Summary
Her beskriver vi en metode til at analysere ændringer i initiering af mRNA-translation af eukaryote celler som reaktion på stress-tilstande. Denne metode er baseret på hastigheden separation på saccharosegradienter med oversættelse ribosomer fra ikke-translating ribosomer.
Abstract
Præcis styring af mRNA-translation er grundlæggende for eukaryot celle-homeostase, især som reaktion på fysiologisk og patologisk stress. Ændringer i dette program kan føre til vækst i beskadigede celler, kendetegnende for udvikling af cancer, eller for tidlig celledød som ses i neurodegenerative sygdomme. Meget af hvad der er kendt om den molekylære basis for translationel er opnået kontrol fra polysom analyse ved hjælp af en densitetsgradient fraktionering system. Denne teknik er baseret på ultracentrifugering af cytoplasmatiske ekstrakter på en lineær saccharosegradient. Når spin er afsluttet, giver systemet mulighed for fraktionering og kvantificering af centrifugerede zoner svarende til forskellige oversætte ribosomer befolkninger, hvilket resulterer i en polysom profil. Ændringer i polysom profil er tegn på ændringer eller mangler i translationsinitiering, der opstår som reaktion på forskellige former for stress. Denne teknik gør det også muligt at vurdere the betydningen af specifikke proteiner på translationsinitiation og måle translationel aktivitet af specifikke mRNA'er. Her beskriver vi vores protokol til at udføre polysom profiler for at vurdere translationsinitiering af eukaryote celler og væv under enten normale eller stress vækstbetingelser.
Introduction
Eukaryote celler konstant støder på en række skadelige fysiologiske og miljømæssige stress forhold, der kræver en hurtig adaptiv celle respons. Cell stress respons involverer en præcis balance mellem anti-overlevelse og pro-overlevelse handler faktorer. Forstyrre denne balance kan have uoprettelige konsekvenser, der fører til udvikling af humane patologier såsom cancer og neurodegenerative sygdomme. Under det første trin af stress respons, aktivere celler pro-overlevelse veje, der involverer koordineret kontrol af ændringer i genekspression på niveauet af mRNA translation.
mRNA translation i eukaryoter er en kompleks cellulær proces, der involverer koordinerede samspil mellem translationsinitieringsregioner faktorer (EIFS), specifik RNA-bindende proteiner (RBDS) og RNA-molekyler 1. mRNA oversættelse er inddelt i tre særskilte faser: initiering, elongering og terminering. Selvom alle tre faser er underlagt reguleringlatory mekanismer translationelle kontrolmekanismer målrettet meste initieringsfasen oversættelse, som således udgør den hastighedsbegrænsende trin af proteinsyntese. 2.
Oversættelse indvielse er en meget ordnet proces, der begynder med dannelsen af eIF2a.GTP.Met-tRNA jeg mødte ternære kompleks og den efterfølgende binding til 40S ribosom subunit, der fører til dannelsen af komplekset præ-indvielse. Det næste skridt er rekruttering af preinitiation kompleks til mRNA, som involverer aktiviteten af translationsinitieringsregioner faktorer såsom eIF4F og eIF3. Den således dannede 48S preinitiation kompleks gennemgår specifikke konformationsændringer der muliggør dette maskineri til at begynde at scanne 5'-utranslaterede region af mRNA, indtil den anerkender initieringskodonet august De fleste af de translationsinitieringsregioner faktorer er derefter frigivet og 60S-subunits er rekrutteret til at danne en 80S ribosomkomplekset kompetent til oversættelsen ent hvilket punkt Proteinsyntese starter (Figur 1). Mere end én 80S monosome kan oversætte den samme mRNA på et tidspunkt producerer såkaldte polysomer (eller polyribosomer). Tætheden af polysomer på et mRNA afspejler den indvielse, strækning og termineringspriser, og dermed er et mål for oversættelighed af en bestemt udskrift. Imidlertid er polysom profil hovedsageligt bruges til at vurdere ændringer i mRNA translation ved trin indledningen. Her har vi brugt en proteasominhibitor som translationsinitiering inhibitor. Behandling af cancerceller med dette stof inducerer en stress-respons er karakteriseret ved aktivering af stress kinase kaldet HRI som phosphorylerer translationsinitiering faktor eIF2a 3. Phosphorylering af eIF2a er en af de store begivenheder, der fører til hæmning af translationsinitiation i pattedyrceller 4.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Protokollen følger de retningslinjer, godkendt af Lavals Ethical Review Board.
1.. Udarbejdelse af cellekulturer og Brain Manipulation
- Pattedyr-og Drosophila-celler
- Grow HeLa cervical cancerceller og Schneider Drosophila embryonale celler som anbefalet af American Type Culture Collection. Arbejde med celler ved et lavt passage.
- Plate-celler med henblik på at nå op på 80% konfluens på dagen for forsøget. For de bedste resultater ved at bruge ~ 12 x 10 6 celler for hver eksperimentel betingelse. Før du foretager ekstrakter til polysom analyse, stimulere oversættelse ved at tilføje frisk komplet medium i mindst 90 min.
- Brain isolation: Isoler hjerner fra mus i alderen mellem 9 og 16 dage efter fødslen. Eutanasi indebærer CO 2 indånding efter anæstesi og halsdislokation. Efter aflivning isolere hele hjernen og enten sted jegt ved -80 ° C eller direkte overføre dem i koldt PBS 1X til øjeblikkelig brug.
2. Fremstilling af Density Gradient fraktioneringssystemet
- Vask rørsystemet med 0,1% SDS i 5 min.
- Vask rørsystemet med 70% ethanol i 5 minutter, derefter med RNaseZAP opløsning i 5 min før vask det med DEPC vand.
- Pumpe luft for at tørre rørsystemet af apparatet.
3.. Fremstilling af saccharosegradienter
- Gør 15% og 55% saccharose løsninger i 20 mM Tris-HCI pH 7,4, 1,25 mM MgCl2, 150 mM NaCI og 1 mM DTT.
- Generer den lineære 15-55% sucrose-gradient ved hjælp af en Isco model 160 gradient tidligere som beskrevet i fabrikantens anvisninger. Imidlertid er det vigtigt at styre godt TRIS peristaltisk pumpe hastighed for at undgå skabelsen af bobler eller turbulens i gradienter. Hold gradienter ved 4 ° C indtil anvendelse.
- I den tid, når gradient maker program kører afkøles ultracentrifuge til 4 ° C.
4.. Udarbejdelse af Cell og mus hjerneekstrakter
- Fremstilling af celleekstrakter
- Sæt plade (r) på is og vaske cellerne 3x med koldt PBS 1X.
- Harvest-celler (~ 12 x 10 6) i 1 ml lysepuffer (20 mM Tris-HCI ved pH 7,4, 1,25 mM MgCl2, 150 mM NaCI, 1 mM DTT, 1% Nonidet P40, 5 U / ml RNase-inhibitor, suppleret med komplet mini EDTA-fri proteasehæmmer cocktail tabletter), overføre dem til et Eppendorf-rør, og bland godt ved at passere dem 15x gennem en 1cc U100 insulinsprøjte 28 G 1/2. Lad cellelysatet hvile på is i 15 min.
- Put par dråber cellelysat på et dias for at vurdere cellenedbrydning ved at observere på et fasekontrastmikroskop hjælp af en 10X målsætning. Kun kerner skal være synlige, og ingen cellemembraner skal være synlige, der attesterer for cellelysering. Som en kontrol, observerelyserede celler.
- Præcisere cellelysat ved centrifugering ved 11.000 x g i 20 minutter ved 4 ° C og holde den opløselige lysat indeholdende polyribosomer.
- Fremstilling af musehjerne Ekstrakter
- Homogeniseres hele isoleret hjernen (~ 500 mg) ved 10 slag i en iskold Dounce homogenisator med 2 ml lysepuffer og tydeliggøre homogenatet ved centrifugering ved 11.000 xg i 15 minutter ved 4 ° C.
- Indlæse den resulterende supernatant på en pude af 50% saccharose og fortsætte med sedimentation i 2 timer ved 200.000 x g ved anvendelse af en ultracentrifuge rotor TH-641 ved 4 ° C.
- Resuspender gennemskinnelige pellet indeholdende polyribosomer i 1 ml lysepuffer og bland godt ved pipettering op og ned. Lad suspensionen hvile på isen i 30 min før de anbringes på hældninger.
5.. Ilægning ekstrakterne på saccharosegradienter og Ultracentifugering
- Måle koncentrationenaf RNA til stede i det cytoplasmatiske ekstrakt anvendelse af et spektrofotometer. Forsigtigt og langsomt indlæse ~ 20 OD 260 enheder af ekstrakt på 15% til 55% saccharosegradient. Sørg for at der er 2-3 mm ledig plads på overfladen af røret for at undgå overfyldte glassene under centrifugering.
- Centrifuger gradienter ved hjælp af en ultra-centrifuge i 2 timer 30 minutter ved 230.000 xg ved hjælp af en ultracentrifuge rotor TH-641 ved 4 ° C. Når centrifugering slutter, fjernes rørene og placere dem på is omhyggeligt for ikke at forstyrre gradienter.
6.. Fraktionering af Cytoplasmatiske ekstrakter til Polysomer Profiling
- Placer sucrosegradienter på Automated Density Fraktionering System og fortsætte med automatiseret fraktionering og indsamling af fraktioner (0,5 ml hver), som beskrevet af producenten.
- Saml hver fraktion (~ 500 ul) i individuelle Eppendorf-rør med kontinuerlig overvågning af absorbans ved 254 nm. I parallel af gradienten fraktionering operation, vil polyribosomal profilen redigering på diagrammet papir. Alternativt kan du bruge en datafangst enhed knyttet til diagramskriver at have en elektronisk overtagelse af polysom profil.
- Ved slutningen af hver kørsel, overføre indsamlede Eppendorfs på tøris. På dette tidspunkt enten lagre opsamles fraktioner ved -80 ° C eller direkte udfældning af protein-RNA-komplekser som følger.
7.. Protein Extraction og analyse
- Til hver opsamlet fraktion af saccharosegradient, tilsættes 2 volumener af 100% kold ethanol og lade RNA-protein-komplekser udfældes ved -20 ° C natten over.
- Centrifuger hvert RNA-protein-bundfald ved 11.000 xg i 20 minutter ved 4 ° C, derefter vaskes med 70% ethanol. Tør og resuspender bundfaldet i SDS-PAGE-prøvebuffer før man går videre med Western blot under anvendelse af specifikke antistoffer (se figur 2).
8.. RNA-ekstraktion og ANALYSE
- Udfældes RNA-protein-komplekser som i afsnit 7.1. Resuspender hver RNA-protein-bundfald i lysepuffer indeholdende 0,1% SDS. Fordøje protein komponent af bundfaldet med 2 mg / ml proteinase K i 30 minutter i et 55 ° C vandbad.
- Uddrag RNA komponenter af bundfaldet ved tilsætning af 1 volumen af "phenol: chloroform", 2 rumfang chloroform og 0,1 volumen af 2 M NaOAc pH 4 og centrifugering ved 10.000 xg ved 4 ° C i 20 min. Bundfald RNA fra den resulterende vandige fase af hver prøve natten over ved -20 ° C ved tilsætning af 1 volumen isopropanol og 0,2 pg / pl af glykogen. Spin bundfaldet i 1 time ved 10.000 x g ved 4 ° C. Vask RNA pellet med 70% kold ethanol.
- Resuspender RNA-pelleten i et lille volumen af RNAse frit vand. Vurdere mængde og kvalitet af RNA ved hjælp af spektrofotometer.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Som tidligere nævnt, polysom profil gør analysen af ændringer i translationsinitiering under stress betingelser Figur 1 er et forenklet billede af translationsinitiering der som tidligere beskrevet er en flertrins proces, der involverer en ordnet samling af translation initiation komplekser.. Under normale vækstbetingelser, er translationsinitieringsregioner komplekser omdannes til polyribosomer hvis påvisning ved polysom nu vidner til en aktiv translationsinitiering (figur 2; Ubehandlet). Under stress betingelser imidlertid translationsinitiering blokeret resulterer i ophobning af 80S monosomer og en reduktion af polysom toppe (figur 2; proteasomhæmmer).
Figur 1.. A s implified syn på oversættelse indvielse. Oversættelse initiering involverer flere trin: 1) Dannelsen af eIF2a.GTP.Met-tRNA jeg mødte ternære kompleks, 2) foreningen af det ternære kompleks med 40S-ribosomer danner 43S preinitiation kompleks, 3) foreningen af 43S komplekser med mRNA Dannelse af 48S preinitiation kompleks, 4) scanning 5'-utranslaterede region af mRNA'et af 48S ribosomer, indtil den når og identificerer indledningen august kodonen og 5) rekruttering af de store ribosomale subunit 60S til 48S dannelse af 80S kompleks på hvilket tidspunkt polypeptider syntese starter. Hvert trin af translationsinitiering involverer aktiviteten af flere translationsinitieringsregioner faktorer. Klik her for at se større billede .
upload/51164/51164fig2highres.jpg "src =" / files/ftp_upload/51164/51164fig2.jpg "width =" 500px "/>
. Figur 2 polysomer profiler og analyse af polysomer proteiner ved Western blot i HeLa-celler (A - B). Cytoplasmatiske ekstrakter blev fremstillet ud fra HeLa-celler dyrket i enten normale betingelser (A) eller ved behandling med proteasominhibitor i 4 timer (B ) og centrifugeret på en 15-55% v / w lineær saccharosegradient. Polysomer profiler er angivet i det øverste panel. Positionerne af 40S ribosomer, 60S ribosomer, 80S monosomer og polysomerne er angivet i hver profil. Fraktioner fra toppen (15%) til bunden (55%) af gradienten er vist fra venstre mod højre. Fraktioner blev opsamlet og analyseret ved Western blot (nederste paneler) med antistoffer mod det store ribosomale L28 protein samt med den polysom-associerede protein FMRP, der tjener som kontroller til polysom integritet 5,6. Bemærk, at threeatment med proteasominhibitor reducerer polysomerne toppe med en samtidig stigning i 80S monosomer indikerer en hæmning af translationsinitiering. Typiske profiler opnået fra Schneider Drosophila celler eller mus hjerne er blevet beskrevet andetsteds 7-10. Klik her for at se større billede .
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Den polysom profil analyse på sucrosegradienter tillader måling af translationsinitiering ved at analysere tætheden af polysomer isoleret fra celler eller væv 9,11-14. Denne teknik er den bedste (hvis ikke den unikke) til at måle translationsinitiering in vivo. Det bruges til at overvåge translationel status voksende celler under cellecyklus 15, og for at vurdere effekten af forskellige typer af stress, herunder virusinfektioner, hypoxi 13,16, stråling 17, og kemiske stoffer 18 anvendes i terapi, på oversættelse indvielse. Mens denne teknik fungerer godt til at vurdere translationsinitiering af cellekulturer og specifikke væv, såsom hjernen og leveren, er det dog stadig, der skal oprettes, hvis det kan anvendes til at sammenligne translationsinitiering normal versus syge væv og tumorer.
Ændringer i Polysomprofiler kan også opstå under forhold, der ændrer oversættelse elonganing eller ophør. I disse tilfælde vil den hæmning af strækforlængelsesegenskaber satser oversættelse føre til en stigning på polysomer toppe mens en hæmning af opsigelsen bør resultere i større polysomerne i forhold til kontrolgruppen. I modsætning hertil hæmmere af translationsinitiering forhindre reformation af polysomer fordi dannelse af aktive translationsinitieringsregioner komplekser er blokeret. Dette afspejles i polysomerne profiler ved en reduktion af polysomer toppe med en samtidig stigning af 80S monosomer. Fordi translationsinhibitorer stall translationsinitieringsregioner komplekser, forventes det, at både 40S-og 60S toppe også vil stige. Men meget ofte er en stigning på kun 80S monosomer er observeret ved hæmning af translationsinitiering. Grunden til en stigning i de andre ribosomale komplekser ikke overholdes, er i øjeblikket ukendt. En mulig forklaring kunne være, at der kan forekomme tilfældig association mellem strandede ribosomale komplekser under ekstraktion, der fører til den observerede ophobningning af kun 80S monosomer.
Udover analysen af translationsinitiation kan polysom profil teknik med til at bekræfte identiteten af translationsinitieringsregioner faktorer (såsom eIF4E, eIF4A og eIF4G) og til at identificere nye oversættelse regulatorer. Som translationsinitieringsregioner faktorer frigives fra ribosomer på det sidste translationsinitiation skridt, bør de ikke blive opdaget i løbet oversætte ribosomer fraktioner. Foreningen af proteiner såsom FMRP 14, SMN 19,20, TDRD3 21 med både polysomerne og ikke-Polysomer fraktioner viser, at den regulerende rolle af disse proteiner i oversættelse ikke er begrænset til trin indledningen. Overvågning af sammenslutningen af proteiner med polysomer udgør også et stærkt middel til at vurdere, hvordan stress betingelser kan påvirke translationel aktivitet af specifikke proteiner. Men sammenslutningen af specifikke proteiner med polysomer i sig selv ikke er tilstrækkeligt til at konkludere en translationel role, som derefter skal bekræftes af funktionelle studier. Endelig polysom profil teknik tillader bestemmelse af translationel aktivitet af specifikke mRNAs under forskellige forhold, og til undersøgelse af specifikke mekanismer, der regulerer oversættelse som miRNA medieret translationel undertrykkelse 22.. Den generelle brug af polysom analyse kan udvides yderligere ved hjælp af en bred vifte af downstream-applikationer, herunder genom-dækkende microarray analyse og senest transkriptomet skala ribosom profilering 23-26 giver mulighed for robust forudsigelse af protein-ekspression og endnu vigtigere at give en ny kraftig eksperimentel værktøj til analyse af translationel kontrol 23-27.
Som med enhver metode, der skal tages, mens de udfører polysom profilering forholdsregler. I denne forbindelse bør flere parametre såsom cellepassage, cellelyse, mængden af celleekstrakt at blive lastet på gradienten og RNA integritet være godt controlled. Optimering af ultracentrifugering er også nødvendig for at opnå den bedste adskillelse af ribosomale befolkning gennem de saccharosegradienter. Komponenter, der udgør de gradienter og lysispuffer såsom saccharose og rengøringsmidler, kan give absorbans i 254-nm bølgelængde. Det er derfor vigtigt at medtage en kontrol gradient kun indeholder lysisbuffer. Endelig bør gradienter selv skal håndteres med forsigtighed, da minimal forstyrrelse af gradienter kan forårsage store effekter på polysomerne profiler.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Forfatterne har ikke noget at afsløre.
Acknowledgments
PA er en modtager af et stipendium "Pierre Durand" fra fakultetet for medicin Laval University. Dette arbejde blev støttet af naturvidenskab og teknik Forskningsråd Canada (MOP-CG095386) til RM polysom fraktionator blev erhvervet gennem et canadisk Foundation for innovation tilskud (MOP-GF091050) til RMR M besidder en ny CIHR pris investigator løn.
Vi er taknemmelige for Drs. E. Khandjian, I. Gallouzi, S. Di Marco og A. Cammas for nyttige råd.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Cells | |||
| HeLa cervical cancer cells | American Type Culture Collection (Manassas, VA; ATCC) | CCL-2 | |
| Schneider Drosophila embryonic cells | American Type Culture Collection (Manassas, VA; ATCC) | CRL-1963 | |
| Culture medium and Supplements | |||
| Schneider’s Drosophila Medium | Sigma-Aldrich | SO146-500ml | |
| DMEM | Life technologies | 11995-073 | |
| FBS | Fisher Scientist Scientist | SH30396-03 | |
| Penicillin/streptomycin | Life technologies | 15140122 | |
| Sucrose solutions | |||
| D-sucrose | Fisher Scientist | BP220-212 | |
| Glycerol | Sigma-Aldrich | 49767 | |
| Bromophenol blue | Fisher Scientist | B3925 | |
| Lysis buffer | |||
| Tris HCl | Fisher Scientist | BP153-500 | |
| MgCl2 | Sigma-Aldrich | M2670-100G | |
| NaCl | Tekniscience | 3624-05 | |
| DTT | Sigma-Aldrich | D 9779 | |
| Nonidet P40 (Igepal CA-630 ) | MJS Biolynx | 19628 | |
| SDS | Tekniscience | 4095-02 | |
| RNase inhibitor (RnaseOUT Recombinant Ribonuclease Inhibitor) | Life technologies | 10777-019 | |
| Antiproteases (complete, mini, EDTA free) | Roche | 11,836,170,001 | |
| RNA Extraction | |||
| Proteinase K | Life technologies | AM2542 | |
| Phenol:chloroform | Fisher Scientist | BP1754I-400 | |
| Chloroform | Fisher Scientist | C298-500 | |
| Glycogen | Life technologies | 10814-010 | |
| Isopropanol | Acros organics | 327270010 | |
| Antibodies | |||
| anti-FMRP antibody | Fournier et al., Cancer Cell International, 2010 | ||
References
- Gebauer, F., Hentze, M. W.
- Jackson, R. J., Hellen, C. U. T., Pestova, T. V. The mechanism of eukaryotic translation initiation and principles of its regulation. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 11 (2), 113-127 (2010).
- Fournier, M. -J., Gareau, C., Mazroui, R. The chemotherapeutic agent bortezomib induces the formation of stress granules. Cancer Cell International. 10 (12), (2010).
- Holcik, M., Sonenberg, N. Translational control in stress and apoptosis. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 6 (4), 318-327 (2005).
- Mazroui, R., Huot, M. -E., Tremblay, S., Filion, C., Labelle, Y., Khandjian, E. W. Trapping of messenger RNA by Fragile X Mental Retardation protein into cytoplasmic granules induces translation repression. Human Molecular Genetics. 11 (24), 3007-3017 (2002).
- Mazroui, R., Huot, M. -E., Tremblay, S., Boilard, N., Labelle, Y., Khandjian, E. W. Fragile X Mental Retardation protein determinants required for its association with polyribosomal mRNPs. Human Molecular Genetics. 12 (23), 3087-3096 (2003).
- Farny, N. G., Kedersha, N. L., Silver, P. a Metazoan stress granule assembly is mediated by P-eIF2alpha-dependent and -independent mechanisms. RNA. 15 (10), New York, N.Y. 1814-1821 (2009).
- Gareau, C., Houssin, E., et al. Characterization of fragile x mental retardation protein recruitment and dynamics in Drosophila stress granules. PLoS ONE. 8 (2), (2013).
- Brackett, D. M., Qing, F., Amieux, P. S., Sellers, D. L., Horner, P. J., Morris, D. R. FMR1 transcript isoforms: association with polyribosomes; regional and developmental expression in mouse brain. PLoS ONE. 8 (3), (2013).
- Khandjian, E. W., Huot, M. -E., Tremblay, S., Davidovic, L., Mazroui, R., Bardoni, B. Biochemical evidence for the association of fragile X mental retardation protein with brain polyribosomal ribonucleoparticles. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (36), 13357-13362 (2004).
- Erikson, A., Winblad, B., Wallace, W. Translational control of gene expression in the human brain. Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry. 13 (3-4), 469-479 (1989).
- Stephens, S. B., Nicchitta, C. V In vitro and tissue culture methods for analysis of translation initiation on the endoplasmic reticulum. Methods in Enzymology. 431, 47-60 (2007).
- Koritzinsky, M., Wouters, B. G. Hypoxia and regulation of messenger RNA translation. Methods in Enzymology. 435, 247-273 (2007).
- Khandjian, E. W., Corbin, F., Woerly, S., Rousseau, F. The fragile X mental retardation protein is associated with ribosomes. Nature Genetics. 12, 91-93 (1996).
- Sivan, G., Kedersha, N., Elroy-Stein, O. Ribosomal slowdown mediates translational arrest during cellular division. Molecular and Cellular Biology. 27 (19), 6639-6646 (2007).
- Thomas, J. D., Johannes, G. J. Identification of mRNAs that continue to associate with polysomes during hypoxia. RNA. 13, 1116-1131 (2007).
- Kumaraswamy, S., Chinnaiyan, P., Shankavaram, U. T., Lü, X., Camphausen, K., Tofilon, P. J. Radiation-induced gene translation profiles reveal tumor type and cancer-specific components. Cancer Research. 68 (10), 3819-3826 (2008).
- Fournier, M. -J., Coudert, L., et al. Inactivation of the mTORC1-eIF4E Pathway alters Stress Granules Formation. Molecular and Cellular Biology. 33 (11), 2285-2301 (2013).
- Sanchez, G., Dury, A. Y., et al. A novel function for the survival motoneuron protein as a translational regulator. Human Molecular Genetics. 22 (4), 668-684 (2013).
- Béchade, C., Rostaing, P., et al. Subcellular distribution of survival motor neuron (SMN) protein: possible involvement in nucleocytoplasmic and dendritic transport. The European Journal of Neuroscience. 11 (1), 293-304 (1999).
- Goulet, I., Boisvenue, S., Mokas, S., Mazroui, R., Côté, J. TDRD3, a novel Tudor domain-containing protein, localizes to cytoplasmic stress granules. Human Molecular Genetics. 17 (19), 3055-3074 (2008).
- Nottrott, S., Simard, M. J., Richter, J. D. Human let-7a miRNA blocks protein production on actively translating polyribosomes. Nature Structural & Molecular Biology. 13 (12), 1108-1114 (2006).
- Genolet, R., Araud, T., Maillard, L., Jaquier-Gubler, P., Curran, J. An approach to analyse the specific impact of rapamycin on mRNA-ribosome association. BMC Medical Genomics. 1 (33), (2008).
- Del Prete, M. J., Vernal, R., Dolznig, H., Müllner, E. W., Garcia-Sanz, J. a Isolation of polysome-bound mRNA from solid tissues amenable for RT-PCR and profiling experiments. RNA. 13 (3), New York, N.Y. 414-421 (2007).
- Thoreen, C. C., Chantranupong, L., Keys, H. R., Wang, T., Gray, N. S., Sabatini, D. M. A unifying model for mTORC1-mediated regulation of mRNA translation. Nature. 485 (7396), 109-113 (2012).
- Ingolia, N. T., Brar, G. A., Rouskin, S., Mcgeachy, A. M., Weissman, J. S. The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments. Nature Protocols. 7 (8), 1534-1550 (2012).
- Morris, D. R. Ribosomal footprints on a transcriptome landscape. Genome Biology. 10 (4), (2009).
