Vi presenterar ett protokoll för att mäta syreförbrukning och extracellulära försurning i Drosophila melanogaster larver och vuxna hjärnor. En metabolisk analyzer används med en anpassad och optimerad protokollet. Micro-vävnad begränsningar var är en kritisk komponent i detta protokoll och designad och Skapad speciellt för deras användning i denna analys.