A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:05Title
- 01:49Installation of the Software Package
- 04:02Analysis of a Crystal Structure
- 05:22Construction of a DNA Structure from Rigid-body Parameters
- 06:38Analysis of Multi-model Structure Files
- 08:15Superposition of Multi-model Structures onto a Common Reference Frame
- 09:29Construction of a Protein-decorated DNA Molecule
- 11:54Results: Nucleic Acid Structure Analysis and Reconstruction with 3DNA
- 15:52Conclusion
Den 3DNA programvarepakke er en populær og allsidig bioinformatikk verktøy med evner til å analysere, konstruere og visualisere tredimensjonale nukleinsyre strukturer. Denne artikkelen presenterer detaljerte protokoller for en undergruppe av nye og populære funksjoner som er tilgjengelige i 3DNA, som gjelder for både individuelle strukturer og ensembler av beslektede strukturer.
Tags
3DNA Software PackageBioinformatics ToolNucleic Acid StructuresAnalyze StructuresConstruct StructuresVisualize StructuresProtocolsDownload SoftwareInstall SoftwareBase Pair AssignmentRigid-body ParametersAtomic Model ReconstructionEnsembles Of StructuresNMR MeasurementsMD SimulationsW3DNA Web ServerUser-friendly InterfaceBuild ModelsDNA MoleculesBound Proteins
