Summary
Her beskriver vi en fremgangsmåte for å analysere endringer i initiering av mRNA oversettelse av eukaryote celler som svar på stressbetingelser. Denne metoden er basert på hastighetsseparasjon på sakkarosegradienter av sette ribosomer fra ikke-sette ribosomer.
Abstract
Nøyaktig kontroll av mRNA oversettelse er fundamental for eukaryot celle homeostase, særlig som følge av fysiologisk og patologisk stress. Endringer av dette programmet kan føre til vekst av skadede celler, et kjennetegn på kreftutvikling, eller til for tidlig celledød, for eksempel som vist i neurodegenerative sykdommer. Mye av det som er kjent angående den molekylære basis for translasjons-kontroll er blitt oppnådd fra polysome analyse ved hjelp av en densitetsgradient fraksjoneringssystem. Denne teknikken bygger på ultracentrifugation av cytoplasmatiske ekstrakter på en lineær sukrosegradient. Når spinningen er fullført, kan systemet fraksjonering og kvantifisering av sentrifugert soner svarende til forskjellige populasjoner sette ribosomer, noe som resulterer i en polysome profil. Endringer i polysome profilen er en indikasjon på endringer eller mangler ved translasjons-initierings som forekommer som respons på forskjellige typer stress. Denne teknikken gjør det også mulig å vurdere the rollen til spesifikke proteiner for translasjonsinitiering, og for å måle translatorisk aktiviteten av spesifikke mRNA. Her beskriver vi vår protokoll for å utføre polysome profiler for å vurdere oversettelse initiering av eukaryote celler og vev enten under normale eller stress vekstvilkår.
Introduction
Eukaryote celler stadig støter på en rekke skadelige fysiologiske og miljømessige stress forhold som krever rask adaptiv celle respons. Cell stressrespons innebærer en presis balanse mellom anti-overlevelse og pro-overlevelse virkende faktorer. Forstyrre denne balansen kan ha irreversible konsekvenser som fører til utvikling av menneskelige sykdommer som kreft og nevrodegenerative sykdommer. Under det første trinn av stressrespons, celler aktiverer pro-overlevelsesveier som involverer den koordinerte styring av endringer i genekspresjon på nivået av mRNA oversettelse.
mRNA oversettelse i eukaryoter er en kompleks cellulær prosess som innebærer koordinert samhandling mellom oversettelse initiering faktorer (EIFS), spesifikt RNA bindende proteiner (RBDs), og RNA-molekyler en. mRNA oversettelse er delt inn i tre distinkte faser: initiering, forlengelse, og terminering. Selv om alle tre fasene er underlagt regulatory mekanismer, translasjonelle kontrollmekanismer retter seg for det meste initieringsfasen av translasjon, som således utgjør det hastighetsbegrensende trinn i proteinsyntesen 2.
Oversettelse initiering er en høyt organisert prosess som begynner med dannelsen av eIF2a.GTP.Met-tRNA i Met ternært kompleks og etterfølgende binding til det 40S ribosom-underenheten, som fører til dannelsen av for tidlig detonasjon kompleks. Det neste trinnet er rekrutteringen av preinitiation komplekset til mRNA, noe som innebærer at aktiviteten av translasjon initiering av faktorer som eIF4F og eIF3. Den 48S preinitiation kompleks dermed dannet gjennomgår bestemte konformasjonsendringer som gjør dette maskineriet skal begynne å skanne 5'-untranslated region av mRNA før den gjenkjenner startkodonet august De fleste av oversettelses initiering faktorene blir deretter løslatt og 60S subenheter er rekruttert for å danne en 80S ribosom kompleks kompetent for oversettelse, ent hvilket punkt proteinsyntese begynner (fig. 1). Mer enn en 80S monosome kan oversette det samme mRNA gangen produsere såkalte polysomes (eller polyribosomes). Tettheten av polysomes på en mRNA reflekterer initiering, tøyelighet og terminerings prisene og dermed er et mål på translatability av et bestemt transkript. Imidlertid er polysome profilen hovedsakelig brukt for å vurdere endringer i mRNA oversettelse ved initiering trinn. Her har vi brukt en proteasominhibitor som oversettelse initiering inhibitor. Behandling av kreftceller med dette stoffet induserer en stressrespons, karakterisert ved aktivering av stress kinase heter HRI som fosforylerer translasjons-initierings-faktor eIF2a 3. Fosforylering av eIF2a er en av de viktigste hendelser som fører til hemming av translasjon initiering i pattedyrceller 4.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Protokollen følger retningslinjene godkjent av Lavals Ethical Review Board.
En. Utarbeidelse av cellekulturer og Brain Manipulasjon
- Pattedyr og Drosophila Cells
- Grow HeLa livmorhalskreftceller og Schneider Drosophila embryonale celler som anbefalt av American Type Culture Collection. Arbeid med celler på en lav passasje.
- Plate-celler for å nå 80% sammenløp dagen for eksperimentet. For best resultat, bruk ~ 12 x 10 6 celler for hver eksperimentell betingelse. Før vi gjør ekstrakter for polysome analyse, stimulere oversettelse ved å legge friske komplett medium i minst 90 min.
- Brain isolasjon: Isoler hjerner fra mus i alderen mellom 9 og 16 dager etter fødselen. Avliving innebærer CO 2 inhalasjon etter anestesi og halshugging. Etter offer, isolere hele hjernen og enten sted jegt ved -80 ° C, eller direkte overføre det inn i kald PBS 1X for umiddelbar bruk.
2. Utarbeidelse av densitetsgradienten Fraksjone System
- Vask rørsystem med 0,1% SDS i 5 min.
- Vask rørsystem med 70% etanol i 5 min, deretter med RNaseZAP løsning i 5 min før vaske den med DEPC vann.
- Pumpe luft for å tørke slangen system i anordningen.
3.. Fremstilling av sakkarosegradienter
- Lag 15% og 55% sukrose-løsninger i 20 mM Tris-HCl pH 7,4, 1,25 mM MgCl2, 150 mM NaCl, og 1 mM DTT.
- Generere den lineære 15-55% sukrose gradient ved hjelp av en Isco Modell 160 gradient tidligere, som beskrevet i produsentens instruksjoner. Imidlertid er det viktig å kontrollere godt TRIS peristaltiske pumpehastighet for å unngå dannelsen av bobler eller turbulens i de gradienter. Hold gradienter ved 4 ° C før bruk.
- I løpet av den tiden da gradient maker programmet kjører, kjøle ultrasentrifugerør til 4 ° C.
4. Utarbeidelse av Cell og mus hjernen ekstrakter
- Utarbeidelse av celle ekstrakter
- Sett platen (e) på is og vaske celler 3x med kald PBS 1X.
- Slakte celler (~ 12 x 10 6) i 1 ml lyseringsbuffer (20 mM Tris-HCl ved pH 7,4, 1,25 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1% Nonidet P40, 5 U / ml RNase inhibitor, supplert med komplett mini EDTA-fri proteasehemmer cocktail tabletter), overføre dem til en Eppendorf rør, og bland godt ved å føre dem 15x gjennom en 1cc U100 insulinsprøyte 28 G 1/2. La cellelysat hvile på is i 15 min.
- Sett noen dråper cellelysat på et lysbilde for å vurdere cellulær lyse ved å observere på en fase kontrast mikroskop ved hjelp av en 10X objektiv. Bare kjerner bør være synlig og ingen cellemembraner bør være synlig attesterer for cellelyse. Som en kontroll, observereulyserte celler.
- Klargjøre cellelysat ved sentrifugering ved 11 000 xg i 20 min ved 4 ° C og holde den oppløselige lysat som inneholder polyribosomes.
- Utarbeidelse av mus hjernen Ekstrakter
- Homogen hele isolerte hjerne (~ 500 mg) ved 10 slag i en iskald Douce-homogenisator med 2 ml lyseringsbuffer og klar homogenatet ved sentrifugering ved 11 000 xg i 15 min ved 4 ° C.
- Legg den resulterende supernatanten på en pute av 50% sukrose og fortsette med sedimentering i 2 timer ved 200.000 x g ved hjelp av en ultrasentrifuge rotor TH-641 ved 4 ° C.
- Resuspender den gjennomskinnelige pellet inneholdende polyribosomes i 1 ml lyseringsbuffer og bland godt ved å pipettere opp og ned. La suspensjon hvile på isen i 30 minutter før du legger på graderinger.
5. Legge Ekstrakter på sakkarosegradienter og ultracentrifugation
- Måle konsentrasjonenav RNA tilstede i cytoplasmisk ekstrakt ved hjelp av et spektrofotometer. Forsiktig og langsomt laste ~ 20 OD 260 enheter av ekstraktet på 15% til 55% sakkarose-gradient. Pass på at det er 2-3 mm ledig plass på overflaten av røret for å unngå overfylte rørene under sentrifugering.
- Sentrifuger gradienter ved bruk av en ultra-sentrifuge i 2 timer 30 minutter ved 230000 x g ved hjelp av en ultrasentrifuge rotor TH-641 ved 4 ° C. Når sentrifuge ender, fjerne rørene og plassere dem på isen forsiktig for ikke å forstyrre gradienter.
6. Fraksjonering av cytoplasmatiske Ekstrakter til Polysomes Profiling
- Plasser sakkarosegradienter på Automated Tetthet Fraksjone System og fortsette med automatisert fraksjonering og oppsamling av fraksjoner (0,5 ml hver gang), som beskrevet av produsenten.
- Samle hver fraksjon (~ 500 ul) i individuelle Eppendorf-rør med kontinuerlig overvåkning av absorbans ved 254 nm. I parallel på graderingen fraksjone drift, vil den polyribosomal profilen redigering på diagrammet papir. Alternativt kan du bruke en datainnsamlingsenhet festet til kurveopptegner å ha en elektronisk oppkjøp av polysome profil.
- På slutten av hver kjøring, overføre innsamlede Eppendorfs på tørris. På denne tiden, enten store fraksjoner samlet ved -80 ° C, eller direkte utfelle protein-RNA-komplekser som følger.
7. Protein Extraction og analyse
- Til hver oppsamlet fraksjon på sukrose-gradient, tilsett 2 volumdeler 100% kald etanol og la RNA-protein-komplekser utfelles ved -20 ° C over natten.
- Sentrifuger hvert RNA-proteinbunnfall på 11 000 xg i 20 min ved 4 ° C vaskes deretter med 70% etanol. Tørk og resuspender utfellingen i SDS-PAGE prøvebuffer før fortsetter med Western blot ved hjelp av spesifikke antistoffer (se figur 2).
8. RNA Utvinning og Analysis
- Fremskynde RNA-protein komplekser som i § 7.1. Resuspender hvert RNA-proteinbunnfallet i lyseringsbuffer inneholdende 0,1% SDS. Fordøye proteinkomponenten av bunnfallet med 2 mg / ml proteinase K i 30 minutter i et 55 ° C vannbad.
- Ekstraher RNA-komponentene av bunnfall ved å tilsette 1 volum av "fenol: kloroform", 2 volumdeler kloroform, og 0,1 volum av 2 M NaOAc pH 4, og sentrifugering ved 10,000 x g ved 4 ° C i 20 min. Bunnfall RNA fra den resulterende vandige fase av hver prøve over natten ved -20 ° C ved tilsetning av 1 volum av isopropanol og 0,2 mikrogram / mikroliter glykogen. Spin utfellingen i 1 time ved 10.000 xg ved 4 ° C. Vask RNA pellet med 70% kaldt etanol.
- Resuspender RNA pelleten i et lite volum av RNAse fritt vann. Vurdere mengden og kvaliteten av RNA ved hjelp av spektrofotometer.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Polysome profilen Som nevnt ovenfor, tillater analyse av endringer av translasjons-initierings henhold stressbetingelser. Figur 1 er en forenklet visning av translasjon initiering som er beskrevet tidligere er en flertrinns prosess som omfatter en ordnet samling av translasjons-initierings-komplekser. Under normale vekstvilkår, er oversettelse initiering komplekser konvertert til polyribosomes som deteksjon av polysome profil attest for en aktiv oversettelse initiering (figur 2; Ubehandlet). Under stressbetingelser er imidlertid translasjons-initierings-blokkert resulterer i akkumulering av 80S monosomes og en reduksjon av polysome topper (Fig. 2; proteasominhibitor).
Figur 1. Et s implified visning av oversettelse initiering. Oversettelse initiering involverer flere trinn: 1) Dannelsen av eIF2a.GTP.Met-tRNA jeg møtte trefoldig kompleks, 2) sammenslutning av trefoldig kompleks med 40S ribosomer danner 43S preinitiation kompleks, 3) foreningen av 43S komplekser med mRNA som danner 48S preinitiation kompleks, 4) å skanne den 5'-ikke-translaterte regionen av mRNA ved 48S ribosomer til den når og identifiserer initiering august kodon, og 5) rekruttering av den store ribosomale subenhet til 60S 48S danner 80S-komplekset på hvilket tidspunkt overfor polypeptid syntese starter. Hvert trinn av translasjon initiering omfatter aktiviteten av flere translasjons-initierings-faktorer. for å vise større bilde .
upload/51164/51164fig2highres.jpg "src =" / files/ftp_upload/51164/51164fig2.jpg "width =" 500px "/>
. Figur 2 Polysomes profiler og analyse av polysomes assosierte proteiner ved Western blot i HeLa-celler (A - B). Cytoplasmiske ekstrakter ble fremstilt fra HeLa-celler dyrket i enten normale forhold (A), eller ved behandling med det proteasominhibitor i 4 timer (B ) og sentrifugert i en 15 til 55% v / w lineær sukrosegradient. Polysomes profilene er vist i toppanelet. Posisjonene til 40S ribosomer, 60S ribosomer, 80S monosomes og polysomes er indikert i hver profil. Fraksjoner fra toppen (15%) til bunnen (55%) av gradienten er vist fra venstre til høyre. Fraksjoner ble samlet og analysert ved hjelp av western blot (bunnplater) med antistoffer mot den store ribosomale L28 protein, så vel som med polysome-assosiert protein FMRP som tjener som styringer for polysome integritet 5,6. Legg merke til at treling med proteasominhibitor reduserer polysomes topper med en samtidig økning i 80S monosomes indikerer en hemming av oversettelse initiering. Typiske profiler fra Schneider Drosophila celler eller mus hjernen har blitt beskrevet andre steder 7-10. Klikk her for å se større bilde .
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Den polysome profilanalyse på sakkarosegradienter tillater måling av oversettelse initiering ved å analysere tettheten av polysomes isolert fra celler eller vev 9,11-14. Denne teknikk er best (hvis ikke den unike) tilnærming til måling av translasjons-initierings in vivo. Den brukes til å overvåke statusen for translatorisk voksende celler i løpet av cellesyklusen 15, og for å vurdere virkningene av forskjellige typer stress, inkludert virusinfeksjoner, hypoksi 13,16, stråling 17, og kjemiske midler for 18 bruk i terapi, for translasjonsinitiering. Selv om denne teknikken fungerer godt for å vurdere oversettelse initiering av cellekulturer og spesifikke vev som hjerne og lever, gjenstår det å bli etablert dersom det kan brukes til å sammenligne oversettelses initiering av normal versus syke vev og svulster.
Endringer i polysome profiler kan også oppstå under forhold som endrer oversettelseslangstraktesjon eller oppsigelse. I disse tilfeller vil inhiberingen av forlengelseshastigheter på oversettelsen føre til en økning av polysomes topper, mens en inhibering av terminering bør resultere i større polysomes i forhold til kontrollen. I kontrast, hemmere av oversettelse initiering hindre reformasjon av polysomes fordi dannelse av aktive oversettelse initiering komplekser er blokkert. Dette gjenspeiles i polysomes profiler ved en reduksjon av polysomes topper med en samtidig økning av 80S monosomes. Fordi oversettelses hemmere stall oversettelse initiering komplekser, er det forventet at både 40S og 60S topper vil også øke. Men svært ofte en økning på bare 80S monosomes er observert ved hemming av oversettelse initiering. Grunnen til at en økning i de andre ribosomale kompleksene ikke er observert er for tiden ukjent. En mulig forklaring kan være at tilfeldig sammenheng mellom fastlåste ribosomal komplekser kan oppstå under utvinning fører til den observerte oppsamlinsjon av bare 80S monosomes.
Foruten analyse av oversettelse initiering, kan polysome profilen teknikk bidra til å bekrefte identiteten til oversettelse initiering faktorer (for eksempel eIF4E, eIF4A og eIF4G) og å identifisere nye oversettings regulatorer. Som oversettelse initiering faktorer er løslatt fra ribosomer i siste oversettelse initiering trinnet, bør de ikke bli oppdaget i løpet sette ribosomer fraksjoner. Foreningen av proteiner som FMRP 14, SMN 19,20, TDRD3 21 med begge polysomes og ikke-polysomes fraksjoner indikerer at regulerende rolle av disse proteinene i oversettelse ikke er begrenset til initiering trinn. Overvåking foreningen av proteiner med polysomes utgjør også et kraftig middel til å vurdere hvordan stress forhold kan påvirke translasjonsaktiviteten av spesifikke proteiner. Men, er ikke tilstrekkelig til å konkludere med en translasjonsforskning rol foreningen av spesifikke proteiner med polysomes av seg selve, som deretter må bli bekreftet ved funksjonelle studier. Endelig, gjør det mulig for polysome profilteknikk bestemmelse av translasjonelle aktiviteten av spesifikke mRNA under forskjellige forhold, og for utvelgelse av spesifikke mekanismer som regulerer oversettelse som miRNA mediert translasjonell undertrykkelse 22.. Den generelle bruken av polysome analyse kan bli ytterligere utvidet ved hjelp av en rekke nedstrøms applikasjoner, inkludert genom-wide microarray analyse og mer nylig transcriptome-skala ribosom profilering 23-26 åpner for robust prediksjon av protein uttrykk og enda viktigere å gi et nytt kraftig eksperimentelt verktøy for analyse av translasjonelle kontroll 23-27.
Som med alle metodikk, forholdsregler må tas mens du utfører polysome profilering. I denne forbindelse bør flere parametre slik som cellepassasje, cellelyse, mengden celleekstrakt som skal lastes på graderingen, og RNA integritet være godt controlled. Optimalisering av ultra-sentrifugeforhold er også nødvendig for å oppnå best mulig separasjon av ribosomal befolkningen gjennom sakkarosegradienter. Komponentene som utgjør de graderinger og lysis buffer som sukrose og vaskemidler, kan gi absorbans i 254 nm bølgelengde. Det er derfor viktig å ta med en kontroll-gradient inneholdende bare lysis buffer. Til slutt bør det graderinger selv håndteres med forsiktighet, da minimal forstyrrelse av gradienter kan forårsake store effekter på polysomes profiler.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Forfatterne har ingenting å avsløre.
Acknowledgments
PA er en mottaker av et stipend "Pierre Durand" fra Fakultet for medisin av Laval University. Dette arbeidet ble støttet av naturvitenskap og Engineering Research Council of Canada (MOP-CG095386) til RM The polysome fraksjone ble kjøpt gjennom en kanadisk Foundation for innovasjon stipend (MOP-GF091050) til RMR M har en ny CIHR etterforsker lønn award.
Vi er takknemlige for legene. E. Khandjian, I. Gallouzi, S. Di-Marco og A. Cammas for nyttige råd.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Cells | |||
| HeLa cervical cancer cells | American Type Culture Collection (Manassas, VA; ATCC) | CCL-2 | |
| Schneider Drosophila embryonic cells | American Type Culture Collection (Manassas, VA; ATCC) | CRL-1963 | |
| Culture medium and Supplements | |||
| Schneider’s Drosophila Medium | Sigma-Aldrich | SO146-500ml | |
| DMEM | Life technologies | 11995-073 | |
| FBS | Fisher Scientist Scientist | SH30396-03 | |
| Penicillin/streptomycin | Life technologies | 15140122 | |
| Sucrose solutions | |||
| D-sucrose | Fisher Scientist | BP220-212 | |
| Glycerol | Sigma-Aldrich | 49767 | |
| Bromophenol blue | Fisher Scientist | B3925 | |
| Lysis buffer | |||
| Tris HCl | Fisher Scientist | BP153-500 | |
| MgCl2 | Sigma-Aldrich | M2670-100G | |
| NaCl | Tekniscience | 3624-05 | |
| DTT | Sigma-Aldrich | D 9779 | |
| Nonidet P40 (Igepal CA-630 ) | MJS Biolynx | 19628 | |
| SDS | Tekniscience | 4095-02 | |
| RNase inhibitor (RnaseOUT Recombinant Ribonuclease Inhibitor) | Life technologies | 10777-019 | |
| Antiproteases (complete, mini, EDTA free) | Roche | 11,836,170,001 | |
| RNA Extraction | |||
| Proteinase K | Life technologies | AM2542 | |
| Phenol:chloroform | Fisher Scientist | BP1754I-400 | |
| Chloroform | Fisher Scientist | C298-500 | |
| Glycogen | Life technologies | 10814-010 | |
| Isopropanol | Acros organics | 327270010 | |
| Antibodies | |||
| anti-FMRP antibody | Fournier et al., Cancer Cell International, 2010 | ||
References
- Gebauer, F., Hentze, M. W.
- Jackson, R. J., Hellen, C. U. T., Pestova, T. V. The mechanism of eukaryotic translation initiation and principles of its regulation. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 11 (2), 113-127 (2010).
- Fournier, M. -J., Gareau, C., Mazroui, R. The chemotherapeutic agent bortezomib induces the formation of stress granules. Cancer Cell International. 10 (12), (2010).
- Holcik, M., Sonenberg, N. Translational control in stress and apoptosis. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 6 (4), 318-327 (2005).
- Mazroui, R., Huot, M. -E., Tremblay, S., Filion, C., Labelle, Y., Khandjian, E. W. Trapping of messenger RNA by Fragile X Mental Retardation protein into cytoplasmic granules induces translation repression. Human Molecular Genetics. 11 (24), 3007-3017 (2002).
- Mazroui, R., Huot, M. -E., Tremblay, S., Boilard, N., Labelle, Y., Khandjian, E. W. Fragile X Mental Retardation protein determinants required for its association with polyribosomal mRNPs. Human Molecular Genetics. 12 (23), 3087-3096 (2003).
- Farny, N. G., Kedersha, N. L., Silver, P. a Metazoan stress granule assembly is mediated by P-eIF2alpha-dependent and -independent mechanisms. RNA. 15 (10), New York, N.Y. 1814-1821 (2009).
- Gareau, C., Houssin, E., et al. Characterization of fragile x mental retardation protein recruitment and dynamics in Drosophila stress granules. PLoS ONE. 8 (2), (2013).
- Brackett, D. M., Qing, F., Amieux, P. S., Sellers, D. L., Horner, P. J., Morris, D. R. FMR1 transcript isoforms: association with polyribosomes; regional and developmental expression in mouse brain. PLoS ONE. 8 (3), (2013).
- Khandjian, E. W., Huot, M. -E., Tremblay, S., Davidovic, L., Mazroui, R., Bardoni, B. Biochemical evidence for the association of fragile X mental retardation protein with brain polyribosomal ribonucleoparticles. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (36), 13357-13362 (2004).
- Erikson, A., Winblad, B., Wallace, W. Translational control of gene expression in the human brain. Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry. 13 (3-4), 469-479 (1989).
- Stephens, S. B., Nicchitta, C. V In vitro and tissue culture methods for analysis of translation initiation on the endoplasmic reticulum. Methods in Enzymology. 431, 47-60 (2007).
- Koritzinsky, M., Wouters, B. G. Hypoxia and regulation of messenger RNA translation. Methods in Enzymology. 435, 247-273 (2007).
- Khandjian, E. W., Corbin, F., Woerly, S., Rousseau, F. The fragile X mental retardation protein is associated with ribosomes. Nature Genetics. 12, 91-93 (1996).
- Sivan, G., Kedersha, N., Elroy-Stein, O. Ribosomal slowdown mediates translational arrest during cellular division. Molecular and Cellular Biology. 27 (19), 6639-6646 (2007).
- Thomas, J. D., Johannes, G. J. Identification of mRNAs that continue to associate with polysomes during hypoxia. RNA. 13, 1116-1131 (2007).
- Kumaraswamy, S., Chinnaiyan, P., Shankavaram, U. T., Lü, X., Camphausen, K., Tofilon, P. J. Radiation-induced gene translation profiles reveal tumor type and cancer-specific components. Cancer Research. 68 (10), 3819-3826 (2008).
- Fournier, M. -J., Coudert, L., et al. Inactivation of the mTORC1-eIF4E Pathway alters Stress Granules Formation. Molecular and Cellular Biology. 33 (11), 2285-2301 (2013).
- Sanchez, G., Dury, A. Y., et al. A novel function for the survival motoneuron protein as a translational regulator. Human Molecular Genetics. 22 (4), 668-684 (2013).
- Béchade, C., Rostaing, P., et al. Subcellular distribution of survival motor neuron (SMN) protein: possible involvement in nucleocytoplasmic and dendritic transport. The European Journal of Neuroscience. 11 (1), 293-304 (1999).
- Goulet, I., Boisvenue, S., Mokas, S., Mazroui, R., Côté, J. TDRD3, a novel Tudor domain-containing protein, localizes to cytoplasmic stress granules. Human Molecular Genetics. 17 (19), 3055-3074 (2008).
- Nottrott, S., Simard, M. J., Richter, J. D. Human let-7a miRNA blocks protein production on actively translating polyribosomes. Nature Structural & Molecular Biology. 13 (12), 1108-1114 (2006).
- Genolet, R., Araud, T., Maillard, L., Jaquier-Gubler, P., Curran, J. An approach to analyse the specific impact of rapamycin on mRNA-ribosome association. BMC Medical Genomics. 1 (33), (2008).
- Del Prete, M. J., Vernal, R., Dolznig, H., Müllner, E. W., Garcia-Sanz, J. a Isolation of polysome-bound mRNA from solid tissues amenable for RT-PCR and profiling experiments. RNA. 13 (3), New York, N.Y. 414-421 (2007).
- Thoreen, C. C., Chantranupong, L., Keys, H. R., Wang, T., Gray, N. S., Sabatini, D. M. A unifying model for mTORC1-mediated regulation of mRNA translation. Nature. 485 (7396), 109-113 (2012).
- Ingolia, N. T., Brar, G. A., Rouskin, S., Mcgeachy, A. M., Weissman, J. S. The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments. Nature Protocols. 7 (8), 1534-1550 (2012).
- Morris, D. R. Ribosomal footprints on a transcriptome landscape. Genome Biology. 10 (4), (2009).
