Her præsenterer vi en robust protokol for at kvantificere 40 forbindelser involveret i Central Carbon og energimetabolisme i celle-fri proteinsyntese reaktioner. Den celle frie syntese blanding er derivatized med anilin for effektiv adskillelse ved hjælp af omvendt fase væskekromatografi og derefter kvantificeret ved massespektrometri ved hjælp af isotopisk mærkede interne standarder.