Biology
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优化低温电子断层扫描数据采集策略
Chapters
Summary March 19th, 2021
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低温电子断层扫描对大规模数据收集的需求不断增加，这需要高通量图像采集程序。这里描述的是一个协议，旨在实现高级获取策略的最新发展，旨在最大限度地提高断层数据收集的时间效率和吞吐量。
Transcript
设置大型数据收集会话是一个耗时的程序，可以大大减少可用于倾斜系列采集的剩余显微镜时间。这种方法能够快速设置大规模自动断层扫描数据采集，以最大限度地提高断层扫描实验的时间效率，需要仔细选择采集目标。首先打开一个虚拟序列实例。
绘制第一个网格方块后，使用串行 EM 导航器菜单选项合并以查看虚拟串行实例中的蒙太奇。双击导航器窗口以打开网格方形地图。搜索地图并使用虚拟串行EM导航器选项添加点，在感兴趣目标上添加图像采集点。
绘制新方块后，保存导航器文件并再次合并导航器。继续，直到绘制所有网格方块。再次，将导航器文件与虚拟串行实例合并。
从虚拟串行菜单运行 Pi EM 虚拟地图脚本。选择工具并选择虚拟锚图。这可能需要一些时间，具体取决于网格方形地图的大小和数量，以及视图和预览地图的装箱。
为确保显微镜的正确性能，请按照以下顺序使用相同的放大倍数和光束大小设置进行数据采集。通过 CTF 运行串行无昏迷对齐。 插入并中心目标孔径。
运行串行正确污名化 CTF 和 GIF 快速调谐。在串行中，打开新的导航器文件。取消选择所有 A 点。
选择第一视图地图。选择崩溃。单击 A 两次并取消选择崩溃。
选择第一视图映射位置。按移位 T，然后选择最后一个视图映射位置，然后再次按移位 T。选择文件属性中的单帧图像以打开对话。
在下一个文件属性对话中，根据成像需求和仪器设置选择所需的参数。提示时，用数字命名并单击保存。为第一个 TS 位置设置倾斜系列控制器。
完成后，单击"确定"以设置此获取项目后的所有倾斜系列的这些参数。现在，所有预览地图都选为带有编号文件名的 TS。如有必要，请为每个目标设置对焦/跟踪距离。
双击视图以加载它。在导航器列表中选择预览地图。然后在导航器窗口中选择编辑对焦。
在低剂量控制面板中，除选旋转区域间轴，以沿舞台倾斜轴定位试验和聚焦。单击加载视图地图中所需的区域，为此倾斜系列设置焦点试用位置，并确保导航器项目具有 TSP 设置。重复所有项目的程序。
编辑脚本 PreTomo 中在每个倾斜系列之前运行的焦点范围。在串行EM倾斜系列菜单中，检查 TS 中的运行脚本，并在每次倾斜期间选择"期间"脚本的脚本编号。检查氮气罐水平以及自动装载机涡轮增压器是否选择。
检查数据存储自由空间。在串行EM文件菜单中，为日志文件取消选择连续保存。每个倾斜系列将获得自己的日志文件。
单击导航菜单中的项目获取后，运行脚本 PreTomo。选择主要任务获取倾斜系列，然后在后托莫之后选择运行脚本。选择关闭列阀在结束，并发送电子邮件在年底，然后点击去。
在低放大倍率的网格地图上选择了 71 个合适的方块。获得中等放大倍率图的设置，允许直接可视化和识别感兴趣的样本，冠状病毒在这种情况下。收购时间为每平方3分钟，共3小时45分钟。
当创建第一个方形地图时，在单独的计算机上打开一个虚拟序列实例，以可视化方形地图，并在适合倾斜系列采集的目标上添加点。设置了序列EM低剂量，并拍摄了参考视图和预览图像，并保存为地图。然后，后一种地图可以立即在虚拟序列中使用，从相应的方形地图图像生成虚拟视图和虚拟预览。
虚拟视图映射用于目标的初始中心，然后使用虚拟预览地图在实际倾斜系列采集放大器上执行最终中心。用户应留出足够的时间来探索样本景观。在搜索了一些地图后，人们对于从中收集数据的优质区域有了更好的感觉。
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