यहां, हम एक 3 डी पहनावा छिपा मार्कोव मॉडल के साथ तीन रंग smFRET डेटा और उसके विश्लेषण प्राप्त करने के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं । इस दृष्टिकोण के साथ, वैज्ञानिकों जटिल प्रोटीन सिस्टम से काइनेटिक जानकारी cooperativity या संबद्ध बातचीत सहित, निकाल सकते हैं ।