Journal
/
Genetics
/
Formaldehyd-assistert isolering av regulatoriske elementer for å måle Chromatin tilgjengelighet i pattedyrceller
JoVE Journal
Genetics
This content is Free Access.
JoVE Journal Genetics
Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells

Formaldehyd-assistert isolering av regulatoriske elementer for å måle Chromatin tilgjengelighet i pattedyrceller

DOI:
10.3791/57272-v

•

08:08 min

•

April 02, 2018

•

, , , ,
1Department of Oncohematology and Genetics. Institute of Biomedicine of Seville (IBiS),University Hospital Virgen del Rocío, 2Institute of Biochemistry, Medical Faculty, Friedrichstrasse 24, Member of the German Center for Lung Research,Justus-Liebig-University

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:03Formaldehyde Crosslinking and Cell Harvesting
  • 02:18Cell Lysis and Chromatin Fragmentation
  • 03:25De-crosslinking of Control DNA
  • 04:04Phenol: Chloroform Purification of DNA
  • 06:44Results: Chromatin Accessibility Quantified
  • 07:29Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Plastisitet av kjernefysiske arkitektur styres av dynamisk epigenetic mekanismer, inkludert ikke-koding RNAs, DNA metylering, nucleosome reposisjonering samt histone komposisjon og modifisering. Her beskriver vi en Formaldehyde-Assisted isolasjon av regulatoriske elementer (FAIRE)-protokoll som tillater fastsetting av chromatin tilgjengelighet i en reproduserbare, billig og enkel måte.

Tags

Chromatin AccessibilityFormaldehyde-assisted IsolationRegulatory ElementsMammalian CellsDNA-protein Cross-linkingChromatin RemodelingFAIRESonicationChromatin Fragmentation

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Sekvensiell Salt utdrag for analyse av Bulk Chromatin bindende egenskaper Chromatin endre komplekser

Utvalgsavhengig og uavhengig generasjon av CRISPR / Cas9-medierte Gene Knockouts i mammale celler

Kromatinimmunpresipitasjon (ChIP) i mus-T-cellelinjer

Retroviral skanning: Mapping MLV Integrering Sites for å definere Cell-spesifikke Regulatory Regioner

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) protokollen for lav-overflod embryonale prøver

Tilpasning av hybridisering erobringen av Chromatin-assosiert proteiner for Proteomikk til pattedyrceller

En enkel, rask og kvantitative analysen mål reparasjon av DNA-protein krysskoblinger på plasmider transfekterte i pattedyrceller

CRISPR-mediert reorganisering av Chromatin Loop struktur

Kromatin Immunutfelling analysen bruke Micrococcal Nukleaser i pattedyrceller

Utforske sekvens plass til å identifisere bindende områder for regulatoriske RNA-binding proteiner

Read Article