Extraction de l’ADN des diatomées à partir d’échantillons d’eau et de tissus

Résumé

Cet article décrit un protocole d’extraction de l’ADN des diatomées à l’aide d’un kit d’extraction d’ADN commun modifié.

Résumé

Le test des diatomées est un moyen auxiliaire essentiel dans la pratique médico-légale pour déterminer si le cadavre s’est noyé dans l’eau et pour déduire le lieu de la noyade. L’analyse des diatomées est également un élément de recherche important dans le domaine de l’environnement et du plancton. La technologie de test de biologie moléculaire des diatomées, qui se concentre sur l’ADN des diatomées en tant qu’objet de recherche principal, est une nouvelle méthode de test des diatomées. L’extraction de l’ADN des diatomées est la base des tests moléculaires des diatomées. À l’heure actuelle, les kits couramment utilisés pour l’extraction de l’ADN des diatomées sont coûteux, ce qui augmente le coût de la recherche connexe. Notre laboratoire a amélioré le kit général d’extraction rapide d’ADN génomique du sang total et a obtenu un effet d’extraction d’ADN de diatomée satisfaisant, fournissant ainsi une solution d’extraction d’ADN alternative économique et abordable à base de billes de verre pour la recherche connexe. L’ADN des diatomées extrait à l’aide de ce protocole pourrait satisfaire de nombreuses applications en aval, telles que la PCR et le séquençage.

Introduction

Dans la pratique médico-légale, il est essentiel de déterminer si un cadavre retrouvé dans l’eau en train de se noyer ou s’il a été jeté à l’eau après la mort est essentiel pour la bonne résolution de l’affaire¹. C’est aussi l’une des questions difficiles qui doivent être résolues de toute urgence dans la pratique médico-légale². Les diatomées sont abondantes dans le milieu naturel (en particulier dans l’eau)^3,4. Au cours du processus de noyade, en raison de l’hypoxie et de la réponse au stress, les gens auront des mouvements respiratoires intenses et inhaleront ....

Protocole

Cette étude a été approuvée par le comité d’éthique de l’Université de médecine de Hainan. Les échantillons de tissus utilisés dans cette étude ne sont pas considérés comme des études impliquant des sujets humains. Ces spécimens ont été obtenus à des fins de diagnostic de médecine légale, et le reste a été utilisé pour l’extraction de l’ADN des diatomées dans cette expérience. Les chercheurs ne peuvent pas facilement identifier les personnes pour obtenir le consentement éclairé des parties prenantes concernées.

REMARQUE : Pour assurer l’applicabilité générale de la méthode de recherche rapportée dans cette expérience, cette expérience a ess....

Résultats

Étant donné que la solution d’ADN extraite par la méthode d’extraction d’ADN actuellement utilisée contient tous les composants de l’ADN provenant de différentes sources dans l’échantillon, l’ADN obtenu par ce protocole n’a pas fait exception. Ainsi, la solution d’ADN n’était pas seulement une solution d’ADN génomique de diatomées. Les amorces qui peuvent amplifier spécifiquement les fragments d’ADNr de la diatomée 18S ont été sélectionnées en consultant la littérature 22,23,24.

Discussion

Les cellules de diatomées sont protégées par des parois cellulaires siliceuses dures¹⁷, et cette structure doit être détruite pour extraire l’ADN des diatomées. Les kits ordinaires ne détruisent pas facilement la coquille siliceuse des diatomées ; il est donc difficile d’extraire avec succès l’ADN²¹ des diatomées. Notre laboratoire a amélioré le kit d’extraction d’ADN sanguin le plus couramment utilisé, en ajoutant des billes de verre de différents diamètres et différents r.......

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
Tampon de liaison	BioTeke	B010006022	lyse rapidement des cellules
ChemoHS qPCR Mix	Monad	00007547-120506	qPCR Mix
D2000 Échelle d’ADN	Real-Times(Beijing) Biotechnology	RTM415	Mesurer la position des bandes électrophorétiques
D512	Taihe Biotechnology	TW21109196	foreword
primer D978	Taihe Biotechnologie	TW21109197	amorce inversée
Tampon d’élution	BioTeke	B010006022	Un tampon d’élution à faible teneur en sel lave la perle de verre d’ADN
	Yingxu Chemical Machinery (Shanghai)  ;	70181000	Billes de verre spéciales pour la dispersion et le broyage
Colonne d’adsorption d’importation	BioTeke	B2008006022	Colonne d’adsorption avec membrane à matrice de silice
Tampon d’élimination des inhibiteurs	BioTeke	B010006022	élimination des inhibiteurs dans l’extraction de l’ADN
Isopropanol	BioTeke	B010006022	précipiter ou isoler l’ADN
MIX-30S Mini Mixer	Miulab	MUC881206	action oscillatoire
Protéinase K	BioTeke	B010006022	Inactivation des nucléases intracellulaires et d’autres protéines
Rotor-Gene Q 5plex HRM	Qiagen	R1116175	quantification de fluorescence en temps réel PCR
Vitesse Micro-centrifugeuse	Scilogex	9013001121	centrifugeuse
Tanon 3500R Gel Imager	Tanon	16T5553R-455	imagerie gel
Taq Mix Pro	Monad	00007808-140534	PCR
Mix Thermo Cycler	Zhuhai Hema	VRB020A	ordinaire PCR
Wash Buffer	BioTeke	B010006022	Éliminer les impuretés telles que les métabolites cellulaires