Summary
Aquí, se describe un método para analizar los cambios en la iniciación de la traducción de ARNm de células eucariotas en respuesta a condiciones de estrés. Este método se basa en la separación de velocidad en gradientes de sacarosa de la traducción de los ribosomas de los ribosomas no traducir.
Abstract
El control preciso de la traducción del ARNm es fundamental para la homeostasis de células eucariotas, particularmente en respuesta a estrés fisiológico y patológico. Las alteraciones de este programa pueden dar lugar al crecimiento de las células dañadas, un sello distintivo del desarrollo del cáncer, o a la muerte celular prematura tal como se ve en las enfermedades neurodegenerativas. Gran parte de lo que se conoce acerca de la base molecular para la traducción de control se ha obtenido a partir del análisis de polisomas utilizando un sistema de fraccionamiento en gradiente de densidad. Esta técnica se basa en la ultracentrifugación de extractos citoplásmicos en un gradiente lineal de sacarosa. Una vez que se ha completado el giro, el sistema permite el fraccionamiento y la cuantificación de las zonas centrifugadas correspondientes a diferentes poblaciones de traslación ribosomas, lo que resulta en un perfil de polisomas. Cambios en el perfil de polisomas son indicativos de cambios o defectos de iniciación de la traducción que se producen en respuesta a diversos tipos de estrés. Esta técnica también permite evaluar ªe papel de las proteínas específicas en la iniciación de la traducción, y para medir la actividad de traducción de los ARNm específicos. Aquí describimos nuestro protocolo para realizar perfiles de polisomas con el fin de evaluar iniciación de la traducción de las células y los tejidos eucariotas, ya sea en condiciones normales o de estrés de crecimiento.
Introduction
Las células eucariotas constantemente se encuentran con una amplia gama de condiciones de estrés fisiológicos y ambientales nocivos que requieren una rápida respuesta celular adaptativa. Respuesta al estrés celular requiere un equilibrio preciso entre la lucha contra la supervivencia y pro-supervivencia factores que actúan. La interrupción de este equilibrio puede tener consecuencias irreversibles que conducen al desarrollo de patologías humanas como el cáncer y las enfermedades neurodegenerativas. Durante la primera etapa de la respuesta al estrés, las células activan vías de pro-supervivencia que implican el control coordinado de los cambios en la expresión génica a nivel de la traducción del ARNm.
la traducción del ARNm en eucariotas es un proceso celular complejo que implica interacciones coordinadas entre los factores de iniciación de la traducción (EIFS), proteínas de unión de ARN específica (RBDS), y moléculas de ARN 1. la traducción del ARNm se divide en tres fases distintas: la iniciación, elongación, y terminación. Aunque las tres fases están sujetas a regulaciónmecanismos reguladoras, los mecanismos de control de la traducción se dirigen principalmente la fase de iniciación de la traducción, que de este modo constituye el paso limitante de la velocidad de la síntesis de proteínas 2.
Iniciación de la traducción es un proceso altamente ordenado que comienza con la formación de la eIF2a.GTP.Met-tRNA I Met complejo ternario, y su posterior unión a la subunidad 40S del ribosoma, lo que lleva a la formación del complejo de pre-iniciación. El siguiente paso es el reclutamiento del complejo pre-iniciación a ARNm, que implica la actividad de los factores de iniciación de la traducción como eIF4F y eIF3. El complejo de preiniciación 48S así formado sufre cambios conformacionales específicos que permiten esta maquinaria para iniciar la exploración de la región 5'-no traducida del ARNm hasta que se reconoce el codón de iniciación agosto La mayoría de los factores de iniciación de la traducción se liberan y 60S subunidades son reclutados para formar un ribosoma 80S complejo competente para su traducción, unt que se inicia la síntesis de proteínas punto (Figura 1). Más de un 80S monosome se puede traducir la misma mRNA a la vez la producción de los llamados polisomas (o polirribosomas). La densidad de polisomas en un ARNm refleja la iniciación, elongación y las tasas de terminación y por lo tanto es una medida de la traducibilidad de una transcripción en particular. Sin embargo, el perfil de polisomas se utiliza principalmente para evaluar los cambios en la traducción del ARNm en la etapa de iniciación. Aquí hemos utilizado un inhibidor del proteasoma como inhibidor de la iniciación de la traducción. El tratamiento de las células cancerosas con este fármaco induce una respuesta de estrés que se caracteriza por la activación de la quinasa de estrés llamado HRI que fosforila el factor de iniciación de la traducción eIF2a 3. La fosforilación de la eIF2a es uno de los eventos más importantes que conducen a la inhibición de la iniciación de la traducción en células de mamífero 4.
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Protocol
El protocolo sigue las directrices aprobado por la Junta de Revisión Ética de Laval.
1. Preparación de cultivos celulares y de manipulación del cerebro
- Las células de mamíferos y Drosophila
- Crecer HeLa células de cáncer cervical y las células embrionarias Schneider de Drosophila como recomienda la American Type Culture Collection. Trabajar con células en un pasaje bajo.
- Las células de la placa con el fin de alcanzar el 80% de confluencia el día del experimento. Para obtener los mejores resultados, utilice ~ 12 x 10 6 células para cada condición experimental. Antes de hacer los extractos para el análisis polisomas, estimular traducción añadiendo medio completo fresco durante al menos 90 min.
- Aislamiento cerebro: Aislar los cerebros de los ratones de edades comprendidas entre 9 y 16 días después del nacimiento. La eutanasia implica inhalación de CO2 después de la anestesia y la dislocación cervical. Tras el sacrificio, aislar todo el cerebro y, o bien el lugar it a -80 ° C o transferir directamente en frío PBS 1X para su uso inmediato.
2. Preparación del gradiente de densidad sistema de fraccionamiento
- Lave el sistema de tubos con 0,1% SDS durante 5 min.
- Lavar el sistema de tubos con 70% de etanol durante 5 min, después con una solución RNaseZAP durante 5 min antes de lavarlo con agua DEPC.
- La bomba de aire con el fin de secar el sistema de tubos del aparato.
3. Preparación de los gradientes de sacarosa
- Hacer 15% y 55% de sacarosa en soluciones 20 mM de Tris-HCl, pH 7,4, 1,25 mM de MgCl 2, NaCl 150 mM, y DTT 1 mM.
- Generar el 15-55% de gradiente lineal de sacarosa utilizando un Isco Modelo 160 gradiente de primera, como se describe por las instrucciones del fabricante. Sin embargo, es importante para controlar así la velocidad de la bomba peristáltica de TRIS con el fin de evitar la creación de burbujas o turbulencias en los gradientes. Mantener los gradientes a 4 ° C hasta su uso.
- Durante el tiempo en el programa de fabricante de gradiente se está ejecutando, enfriar la ultracentrífuga a 4 ° C.
4. Preparación de células de ratón y extractos de cerebro
- Preparación de extractos celulares
- Coloque la placa (s) en las células de hielo y lavado 3 veces con PBS frío 1X.
- Células de la cosecha (~ 12 x 10 6) en 1 ml de tampón de lisis (Tris-HCl a pH 20 7,4, 1,25 mM de MgCl 2, NaCl 150 mM, DTT 1 mM, 1% Nonidet P40, 5 inhibidor U / ml de RNasa, complementado con mini tabletas completas de cóctel inhibidor de la proteasa libre de EDTA), transferirlos a un tubo Eppendorf, y mezclar bien pasándolos 15x a través de una jeringa de insulina U100 1cc 28 G 1/2. Deje que el lisado celular descansar en hielo durante 15 min.
- Ponga unas gotas de lisado de células en un portaobjetos para evaluar la lisis celular mediante la observación en un microscopio de contraste de fase utilizando un objetivo de 10X. Solamente los núcleos deben ser visibles y no hay membranas celulares deben ser visibles fehaciente para la lisis celular. Como control, observarlas células no lisadas.
- Aclarar el lisado de células por centrifugación a 11.000 xg durante 20 min a 4 ° C y mantener el lisado soluble que contiene los polirribosomas.
- Preparación de extractos de cerebro del ratón
- Homogeneizar todo el cerebro aislado (~ 500 mg) mediante 10 golpes en un homogeneizador Dounce enfriado con hielo con 2 ml de tampón de lisis y aclarar el homogeneizado por centrifugación a 11.000 xg durante 15 min a 4 ° C.
- Cargar el sobrenadante resultante sobre un cojín de 50% sacarosa y proceder con la sedimentación durante 2 horas a 200.000 xg usando un rotor de ultracentrífuga TH-641 a 4 ° C.
- Resuspender el precipitado translúcida que contiene los polirribosomas en 1 ml de tampón de lisis y mezclar bien pipeteando arriba y abajo. Dejar reposar la suspensión en el hielo durante 30 minutos antes de cargar en gradientes.
5. Carga de los extractos en sacarosa Degradados y Ultracentrifugación
- Medir la concentraciónde ARN presente en el extracto citoplásmico utilizando un espectrofotómetro. Con cuidado y poco a poco cargar ~ 20 OD 260 unidades de extracto en el gradiente de sacarosa 15% a 55%. Asegúrese de que no tiene marca de 2-3 mm de espacio disponible en la superficie del tubo para evitar que desborda los tubos durante la centrifugación.
- Centrifugar los gradientes usando un ultra-centrífuga durante 2 horas 30 minutos a 230.000 xg utilizando un rotor de ultracentrífuga TH-641 a 4 ° C. Cuando termina la centrifugación, retire los tubos y colocarlos en hielo con cuidado de no molestar a los gradientes.
6. Fraccionamiento de extractos citoplasmáticos de polisomas Profiling
- Coloque gradientes de sacarosa en sistema de fraccionamiento Densidad automatizado y proceder con el fraccionamiento automatizado y recogida de las fracciones (0,5 ml cada uno), tal como se describe por el fabricante.
- Recoger cada fracción (~ 500 l) en tubos Eppendorf individuales con un seguimiento continuo de la absorbancia a 254 nm. En parallel de la operación de fraccionamiento de gradiente, el perfil polyribosomal se edita en el papel gráfico. También puede utilizar una unidad de adquisición de datos conectado a la grabadora de tabla para tener una adquisición electrónica del perfil polisomas.
- Al final de cada ejecución, transferir Eppendorfs recogidos en hielo seco. En este momento, ya sea tienda recogieron fracciones a -80 ° C o precipitar directamente los complejos de proteína-ARN de la siguiente manera.
7. Extracción de Proteínas y Análisis
- Para cada fracción recogida de gradiente de sacarosa, añadir 2 volúmenes de etanol 100% frío y dejar que los complejos proteína-ARN precipitado a -20 ° C durante la noche.
- Centrifugar cada precipitado de ARN-proteína a 11.000 xg durante 20 min a 4 ° C y luego se lava con etanol al 70%. Seco y resuspender el precipitado en tampón de muestra de SDS-PAGE antes de proceder con transferencia de Western usando anticuerpos específicos (ver Figura 2).
8. Extracción de ARN y Análisis
- Precipitar complejos proteína-ARN como en la sección 7.1. Resuspender cada precipitado de ARN-proteína en el tampón de lisis que contiene 0,1% de SDS. Se digiere el componente de proteína del precipitado con 2 mg / ml de proteinasa K durante 30 min en un 55 ° C baño de agua.
- Extraer los componentes de ARN de la precipitado mediante la adición de 1 volumen de "fenol: cloroformo", 2 volúmenes de cloroformo, y 0,1 volumen de 2 M de NaOAc pH 4 y centrifugando a 10.000 xg a 4 ° C durante 20 min. El precipitado de ARN de la fase acuosa resultante de cada muestra durante la noche a -20 ° C mediante la adición de 1 volumen de isopropanol y 0,2 g / l de glucógeno. Haga girar el precipitado durante 1 hora a 10.000 xga 4 º C. Lavar el precipitado de ARN con etanol al 70% frío.
- Resuspender el sedimento de ARN en un pequeño volumen de agua libre de ARNasa. Evaluar la cantidad y la calidad de ARN usando el espectrofotómetro.
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Representative Results
Como se ha mencionado, polysome perfil permite el análisis de los cambios de iniciación de la traducción bajo condiciones de estrés. Figura 1 es una vista simplificada de iniciación de la traducción que, como se ha descrito anteriormente es un proceso de múltiples etapas que implica un conjunto ordenado de complejos de iniciación de la traducción. En condiciones normales de crecimiento, los complejos de iniciación de traducción se convierten en polirribosomas cuya detección por perfil polysome dar fe de una iniciación de la traducción activa (Figura 2; sin tratar). En condiciones de estrés sin embargo, iniciación de la traducción está bloqueado resultante en la acumulación de 80S monosomas y una reducción de los picos de polisomas (Figura 2; inhibidor del proteasoma).
Figura 1. Un s vista implified de iniciación de la traducción. Iniciación de la traducción implica varios pasos: 1) La formación de la eIF2a.GTP.Met-ARNt i Met complejo ternario, 2) la asociación del complejo ternario con 40S ribosomas formando el complejo preiniciación 43S, 3) la asociación de 43S complejos con ARNm que forman el complejo de preiniciación 48S, 4) la exploración de la región 5'-no traducida del ARNm por los ribosomas 48S hasta que alcance e identifica el codón AUG de iniciación, y 5) el reclutamiento de los grandes subunidad ribosomal 60S a 48S formando el complejo 80S en cuyo punto polipéptidos de síntesis comienza. Cada paso de la iniciación de la traducción implica la actividad de varios factores de iniciación de la traducción. Haga clic aquí para ver la imagen más grande .
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Figura 2. Perfiles y análisis de polisomas polisomas asociados proteínas por transferencia de western en células HeLa (A - B). Extractos citoplasmáticos se prepararon a partir de células HeLa cultivadas, ya sea en condiciones normales (A) o tras el tratamiento con el inhibidor de proteasoma durante 4 horas (B ) y se centrifugó en un 15-55% v / w de gradiente lineal de sacarosa. Perfiles de polisomas se indican en el panel superior. Las posiciones de los ribosomas 40S, 60S ribosomas 80S monosomas y polisomas se indican en cada perfil. Las fracciones de la parte superior (15%) a la parte inferior (55%) de la pendiente se muestran de izquierda a derecha. Las fracciones se recogieron y se analizaron mediante transferencia de western (paneles inferiores) con anticuerpos contra la proteína grande ribosómica L28, así como con la proteína FMRP polisomas asociados que sirven como controles para la integridad polisomas 5,6. Tenga en cuenta que tretamiento con el inhibidor de proteasoma reduce polisomas picos con un concomitantes aumentos en 80S monosomas que indican una inhibición de la iniciación de la traducción. Perfiles típicos obtenidos a partir de células de Drosophila Schneider o ratones cerebro se han descrito en otra parte 7-10. Haga clic aquí para ver la imagen más grande .
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Discussion
El análisis del perfil de polisomas en gradientes de sacarosa permite la medición de iniciación de la traducción mediante el análisis de la densidad de polisomas aislados a partir de células o tejidos 9,11-14. Esta técnica es la mejor (si no el único) método para medir la iniciación de la traducción in vivo. Se utiliza para supervisar el estado de traslación de crecimiento de las células durante el ciclo celular 15, y para evaluar los efectos de diferentes tipos de estrés, incluyendo infecciones virales, hipoxia 13,16, 17, la radiación y los fármacos químicos 18 usado en la terapia, en el inicio de la traducción. Sin embargo, mientras que esta técnica funciona bien para evaluar iniciación de la traducción de cultivos de células y tejidos específicos tales como el cerebro y el hígado, que queda por establecer si se puede utilizar para comparar iniciación de la traducción de tejidos normales frente a enfermos y tumores.
Los cambios en los perfiles de polisomas también pueden ocurrir bajo condiciones que alteran la traducción elongaciónción o terminación. En estos casos, la inhibición de la tasa de elongación de la traducción dará lugar a un aumento de polisomas picos mientras que una inhibición de la terminación debe resultar en polisomas más grandes en relación con el control. En contraste, los inhibidores de la iniciación de la traducción prevenir reforma de polisomas porque la formación de los complejos de iniciación de la traducción activos se bloquea. Esto se refleja en los perfiles de polisomas por una reducción de los picos de los polisomas con un aumento concomitante de 80S monosomas. Debido a que los inhibidores de la traducción se estancan los complejos de iniciación de traducción, se espera que tanto los años 40 y 60 picos también aumentarán. Sin embargo, muy a menudo se observa un aumento en sólo 80S monosomas sobre la inhibición de la iniciación de la traducción. La razón por la cual no se observa un aumento en los otros complejos ribosómicos es actualmente desconocido. Una posible explicación podría ser que se puede producir la asociación fortuita entre ribosomal complejos estancadas durante la extracción que conduce a la acumulación observadación de sólo 80S monosomas.
Al lado de la análisis de iniciación de la traducción, polisomas técnica de perfil puede ayudar a confirmar la identidad de los factores de iniciación de la traducción (tales como eIF4E, eIF4A y eIF4G) y para identificar reguladores de traducción novedosos. Como factores de iniciación de la traducción se liberan de los ribosomas en el último paso iniciación de la traducción, que no deben ser detectados sobre la traducción de ribosomas fracciones. La asociación de las proteínas tales como la FMRP 14, SMN 19,20, TDRD3 21 con ambos polisomas y fracciones no polisomas indica que el papel regulador de estas proteínas en la traducción no se limita a la etapa de iniciación. Seguimiento de la asociación de proteínas con polisomas también constituye un poderoso medio para evaluar la forma en condiciones de estrés podrían afectar a la actividad de traducción de proteínas específicas. Sin embargo, la asociación de proteínas específicas con polisomas por sí mismo no es suficiente para concluir un rol traslacionale, que luego tiene que ser confirmado por estudios funcionales. Por último, la técnica de perfil polisomas permite la determinación de la actividad de traducción de los ARNm específicos en diversas condiciones, y para el examen de los mecanismos específicos que regulan la traducción tales como la represión de traducción de los genes miARN mediada por 22. El uso general de análisis de polisomas se puede ampliar aún más el uso de una variedad de aplicaciones posteriores, incluyendo análisis de microarrays de todo el genoma y, más recientemente, el ribosoma transcriptoma escala de perfiles de 23-26 permitiendo para la predicción robusta de expresión de la proteína y que es más importante proporcionar una nueva herramienta experimental potente para el análisis de control de la traducción 23-27.
Al igual que con cualquier metodología, las precauciones deben ser tomadas durante la realización de perfiles de polisomas. A este respecto, varios parámetros, tales como el paso de células, lisis celular, la cantidad de extracto de células para ser cargada en el gradiente, y la integridad del ARN deben estar bien Controlled. También se requiere Optimización de las condiciones de ultracentrifugación con el fin de obtener la mejor separación de la población ribosómico a través de los gradientes de sacarosa. Los componentes que constituyen los gradientes y tampón de lisis tal como sacarosa y detergentes, pueden dar absorbancia en la longitud de onda de 254 nm. Por tanto, es importante incluir un gradiente de control que contenía sólo tampón de lisis. Por último, los propios gradientes deben ser manejados con precaución, ya que la perturbación mínima de los gradientes puede tener efectos enormes sobre los perfiles de polisomas.
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Disclosures
Los autores no tienen nada que revelar.
Acknowledgments
PA es un beneficiario de una beca "Pierre Durand" de la Facultad de medicina de la Universidad de Laval. Este trabajo fue apoyado por las Ciencias Naturales e Ingeniería de Investigación de Canadá (MOP-CG095386) a RM El fraccionador polisomas fue adquirida a través de una subvención de la Fundación Canadiense para la Innovación (MOP-GF091050) para RMR M tiene un nuevo premio salarial investigador CIHR.
Agradecemos a los Dres. E. Khandjian, I. Gallouzi, S. Di-Marco y A. Cammas para consejos útiles.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Cells | |||
| HeLa cervical cancer cells | American Type Culture Collection (Manassas, VA; ATCC) | CCL-2 | |
| Schneider Drosophila embryonic cells | American Type Culture Collection (Manassas, VA; ATCC) | CRL-1963 | |
| Culture medium and Supplements | |||
| Schneider’s Drosophila Medium | Sigma-Aldrich | SO146-500ml | |
| DMEM | Life technologies | 11995-073 | |
| FBS | Fisher Scientist Scientist | SH30396-03 | |
| Penicillin/streptomycin | Life technologies | 15140122 | |
| Sucrose solutions | |||
| D-sucrose | Fisher Scientist | BP220-212 | |
| Glycerol | Sigma-Aldrich | 49767 | |
| Bromophenol blue | Fisher Scientist | B3925 | |
| Lysis buffer | |||
| Tris HCl | Fisher Scientist | BP153-500 | |
| MgCl2 | Sigma-Aldrich | M2670-100G | |
| NaCl | Tekniscience | 3624-05 | |
| DTT | Sigma-Aldrich | D 9779 | |
| Nonidet P40 (Igepal CA-630 ) | MJS Biolynx | 19628 | |
| SDS | Tekniscience | 4095-02 | |
| RNase inhibitor (RnaseOUT Recombinant Ribonuclease Inhibitor) | Life technologies | 10777-019 | |
| Antiproteases (complete, mini, EDTA free) | Roche | 11,836,170,001 | |
| RNA Extraction | |||
| Proteinase K | Life technologies | AM2542 | |
| Phenol:chloroform | Fisher Scientist | BP1754I-400 | |
| Chloroform | Fisher Scientist | C298-500 | |
| Glycogen | Life technologies | 10814-010 | |
| Isopropanol | Acros organics | 327270010 | |
| Antibodies | |||
| anti-FMRP antibody | Fournier et al., Cancer Cell International, 2010 | ||
References
- Gebauer, F., Hentze, M. W.
- Jackson, R. J., Hellen, C. U. T., Pestova, T. V. The mechanism of eukaryotic translation initiation and principles of its regulation. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 11 (2), 113-127 (2010).
- Fournier, M. -J., Gareau, C., Mazroui, R. The chemotherapeutic agent bortezomib induces the formation of stress granules. Cancer Cell International. 10 (12), (2010).
- Holcik, M., Sonenberg, N. Translational control in stress and apoptosis. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 6 (4), 318-327 (2005).
- Mazroui, R., Huot, M. -E., Tremblay, S., Filion, C., Labelle, Y., Khandjian, E. W. Trapping of messenger RNA by Fragile X Mental Retardation protein into cytoplasmic granules induces translation repression. Human Molecular Genetics. 11 (24), 3007-3017 (2002).
- Mazroui, R., Huot, M. -E., Tremblay, S., Boilard, N., Labelle, Y., Khandjian, E. W. Fragile X Mental Retardation protein determinants required for its association with polyribosomal mRNPs. Human Molecular Genetics. 12 (23), 3087-3096 (2003).
- Farny, N. G., Kedersha, N. L., Silver, P. a Metazoan stress granule assembly is mediated by P-eIF2alpha-dependent and -independent mechanisms. RNA. 15 (10), New York, N.Y. 1814-1821 (2009).
- Gareau, C., Houssin, E., et al. Characterization of fragile x mental retardation protein recruitment and dynamics in Drosophila stress granules. PLoS ONE. 8 (2), (2013).
- Brackett, D. M., Qing, F., Amieux, P. S., Sellers, D. L., Horner, P. J., Morris, D. R. FMR1 transcript isoforms: association with polyribosomes; regional and developmental expression in mouse brain. PLoS ONE. 8 (3), (2013).
- Khandjian, E. W., Huot, M. -E., Tremblay, S., Davidovic, L., Mazroui, R., Bardoni, B. Biochemical evidence for the association of fragile X mental retardation protein with brain polyribosomal ribonucleoparticles. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (36), 13357-13362 (2004).
- Erikson, A., Winblad, B., Wallace, W. Translational control of gene expression in the human brain. Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry. 13 (3-4), 469-479 (1989).
- Stephens, S. B., Nicchitta, C. V In vitro and tissue culture methods for analysis of translation initiation on the endoplasmic reticulum. Methods in Enzymology. 431, 47-60 (2007).
- Koritzinsky, M., Wouters, B. G. Hypoxia and regulation of messenger RNA translation. Methods in Enzymology. 435, 247-273 (2007).
- Khandjian, E. W., Corbin, F., Woerly, S., Rousseau, F. The fragile X mental retardation protein is associated with ribosomes. Nature Genetics. 12, 91-93 (1996).
- Sivan, G., Kedersha, N., Elroy-Stein, O. Ribosomal slowdown mediates translational arrest during cellular division. Molecular and Cellular Biology. 27 (19), 6639-6646 (2007).
- Thomas, J. D., Johannes, G. J. Identification of mRNAs that continue to associate with polysomes during hypoxia. RNA. 13, 1116-1131 (2007).
- Kumaraswamy, S., Chinnaiyan, P., Shankavaram, U. T., Lü, X., Camphausen, K., Tofilon, P. J. Radiation-induced gene translation profiles reveal tumor type and cancer-specific components. Cancer Research. 68 (10), 3819-3826 (2008).
- Fournier, M. -J., Coudert, L., et al. Inactivation of the mTORC1-eIF4E Pathway alters Stress Granules Formation. Molecular and Cellular Biology. 33 (11), 2285-2301 (2013).
- Sanchez, G., Dury, A. Y., et al. A novel function for the survival motoneuron protein as a translational regulator. Human Molecular Genetics. 22 (4), 668-684 (2013).
- Béchade, C., Rostaing, P., et al. Subcellular distribution of survival motor neuron (SMN) protein: possible involvement in nucleocytoplasmic and dendritic transport. The European Journal of Neuroscience. 11 (1), 293-304 (1999).
- Goulet, I., Boisvenue, S., Mokas, S., Mazroui, R., Côté, J. TDRD3, a novel Tudor domain-containing protein, localizes to cytoplasmic stress granules. Human Molecular Genetics. 17 (19), 3055-3074 (2008).
- Nottrott, S., Simard, M. J., Richter, J. D. Human let-7a miRNA blocks protein production on actively translating polyribosomes. Nature Structural & Molecular Biology. 13 (12), 1108-1114 (2006).
- Genolet, R., Araud, T., Maillard, L., Jaquier-Gubler, P., Curran, J. An approach to analyse the specific impact of rapamycin on mRNA-ribosome association. BMC Medical Genomics. 1 (33), (2008).
- Del Prete, M. J., Vernal, R., Dolznig, H., Müllner, E. W., Garcia-Sanz, J. a Isolation of polysome-bound mRNA from solid tissues amenable for RT-PCR and profiling experiments. RNA. 13 (3), New York, N.Y. 414-421 (2007).
- Thoreen, C. C., Chantranupong, L., Keys, H. R., Wang, T., Gray, N. S., Sabatini, D. M. A unifying model for mTORC1-mediated regulation of mRNA translation. Nature. 485 (7396), 109-113 (2012).
- Ingolia, N. T., Brar, G. A., Rouskin, S., Mcgeachy, A. M., Weissman, J. S. The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments. Nature Protocols. 7 (8), 1534-1550 (2012).
- Morris, D. R. Ribosomal footprints on a transcriptome landscape. Genome Biology. 10 (4), (2009).
