Her presenterer vi en robust protokoll for å kvantifisere 40 forbindelser involvert i Sentral karbon og energi metabolisme i celle-fri protein syntese reaksjoner. Den celle frie syntese blandingen er derivatized med anilin for effektiv separasjon ved hjelp av reversert-fase flytende kromatografi og deretter kvantifisert av masse massespektrometri bruker isotopically merket interne standarder.