यह लेख स्पेक्ट्रोस्कोपी विश्लेषण के लिए डिटर्जेंट-solubilized TRPV1 की जैव रासायनिक मात्रा प्राप्त करने के लिए विशिष्ट विधियों का वर्णन करता है । संयुक्त प्रोटोकॉल जैव रासायनिक और भौतिक उपकरण है कि एक झिल्ली नियंत्रित वातावरण में स्तनधारी आयन चैनलों के लिए संरचनात्मक और कार्यात्मक अध्ययन की सुविधा के लिए अनुकूलित किया जा सकता है प्रदान करते हैं ।
Polymodal आयन चैनल allosteric परिवर्तन में विभिन्न प्रकृति के कई उत्तेजनाओं transduce; इन गतिशील संरचनाओं निर्धारित करने के लिए और मोटे तौर पर अज्ञात रहने के लिए चुनौती दे रहे हैं । एकल कण क्रायो में हाल ही में अग्रिम के साथ-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी (क्रायो-EM) एगोनिस्ट बाध्यकारी साइटों की संरचनात्मक सुविधाओं पर प्रकाश बहा और कई आयन चैनलों के सक्रियकरण तंत्र, मंच के लिए सेट है एक में अपने गेटिंग की गहराई से गतिशील विश्लेषण स्पेक्ट्रोस्कोपी दृष्टिकोण का उपयोग कर तंत्र । स्पेक्ट्रोस्कोपी तकनीक जैसे इलेक्ट्रॉन paramagnetic अनुनाद (EPR) और दोहरे इलेक्ट्रॉन-इलेक्ट्रॉन अनुनाद (हिरण) को मुख्य रूप से prokaryotic आयन चैनलों के अध्ययन के लिए प्रतिबंधित किया गया है जो बड़ी मात्रा में शुद्ध किया जा सकता है. कार्यात्मक और स्थिर झिल्ली प्रोटीन की बड़ी मात्रा के लिए आवश्यकता स्तनधारी आयन इन तरीकों का उपयोग कर चैनलों के अध्ययन में बाधा है । EPR और हिरण मोबाइल प्रोटीन क्षेत्रों की संरचना और गतिशील परिवर्तन का निर्धारण सहित कई फायदे, प्रस्ताव हालांकि कम संकल्प पर, कि एक्स द्वारा प्राप्त करने के लिए मुश्किल हो सकता है-रे क्रि या क्रायो-EM, और प्रतिवर्ती गेटिंग की निगरानी संक्रमण (यानी, बंद, खुला, संवेदनशील, और संवेदनशील) । यहां, हम कार्यात्मक डिटर्जेंट-solubilized क्षणिक रिसेप्टर संभावित कटियन चैनल उपपरिवार वी सदस्य 1 (TRPV1) कि EPR और हिरण स्पेक्ट्रोस्कोपी के लिए लेबल किया जा सकता है की मिलीग्राम प्राप्त करने के लिए प्रोटोकॉल प्रदान करते हैं ।
एकल कण क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी (क्रायो-EM), स्तनधारी आयन चैनल संरचनाओं में हाल ही में अग्रिमों के साथ एक असाधारण दर से प्राप्त किया गया है । विशेष रूप से, ऐसे क्षणिक रिसेप्टर संभावित vanilloid 1 (TRPV1) के रूप में polymodal आयन चैनलों के संरचनात्मक अध्ययन, अपने सक्रियण तंत्र के आगे की समझ प्रदान की है1,2,3, 4 , 5. हालांकि, एक झिल्ली वातावरण में एंबेडेड आयन चैनलों के बारे में गतिशील जानकारी उनके polymodal गेटिंग और दवा बाध्यकारी तंत्र को समझने की आवश्यकता है ।
इलेक्ट्रॉन paramagnetic अनुनाद (EPR) और दोहरे इलेक्ट्रॉन-इलेक्ट्रॉन अनुनाद (हिरण) spectroscopies आयन चैनलों के लिए सबसे निश्चित यंत्रवत मॉडल के कुछ प्रदान की है6,7,8,9 , 10 , 11 , 12 , 13. इन तरीकों को मुख्य रूप से prokaryotic और archeal आयन चैनलों की परीक्षा है कि डिटर्जेंट-शुद्ध प्रोटीन की एक बड़ी राशि उपज जब बैक्टीरिया में व्यक्त करने के लिए प्रतिबंधित किया गया है । कार्यात्मक और संरचनात्मक लक्षण वर्णन14,15,16के लिए कीट और स्तनधारी कोशिकाओं में eukaryotic झिल्ली प्रोटीन उत्पादन के विकास के साथ, यह अब जैव रासायनिक प्राप्त करने के लिए संभव है स्पेक्ट्रोस्कोपी अध्ययन के लिए डिटर्जेंट-शुद्धि प्रोटीन की मात्रा ।
EPR और हिरण संकेत एक paramagneticspin लेबल से उत्पंन (SL) (यानी, methanethiosulfonate) प्रोटीन में एक एकल cysteine अवशेषों से जुड़ी । स्पिन-लेबल रिपोर्ट संरचनात्मक जानकारी के तीन प्रकार: प्रस्ताव, accessibilities, और दूरी । यह जानकारी निर्धारित करता है कि क्या अवशेषों प्रोटीन के भीतर दफन कर रहे है या झिल्ली या ligand में जलीय वातावरण को उजागर कर रहे है अनुमति देता है राज्यों13,17,18,19। एक उच्च संकल्प संरचना के संदर्भ में (जब उपलब्ध है), EPR और हिरण डेटा अपने पैतृक वातावरण में गतिशील मॉडल प्राप्त करने के लिए बाधाओं का संग्रह प्रदान करते हुए प्रतिवर्ती गेटिंग संक्रमण की निगरानी (यानी, बंद, खुला, संवेदनशील, और संवेदनशील) । इसके अलावा, लचीला क्षेत्रों है कि एक्स द्वारा निर्धारित करने के लिए मुश्किल हो सकता है रे क्रि या क्रायो-उंहें इन पर्यावरणीय डेटा का उपयोग करके प्राप्त किया जा सकता है माध्यमिक संरचनाओं के रूप में अच्छी तरह से20प्रोटीन के भीतर स्थान प्रदान करते हैं । क्रायो उंहें लिपिड nanodiscs में प्राप्त संरचनाओं आयन चैनलों के गेटिंग के बारे में बहुमूल्य जानकारी प्रदान की3,21,22,23,24, 25; हालांकि, स्पेक्ट्रोस्कोपी दृष्टिकोण के गठन के राज्यों से गतिशील जानकारी प्रदान (जैसे, थर्मल परिवर्तन) सकता है कि क्रायो-EM का उपयोग कर निर्धारित करने के लिए मुश्किल हो सकता है ।
कई कठिनाइयों EPR और हिरण को लागू करने के लिए दूर किया जाना चाहिए, प्रोटीन समारोह की कमी सहित जब सभी cysteine अवशेषों को हटाने (विशेष रूप से स्तनधारी चैनलों में प्रचुर मात्रा में), कम प्रोटीन यील्ड, शुद्धि के दौरान प्रोटीन अस्थिरता और स्पिन लेबलिंग के बाद , और डिटर्जेंट या liposomes में प्रोटीन एकत्रीकरण । यहाँ, हम इन महत्वपूर्ण बाधाओं को दूर करने के लिए प्रोटोकॉल तैयार किया है और एक स्तनधारी संवेदी रिसेप्टर के लिए हिरण और EPR स्पेक्ट्रा जानकारी प्राप्त की है. यहां उद्देश्य के लिए अभिव्यक्ति, शुद्धि, लेबल, और एक कार्यात्मक ंयूनतम cysteine कम चूहे TRPV1 (eTRPV1) के पुनर्गठन के लिए तरीके का वर्णन है स्पेक्ट्रोस्कोपी विश्लेषण के लिए निर्माण । इस पद्धति उन झिल्ली प्रोटीन है कि cysteine अवशेषों को हटाने के बावजूद अपने कार्य रखने के लिए उपयुक्त है या कि cysteine बनाने डाइसल्फ़ाइड-बांड शामिल । प्रोटोकॉल का यह संग्रह अंय स्तनधारी आयन चैनलों के स्पेक्ट्रोस्कोपी विश्लेषण के लिए अनुकूलित किया जा सकता है ।
अभिव्यक्ति और स्तनधारी झिल्ली प्रोटीन की शुद्धि के लिए वर्तमान प्रौद्योगिकियों यह स्पेक्ट्रोस्कोपी अध्ययन14,15,16,४२के लिए प्रोटीन की पर्याप्त मात्रा प…
The authors have nothing to disclose.
पूर्ण लंबाई की cysteine-विहीन TRPV1 प्लाज्मिड प्रदान करने के लिए EPR और हिरण स्पेक्ट्रोमीटर तथा डॉ. टी. Rosenbaum तक पहुँच प्रदान करने के लिए हम डॉ॰ एच. Mchaourab के बहुत आभारी हैं.
QuikChange Lightning Site-Directed Mutagenesis Kit | Agilent Technologies | 210519-5 | |
2-Propanol (Isopropanol) | Fisher Scientific | A416 | |
Albumin Bovine Serum (BSA) | GoldBio.com | A-420-10 | |
Amylose resin | NEB | E8021L | |
Aprotinin | GoldBio.com | A-655-25 | |
Asolectin from Soybean | Sigma | 11145 | |
Bac-to-Bac Baculovirus Expression System | Invitrogen Life Technologies | 10359016 | |
Biobeads SM-2 Adsorbents | Bio-Rad | 152-3920 | |
Borosilicate glass pipettes (3.5'') (oocyte inyection) | Drummond Scientific | 3-000-203 G/X | |
Borosilicate glass pipettes (oocyte recordings) | Sutter Instrument | B150-110-10HP | |
CaCl2 2H2O | Fisher Scientific | C79 | |
Carbenicillin (Disodium) | GoldBio.com | C-103-5 | |
Cellfectin Reagent | Invitrogen Life Technologies | 10362-010 | |
cellSens | Olympus | ||
Chloroform | Fisher Scientific | C606SK | |
Collagenase Type 1 | Worthington-Biochem | LS004196 | |
Critiseal | VWR | 18000-299 | |
D-(+)-Glucose | Sigma | G8270 | |
D-(+)-Maltose Monohydrate | Fisher Scientific | BP684 | |
DDM (n-Docecyl-B-D-Maltopyranoside) | Anatrace | D310S | |
High glucose medium (Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium) | Sigma | D0572 | |
Disposable PD-10 Desalting Columns | GE Healthcare | 45-000-148 | |
EGTA | Fisher Scientific | O2783 | |
Fetal Bovine Serum | Invitrogen Life Technologies | 10082-147 | |
Fluo-4 AM | Life Technologies | F-14201 | |
GenCatch Plus Plasmid DNA Mini-Prep Kit | Epoch Life Science, Inc | 2160250 | |
GenCatch PCR Cleanup Kit | Epoch Life Science, Inc | 2360050 | |
Gentamicin Sulfate | Lonza | 17-518Z | |
Glass capillary (25 µl) | VWR | 53432-761 | |
Glass Flask 2800 mL | Pyrex USA | 4423-2XL | |
Glycerol | Fisher BioReagents | BP229 | |
HEK293S GnTl- | ATCC | CRL-3022 | |
HEPES | Sigma | H4034 | |
IPTG (isopropyl-thio-B-galactoside) | GoldBio.com | I2481C25 | |
Kanamycin Sulfate | Fisher Scientific | BP906-5 | |
KCl | Fisher Chemical | P217 | |
LB Broth, Miller | Fisher bioReagents | BP1426 | |
Leupeptin Hemisulfate | GoldBio.com | L-010-5 | |
Lipofectamine 2000 | Invitrogen Life Technologies | 11668-019 | |
MgCl2 6H2O | Fisher Scientific | BP214 | |
MgSO4 7H2O | Fisher Scientific | BP213 | |
mMESSAGE mMACHINE T7 Kit | Ambion | AM1344 | |
MOPS | Fisher bioReagents | BP2936 | |
MTSL (1-Oxyl-2,2,5,5-tetramethylpyrrolidin-3-yl) Methyl Methanethiosulfonate | Toronto Research Chemicals, Inc | O873900 | |
NaCl | Fisher Chemical | S271 | |
Opti-MEM | Life Technologies | 31985-062 | |
Pepstatin A | GoldBio.com | P-020-5 | |
Pluronic Acid F-127 (20%) | PromoKine | CA707-59004 | |
PMSF | GoldBio.com | P4170 | |
Poly-L-lysine Solution | Sigma-Aldrich | P4707 | |
Rneasy Mini Kit | Qiagen | 74104 | |
Sealed capillary | VitroCom | special order | |
SF-900 II SFM (insect cell medium) | Gibco, Life Technologies | 10902-088 | |
Sf9 Cells (SFM Adapted) | Invitrogen Life Technologies | 11496-015 | |
Soybean Polar Lipid Extract | Avanti Polar Lipids, Inc | 541602C | |
Sucrose | Fisher Scientific | S25590 | |
Superose 6 Increase 10/300 GL | GE Healthcare | 29091596 | |
TCEP HCl | GoldBio.com | TCEP1 | |
Tetracyclin Hydrochloride | Fisher Scientific | BP912-100 | |
Tris Base | Fisher BioReagents | BP152 | |
Tryptone | Difco | 0123-01 | |
X-gal | GoldBio.com | X4281C | |
Xenopus oocytes | Nasco | LM00935M | |
XL1 – Blue Competent Cells | Agilent Technologies, Inc | 200249 | |
Yeast Extract | Difco | 0127-01-7 | |
Econo-Pack chromatography column | Bio-Rad | 7321010 | |
Mini-PROTEAN TGX Stain-Free Precast Gels | Bio-Rad | 17000436 | |
pFastBac1 Expression Vector | Invitrogen Life Technologies | 10360-014 | |
DH10Bac Competent Cells | Invitrogen Life Technologies | 10361-012 | |
Critiseal capillary tube sealant | Leica Microsystems | 02-676-20 | |
ABI Model 3130XL Genetic Analyzers | Applied Biosystems | 4359571 | |
Transfer pipete | Fishebrand | 13-711-9AM | |
Nanoject II | Drummond Scientific | 3-000-204 |