Denne protokollen beskriver kombinasjon bruken av ChIP-seq, 4sU-seq, totalt RNA-seq og ribosom profilering for linjer og primære celler. Det kan spore endringer i transkripsjon-faktoren bindende, de novo transkripsjon, RNA behandling, omsetning og oversettelse over tid og vise samlede hendelsesforløpet i aktivert og/eller raskt skiftende celler.