Este protocolo é usado com sucesso para detectar quantitativamente os níveis e padrões espaciais de expressão de mRNA em vários tipos de tecido em todas as espécies de vertebrados. O método pode detectar transcritos baixa abundância e permite o tratamento de centenas de lâminas simultaneamente. Apresentamos este protocolo com perfil de expressão de formação cérebro das aves embrionárias como um exemplo.