Den 3DNA programvarepakke er en populær og allsidig bioinformatikk verktøy med evner til å analysere, konstruere og visualisere tredimensjonale nukleinsyre strukturer. Denne artikkelen presenterer detaljerte protokoller for en undergruppe av nye og populære funksjoner som er tilgjengelige i 3DNA, som gjelder for både individuelle strukturer og ensembler av beslektede strukturer.