Questo protocollo è utilizzato con successo per rilevare quantitativamente i livelli e dei modelli spaziali di espressione di mRNA in diversi tipi di tessuto in tutta specie di vertebrati. Il metodo può rilevare trascrizioni poco abbondanti e permette l'elaborazione di centinaia di diapositive simultaneamente. Vi presentiamo questo protocollo con profilo di espressione di aviaria formazione del cervello dell'embrione come esempio.