 허용한다. 그러나, 세포 형 특정 증강 기능 검증은 생체 외 및 생체 실험 절차에 더 필요합니다. 여기에서 우리는 활성 강화제를 식별하고 실험적으로 검증 할 수있는 방법에 대해 설명합니다. 칩 서열 데이터 분석, 2)의 복제 및 EXPER 의해 조절 영역 1) 식별이 프로토콜을 포함하는 단계별 흐름을 제공한다imental 리포터 분석에서 확인 된 게놈 서열의 추정 규제 가능성 검증 및 인핸서 RNA 전 사체 수준을 측정하여 생체 내에서 증강 활성 3) 결정. 제시된 프로토콜은 실험실에서이 워크 플로를 설정하는 사​​람을 도울 수있을만큼 자세히 설명되어 있습니다. 중요한 것은,이 프로토콜은 쉽게 적응 및 셀룰러 모델 시스템에서 사용될 수있다.

Protocol

칩 서열 분석에 기초하여 선택 1. 향상제

  1. http://ngsdebftp.med.unideb.hu/bioinformatics/에서 RXR 칩-SEQ 원시 데이터 fastq 파일 (mm_ES_RXR_24h_ATRA.fastq.gz를) 다운로드
  2. 다운로드 우리의 경우 (정렬에 필요한 BWA 인덱스 파일의 압축을 풉니 다 : Mus_musculus_UCSC_mm10).(ftp://igenome:G3nom3s4u@ussd-ftp.illumina.com/Mus_musculus/UCSC/mm10/Mus_musculus_UCSC_mm10.tar.gz
    참고 : 생물 정보학 분석의 단계에 대한 자세한 내용은 https://github.com/ahorvath/Bioinformatics_scripts에 방문하여 아래 사용되는 스크립트를 다운로드 할 수 있습니다.
  3. (: perform_alignment.sh 스크립트를 사용) mm10 게놈에 예를 들어 fastq 파일을 맞 춥니 다. 이것은 .bam 파일과 정렬의 통계 폴더를 생성합니다. 정렬 RXR 칩 서열 데이터 (mm_ES_RXR_24h_ATRA.bam) 및 해당 인덱스 파일 (.bai) 여기에 있습니다 :
    http://ngsdebftp.med.unideb.hu/bioinformatics/
    참고 : BWA는 RELA를 정렬하는 소프트웨어 패키지입니다이러한 마우스 참조 게놈 같은 서열 데이터베이스에 상대적으로 짧은 서열 (예를 들어, 칩 SEQ 결과) (예 mm10) 13.
  4. 피크 통화 및 드 노보 모티브 분석을위한 스크립트 (callpeaks.sh)를 실행합니다. 입력으로 .bam 파일을 사용합니다. 스크립트는 호머 findPeaks (14)에 기초한다.
    주 : 출력 파일은 우리에게 총 피크 수, 농축 모티브의, 배경의 비율, 그리고 주제와 표적 서열에 대한 정보를 제공합니다. (그림 1). 일반적으로 여러 주제는 중요도의 순서에 따라 열거되어있다.
  5. # 1 순위 모티브 (NR 절반`AGGTCA`)를 매핑 (: remap_motif.sh 스크립트를 사용)
    참고 : 결과, 스크립트는 칩 - 피크가 관심의 전사 인자의 정규 결합 부위를 포함하는 게놈 영역을 커버하는 표시됩니다 .bed 파일을 생성합니다.
  6. (mm_ES_RX을 다운로드하여 읽어 정렬 RXR 칩-서열의 결과를 시각화R_24h_ATRA.bam (또한 .bai 다운로드)) 및 통합적인 유전체학 뷰어 (IGV) (15)에 의해 AGGTCA 모티브 발생 (mm_ES_RXR_24h_ATRA_homerpeaks_motif1_mm10s_200_remaped_mbed.bed는) / 추정 RAR를 식별 RXR 결합 부위 (그림 2와 그림 3)입니다.
    참고 : 다양한 칩 - 서열 데이터의 통합 정확하게 좋은 후보 강화제 (16, 17)을 예측 이상으로 도움이 될 것입니다. 최근의 연구는 활성 증강은 일반적으로 P300을위한 농축 및 H3K4me1 및 H3K27ac와 상관 관계, 또한 18 ~ 21을 권장함으로써 DNase의-I 과민를 표시하는 오픈 염색질 지역에 위치하는 것으로 나타났습니다.
  7. 선택한 게놈 영역의 400 bp의 순서 및 후속 프라이머 설계를위한 이러한 시퀀스를 사용 - (가) (200)를 얻기 위해 IGV (15)에 "관심 영역을 정의"를 사용합니다.

2. 리포터 분석

주 : 루시페린 / 루시 페라 제를 사용하는 시스템전사 조절에 대해 매우 민감 기자 분석 등. 인핸서 활성을 루시퍼 라제 효소에 따라 검출 될 수있는 bioluminescense 결과 oxyluciferin하는 루시페린의 산화를 촉매하는 것이다 생성된다. 첫 번째 단계로서, 식별 된 추정 인핸서 서열은 리포터 벡터 (예 : 루시 페라 TK-22 또는 pGL3 NanoLuc)에 서브 클로닝한다.

  1. 프라이머 디자인
    1. 23 : (http://bioinfo.ut.ee/primer3/ 사용할 수 있습니다 여기에) Primer3으로 추정 인핸서 지역의 400 bp의 - (200)의 증폭을위한 디자인 PCR 프라이머
    2. Primer3로 추정 결합 부위를 포함 IGV의 게놈 시퀀스를 복사 - 붙여 넣기 (단계 1.7 참조​​). 세트 제품의 크기 범위 250 - Primer3 300 bp의.
    3. UCSC 게놈 브라우저를 사용하여 PCR 프라이머의 유효성을 검사하는 것은 실리 PCR 도구에서 (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr) 24입니다
      주 : 이후 단계에서이 프로토콜은 HindII를 사용I와의 BamHI 제한 복제에 대한 효소. 확인 여부 AAGCTT 또는 GGATCC 제한 부위를 포함 할 UCSC에서 실리 PCR 도구에 의해 예측으로 PCR 증폭 순서 (예를 들어, http://nc2.neb.com/NEBcutter2/).
    4. 상용 공급 업체에서 필요한 프라이머를 얻습니다.
  2. 게놈 DNA에서 증강 시퀀스의 PCR 증폭
    1. 일차 전지 (예를 들어, 기본 배아 섬유 아세포)에서 템플릿 게놈 DNA를 정화. gDNA를 격리를위한 상업 키트를 사용하여 제조업체의 지침을 따르십시오.
      참고 : gDNA를 높은 품질이 성공적으로 PCR 증폭을 위해 필수적이다. PCR은 gDNA를 행 쉽지 않은 경우, 적절한 BAC 클론을 사용할 수있다.
    2. gDNA를 NG (100), 5 ㎕의 10 배 버퍼, 3 μl의 황산 (25 mM)을 5 μL의의 dNTP (2 mM의 각), 1.5 ㎕를 빨리 감기 프라이머 (10 μM), 1.5 μL의 계 프라이머를 포함하는 50 μl의 PCR 반응을 준비합니다 (10 μM) 1 μL의 DNA 폴리머 라제
    3. PCR을주기 설정 (2 분 95 ° C (20 초 95 ° C, 10 초를 58-65 ° C, 18 초 70 ° C) X25 반복, 2 분 70 ° C, 영원히 4 ° C). 프라이머의의를 고려하여 설정 어닐링 온도를 Tm 값을 예측했다.
    4. 상업 PCR 정제 키트와 PCR 제품을 정화하고 제조업체의 지침을 따르십시오.
    5. 위에 사용 된 프라이머로 PCR을 반복하지만, 그 (5)에 돌출을 추가로 클로닝하기위한 제한 부위를 도입 '말단 (예를 들면, 빨리 감기 : 5'-ATAT AAGCTT XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-3'(HindIII에) 계 : 5'-TATA GGATCC의 XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX -3 '(을 BamHI)).
    6. 불특정 PCR 제품을 확인하는 아가로 오스 겔에 PCR 제품의 5 μl를 실행합니다.
      주 : 더 밴드가 감지되면, 전체 PCR 제품을 실행하고 상업 겔 추출 키트하여 적절한 대역을 정화.
    7. 제한
      참고 : HindIII로와의 BamHI으로 절단한다 TK 프로모터 (22) 정제 된 PCR 제품과 벡터 (예를 들어, TK-루크)의 상류에 삽입 복제합니다.
      1. 1 μg의 정제 된 PCR 생성물의 HindIII로 1 μL (20 U / μL), 1 μL를 BamHI (20 U / μL), 5 ㎕의 10 배의 완충액을 포함하는 50 ㎕의 반응 혼합물을 준비한다.
      2. 250 ㎕의 반응 혼합물을 함유 5μg 벡터 (TK 배낭 또는 다른 리포터 벡터), 5 μL를 HindⅢ (20 U / μL), 5 μL를 BamHI (20 U / μL), 5 ㎕의 감온 알칼리성 포스파타제 (1 U / μL)를 준비 25 μl의 10 배 버퍼입니다.
        주 : 벡터의 AP 처리는 크게 단일 소화 벡터의자가 결찰함으로써 배경을 감소시킨다.
      3. 다음 절단 PCR 제품 및 시판 PCR 정제 키트로 정제 벡터를 37 ℃에서 4 시간 동안 반응 혼합물을 인큐베이션.
    8. Ligatio
      1. 2 ㎕의 10 배 T4 DNA 리가 아제 버퍼, 10 ng의 TK-루크 벡터, 50 ng의 삽입 (소화 PCR 제품), 1 μL T4의 DNA 리가 아제 (400 U / μL) 및 뉴 클레아없는 물을 포함하는 PCR 튜브에 결찰의 반응을 설정 20 μL까지.
        참고 : 반응이 삽입을 포함하지 않는 음성 대조군을 준비합니다.
      2. 부드럽게 피펫 팅하여 혼합하여 반응을 상하 소형 원심 분리기를 이용하여 간단히 PCR 튜브를 스핀 다운 한 후 10 분 동안 RT에서 배양한다.
      3. 열은 얼음에 진정 50 μl의 유능한 세포 (예, DH5α)에 변환을위한 제품의 5 μl를 사용하여 10 분 동안 65 ° C에서 비활성화.
      4. 상용 키트와 함께, 박테리아를 변환 식​​민지를 선택하고 플라스미드 DNA를 분리 표준 열 충격 절차를 사용하십시오. 다음 단계 이전에 시퀀싱에 의해 모든 구조를 확인합니다.
    9. ES 세포의 형질
      1. 48 웰 플레이트를 사용합니다. 200 ㎕를 0.1 % 젤라틴 오디오 솔루션을 추가셀 도금하기 전에 이온 / 웰 30 분.
      2. 플레이트 배아 줄기 (ES) 세포를 형질 전환 전에 하루. / 잘 250 μL의 ES 미디어에 잘 당 3 × 104 세포의 밀도로 공급이없는 ES 세포와 플레이트를 사용합니다.
      3. . 플라스미드 믹스를 준비 믹스 (각 믹스 치료 4, 4 레티노 산 처리 된 8 우물, 계산됩니다) 1 : 1,250 ng의 TK-루크 빈 (음성 대조군), 950 ng를 β 갈 락토시다 코딩 벡터 (βGal), 믹스 2 : 1250 NG TK-루크 Hoxa1 인핸서 (양성 대조군), βGal, 믹스 3 NG 950 : 1250 NG TK-루크 PRMT8 인핸서 (관심 지역), βGal NG (950).
        주 : ES 세포는 목적하는 전사 인자를 발현 (RAR / RXR). 루시 페라 제 및 β - 갈 락토시다 측정시 이후 기본 값을 결정하는 형질 감염되지 않은 우물을 둡니다.
      4. 106 μL에 (8 우물에 충분한) 총 부피를 혼합 각각의 플라스미드로 형질 품질 저하 혈청 미디어를 추가합니다.
      5. 4.5 μL ES 품질 트랜 추가이온 시약은 위아래로 15 회 피펫 팅에 의해 조심스럽게 섞는다. RT에서 10 분 동안 형질 감염 혼합물을 인큐베이션.
      6. 잘 당 세포에 형질 믹스의 13 μl를 추가 피펫으로 잘 섞는다. 다시 인큐베이터 리간드 치료 전 (37 ° C) O / N로 세포를 놓습니다.
      7. 세포 흡인에 의해 조심스럽게 용지를 제거하고 250 μl를 추가 신선한 미디어 / 웰 0.01 포함 - 차량으로 최종 농도 또는 DMSO로 1 μM 모든 트랜스 레티노 산 (RA)를. 48 시간 - 24에 대한 세포를 품어.
        참고 : 레티노 산 민감한 빛입니다.
    10. 세포 용 해물의 제조
      1. 5 배 용해 버퍼 (1.25 ㎖의 0.5 M 트리스, pH는 7.8, 희석 1 ml의 1 M 디티 오 트레이 톨 (DTT) (H 2 O), 10 ml의 0.1 M EDTA의 pH는 8.0, 50 ㎖ 글리세롤, 5 ml의 트리톤 X-100, 살균에 100 ㎖에 물 최대), 멸균 물을 사용 1x에서 20 ㎕의 1 M DTT / 10 ml에 추가하고 사용 전에 실온으로 평형을합니다. 분석의 날에 48 웰 플레이트 10 ml의를 준비합니다. 세포 흡인에 의해 조심스럽게 용지를 제거합니다. 1X PBS로 한 번 세포를 씻어. 세포에 200 ㎕의 1 배 용해 버퍼 / 아니라 직접 추가합니다.
      2. RT (화학 용해)에서 2 시간 동안 흔들어. -80 ° C (기계 용해)에서 접시에 세포 용 해물을 고정. 해물 며칠 동안 -80 ℃에서 저장 될 수있다.
      3. 해물을 해동. 해동 완료 후, 전자 멀티 채널 피펫을 사용하여 96 웰 플레이트에 세포 용 해물을 전송. 전송 β 갈 락토시다 제 분석 용 96- 웰 클리어 플레이트에 세포 용 해물 80 ㎕의 루시퍼 라제 및 측정을위한 백색 플레이트에 세포 용 해물 40 μL. 모든 거품을 형성하지 마십시오.
    11. β - 갈 락토시다 분석
      참고 : 베타 갈 락토시다 아제 또는 다른 초 기자가 아닌 특정 실험 변동을 고려하기 위해 내부 통제로 사용되어야한다.
      1. β - 갈 락토시다 기판 버퍼를 준비 : 80.0 g 나 2 HPO 4 • 7H 2 O,H 2 O • 3.8 g의의 NaH 2 PO 4, 30.0 g의 KCl, • 7H 2 O 4, 멸균 물 1,000 ml의 구성 1.0 g의 황산. 7.4으로 산도를 조정합니다. 4 ° C에서 살균 (0.2 마이크론) 및 저장 필터
      2. 4 mg을 ONPG와 함께 1 ml의 β - 갈 락토시다 기판 버퍼를 혼합 (O 니트로 페닐-β-D-갈 락토시다). 그냥 사용하기 전에 버퍼 1 ㎖ 당 2- 머 캅토 에탄올 (βME)의 3.5 μl를 추가합니다. 80 ㎕의 세포 용 해물에 100 ㎕의 β - 갈 락토시다 기판 버퍼를 추가합니다.
      3. 희미한 노란색이 개발 될 때까지 37 ℃에서 반응을 품어. 플레이트 리더와 수출 데이터를 OD 420 nm에서 흡광도를 참조하십시오.
        주 : 시간이 일반적으로 더 이상 30 분 이상은 형질 전환 효율에 따라 달라집니다.
    12. 루시 페라 제 분석
      1. 50 ml의 폴리 프로필렌 튜브에 추가, 15.1 mg을 D-루시페린 소금, 82.7 mg의 ATP 소금, 185 mg의 황산 • 7H 2 O : 50 ml의 루시페린 기판 시약을 준비다음, 1.5 ml의 1 M HEPES 버퍼, 48.5 ml의 ATP없는 물, 소용돌이를 추가 모든 화합물이 완전히 용해해야합니다. -80 ° C에서 10 ml의 분취 량 - (5)를 유지합니다.
      2. 시작하기 전에 RT 따뜻한 5 ㎖ 루시페린 기질 시약. 피펫 100 μL 기판 파쇄의 40 μl를 함유하는 백색 플레이트의 각 웰에 시약 즉시 발광 카운터 장치를 이용하여 신호를 측정한다.
      3. 세중의 형질 적어도 3 개의 독립적 인 실험 활동을 얻습니다.
      4. 각 측정 값으로부터 비 - 형질 감염된 세포에 대해 측정 된 평균 값을 감산하여 제 각 웰의 기본 정규화 루시퍼 라제 활성 및베이스 정규화 β 갈 락토시다 값을 계산한다. 그 후 루시퍼 라제 / β 갈 락토시다 제 활성의 비를 계산한다.

    증강 RNA의 3 특성

    참고 : 증강 활동의 직접적인 지표는 최근 게놈 w 등장했다증강로부터 전사되는 NT 50 2000에서 크기에 이르기까지 많은 짧은 비 코딩 RNA를 식별하고, (eRNAs)을 증강 RNA를 지칭하는 IDE 연구 16,25,26 (그림 4). eRNA 유도 매우 인접 엑손 - 코딩 유전자의 유도와 연관. 따라서, 신호 의존 인핸서 활성은 RT-qPCR에 의해 여러 가지 조건 사이 eRNA 생산과 비교하여 생체 내에서 정량화 할 수있다.

    1. RT-qPCR에 의한 eRNA 검출 용 프라이머 설계를위한 가이드 라인
      1. 2킬로바이트 거리에 주석 전사 시작 사이트에서 - 적어도 1.5있는 그 eRNA 측정을위한 게놈 영역을 선택합니다.
        참고 : 중요한 유전자 내 인핸서에서 mRNA의 전사의 높은 수준을 감지 방향으로 eRNA의 정확한 정량을 방지, 유전자 내 인핸서에서 안티센스 eRNAs는 감지하고 extragenic 증강에 eRNAs에 수준에서 유사하다.
      2. 일반적으로, 지역 (200) 사용 - 1,000 BP 이리저리센스 또는 안티센스 가닥 (그림 4, 그림 6)에 하나 프라이머 디자인에 대한 관심의 결합 부위 전사 인자의 중심을 해요.
        참고 : GRO-SEQ, DNase의-SEQ, H3K4me1, H3K4me3 또는 H3K27ac 칩 - 서열 데이터가 더 정확한 프라이머 디자인에 사용할 수 있습니다 원하는 세포 유형 및 조건에서 사용할 수있는 경우. eRNAs는 H3K4me1 및 여기서 Me3 높은 수준의 특징으로 추정 인핸서 지역에서 전사한다. eRNAs의 발현은 긍정적으로 활성화 인핸서 히스톤 마크 H3K27ac의 농축와 상관 관계.
      3. Primer3에 의해 eRNAs의 형광 염료 기반의 RT-qPCR에 측정을위한 디자인 PCR 프라이머 (http://bioinfo.ut.ee/primer3/) (23)에 따라 프라이머 디자인에 대한 안티센스 서열 (센스 가닥의 보완 역)을 생성합니다 : http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html. 프라이머 디자인에 대한 감각 또는 안티센스 시퀀스의 300 bp의 - (200)를 삽입합니다.
    2. eRNA의 전사의 측정
    3. 제조업체의 권장 사항에 따라 상업 산성 페놀 / 클로로포름 기반 추출 시약으로 처리 한 세포에서 총 RNA를 분리합니다.
    4. 이전 역전사 반응에 그들을 사용에 고립 된 RNA를 치료하기 위해 DNaseI를 사용합니다. 전사를 반대하기 전에 제조업체의 권장 사항에 따라 DNase의를 비활성화.
    5. DNase의 I 처리 후 RNA 농도를 측정하고 RT 반응 1,000 NG를 사용합니다. 높은 품질의 역 효소를 사용합니다.
      주 : eRNAs 다수가 폴리아 데 닐화되지 않을 때, 역전사 랜덤 프라이머의 사용을 필요로한다.
    6. 검색 역방향 표준 절차를 사용하여 RT-qPCR에 의해 eRNA을 전사. 정규화를위한 무 처리 의존 mRNA의 측정 (예를 들어, 36B4, PPIA, GAPDH, ACTB).

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Representative Results

우리는 게놈 전체에있는 RA-조절 유전자가 근접 수용체 농축을 식별하기 위해 범 특정 RXR 항체를 사용했다. 레티노 산으로 처리 ES 세포에서 얻은 RXR 칩 서열 데이터의 생물 정보학 분석은 RXR 사이트를 점령 하에서 핵 수용체 절반 사이트 (AGGTCA) (그림 1)의 농축을 밝혔다. 생물 정보학 알고리즘을 사용하여 우리는 RXR 칩 - 서열 데이터에 반 사이트 (그림 2)의 모티브 검색 결과를 다시 매핑. 이 분석은 정확하게 정식 핵 수용체 결합 부위와 중복 된 그 칩 피크를 식별하는 데 도움을 주었다. IGV에서이 사이트의 시각화 Hoxa1, 이전에 특징 RAR / RXR 목표 (그림 2와 그림 3)의 근접 이들 전사 인자의 농축을 지적했다. 우리는 또한 신규 RA의 표적 유전자, 즉 PRMT8 (27)를 확인했다. 이 라라 자세 히 영역은 두 반 사이트 (AGGTCAAGGTCA) (그림 3) 사이에 스페이서 뉴클레오티드와 직접 반복이 포함되어 있습니다. 기능적으로 RA에 의해 실제로 RAR / RXR 바인딩 할 수 있습니다 Hoxa1에 대해 식별 및 규제 요소는 우리가 ~ 식별 요소를 포함 300bp 게놈 영역을 포함 TK-루시 페라 제 기자 벡터를 구축 것을 확인합니다. 또한 반응 성분 (도 5)없이 벡터를 구축 하였다. ES 세포를 형질 감염시키고, 루시퍼 라제 활성은 결핍 및 레티노 산의 존재 (도 5)에서 측정되었다. (RARE) 레티노 산 반응 요소를 함유하는 작 제물은 RA의 치료시 쇼 증가 루시페라아제 신호 강도가했던 RARE없는 구조는 유도하지 않았다있다.

우리는 또한 Hoxa1 증강의 레티노 산에 의존하는 활동을 공부했다. 확인하는 경우 Hoxa1 RAR / RXR 바인딩 인핸서 (c)의 감각과 안티센스 eRNA 식유전자의 mRNA 발현과 orrelate, 우리는 또한 Hoxa1의 mRNA의 레벨 (그림 6)를 측정 하였다. 이러한 결과는 인핸서 활성은 이에 증강제 가능성 RA 의존 인핸서 조절에 관여하는 것을 확인 단기 RA 치료 (3 시간)에 의해 유도되는 것을 확인 하였다.

그림 1
그림 1. 호머 D 전자 노보 주제는 예를 RXR 칩-서열에 대한 호머에 의해 생성 된 출력 HTML (homerResults.html)가 표시됩니다. 결과. 시퀀스 로고는 RXR 바인딩 궤적에 드 노보 모티브 발견에 의해 식별 풍부한 전사 인자 모티브 상단에 대응. 7463 RXR는 게놈 영역이 모티브 검색에 사용 하였다 점령했다. 이 지역의 77.66 %는 (# 1 위를 차지) AGGTCA 같은 주제를 포함합니다. 자세한 설명을 보려면 다음 사이트를 방문하십시오 : (http://homer.salk.edu/ho 메르 / 주제 /) 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 2
그림 정렬 RXR 칩-서열의 관심. 시각화의 주제를 포함하는 2 찾기 게놈 지역은 (mm_ES_RXR_24h_ATRA.bam하고 통합 유전체학 뷰어로 AGGTCA 모티브 발생 (mm_ES_RXR_24h_ATRA_homerpeaks_motif1_mm10s_200_remaped_mbed.bed) (IGV). 선형은 (읽기 가닥에 의해 읽기 착색되어 읽기 빨간색, - 스트랜드 : + 가닥에. 청색) 게놈은 정렬에 사용 : mm10. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

JPG "/>
그림 3. Hoxa1 및 PRMT8 증강. 치료 및 RA-처리 (24 시간, 1 μM) 배아 줄기 세포 (27)에서 얻은 RXR 칩-SEQ 신호의 IGV 스냅 샷의 게놈 자취가 표시됩니다. 결합 서열이 빨간색으로 확인됩니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 4
. 가장 가까운 유전자의 전사 시작 사이트 (TSS)에 떨어져 상대 2킬로바이트 - 테스트 eRNA 코딩 시퀀스 그림 4. 실험 설계 인핸서 RNA (eRNA) 측정을 위해 선택 증강은 적어도 1.5 위치해야합니다. 관심과 모티브 분석의 전사 인자 (TF)의 칩 서열 데이터는 게놈 전체 직접 결합 부위를 식별하기 위해 사용될 수있다. transcrip의 결합으로적인 보조 활성화 제 (예를 들어, P300)이 자주 말단 증강을 표시의 TF와 P300 모두 풍부한 지역은 좋은 증강 후보입니다. eRNAs의 발현은 긍정적으로 활성화 인핸서 히스톤 마크 H3K27ac의 농축와 상관 관계가있다. 200 지역 -. 거리 감각 또는 안티센스 방향의 결합 전사 인자의 중심에서 1,000 bp의이 eRNA 프라이머 설계에는 권장되는 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 5
지정된 리포터의 그림 5. 루시 페라 제 활동은 ES 세포에서 구축합니다. Hoxa1 증강의 지시 게놈 영역 TK-루크 벡터에 복제 및 배아 줄기 세포로 형질 감염시켰다. 레티노 산 반응 요소를 구성하고 2 일 함유 (RARE 유엔derlined 순서). 세포는 RA (24 시간, 1 μM)로 처리 하였다. βGal는 정상화하기위한 내부 대조군으로서 사용 하였다. 바 네 생물 복제에서 평균 정규화 된 값을 나타냅니다. ± SD *** P <0.005 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 6
RT-qPCR에 의해 측정 된 그림 6. 레티노 산 유도 증강 RNA 전사. Hoxa1의 mRNA와 eRNA 수준. 총 RNA는 차량 (VEH) 등 레티노 산 (RA) 또는 DMSO와 함께 3 시간 동안 처리 된 ES 세포로부터 단리 하였다. 센스 및 안티센스 eRNA 탐지 및 PCR의 증폭에 대한 앞으로 프라이머가 표시됩니다. RXR 결합 부위의 중심으로부터 eRNA RT-qPCR에 의해 검출 된 영역의 거리가 표시된다. 값은 36B4 MR을 평균으로 정상화되었다NA. 데이터는 ± SEM *** P <0.005을 의미 나타냅니다 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

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Materials

Name Company Catalog Number Comments
KOD DNA polymerase Merck Millipore 71085-3 for PCR amplification of enhancer from gDNA
DNeasy Blood & Tissue kit  Qiagen 69504 for genomic DNA isolation
QIAquick PCR Purification kit Qiagen 28106 for PCR product purification
Gel extraction kit  Qiagen 28706 for gel extraction if there are more PCR product
HindIII NEB R3104L restriction enzyme
BamHI NEB R3136L restriction enzyme
FastAP Thermo Scientific EF0651 release of 5'- and 3'-phosphate groups from DNA
T4 DNA ligase NEB M0202 for ligation
QIAprep Spin Miniprep kit Qiagen 27106 for plasmid isolation
DMEM Gibco 31966-021 ES media
FBS Hyclone SH30070.03 ES media
MEM Non-Essential Amino Acid Sigma M7145 ES media
Penicillin-Streptomycin Sigma P4333 ES media
Beta Mercaptoethanol Sigma M6250 ES media
FuGENE HD  Promega E2311 transfection reagent
Opti-MEM® I Reduced Serum Medium Life Technologies 31985-062 for transfection
All-trans retinoic acid Sigma R2625 ligand, for activation of RAR/RXR
96-well clear plate Greiner 655101 for Beta galactosidase assay
96-well white plate Greiner 655075 for Luciferase assay
D-luciferin, potassium salt Goldbio.com 115144-35-9 for Luciferase assay
ATP salt Sigma A7699-1G for Luciferase assay
MgSO4•7H2O Sigma 230391-25G for Luciferase assay
HEPES Sigma H3375-25G for Luciferase assay
Na2HPO4 •7H2O Sigma 431478-50G for Beta galactosidase assay
NaH2PO4 •H2O Sigma S9638-25G for Beta galactosidase assay
MgSO4•7H2O Sigma 230391-25G for Beta galactosidase assay
KCl Sigma P9541-500G for Beta galactosidase assay
ONPG (o-nitrophenyl-β-D-galactosidase) Sigma N1127-1G for Beta galactosidase assay
TRIzol® Life Technologies 15596-026 RNA isolation
High-Capacity cDNA Reverse Transcription Kit Life Technologies 4368814 reverse transcription of eRNA
Rnase-free Dnase Promega M6101 Dnase treatment
SsoFast Eva Green BioRad 750000105 RT-qPCR mastermix
CFX384 Touch™ Real-Time PCR Detection System BioRad qPCR machine
BioTek Synergy 4 microplate reader BioTek luminescent counter

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References

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