Ce protocole est utilisé avec succès pour détecter quantitativement les niveaux et les schémas spatiaux de l'expression des ARNm de multiples types de tissus à travers les espèces de vertébrés. La méthode peut détecter des transcrits de faible abondance et permet de traiter des centaines de diapositives simultanément. Nous présentons ce protocole en utilisant le profil d'expression de la formation du cerveau embryonnaire aviaire comme un exemple.