Denne protokol er med held anvendt til kvantitativ detektering niveauer og rumlige mønstre af mRNA-ekspression i forskellige vævstyper tværs vertebrate arter. Fremgangsmåden kan detektere lave tæthed transkripter og tillader behandling af hundredvis af objektglas samtidigt. Vi præsenterer denne protokol ved hjælp af udtryk profilering af aviær embryonale hjernens dannelse som et eksempel.