يصف هذا البروتوكول إجراء دراسة التنفس من الميتوكوندريا المعزولة من عضلات الهيكل العظمي. وقد تم تكييف هذا الأسلوب من Scorrano<em> وآخرون.</em> (2007). لإجراء العزل الميتوكوندريا يتطلب حوالي 2 ساعة. ويمكن الانتهاء من تنفس الميتوكوندريا في حوالي 1 ساعة.