संयोजक प्रोटोटाइप फोम वायरस integrase प्रोटीन अक्सर शुद्धि के दौरान एक जीवाणु nuclease के साथ दूषित है । यह विधि nuclease संदूषण की पहचान करती है और इसे एंजाइम की अंतिम तैयारी से निकालती है ।