Den nåværende protokollen beskriver isolering av fykobilisomer fra cyanobakterier ved sentrifugering gjennom en diskontinuerlig sukrosetetthetsgradient. Fraksjonene av intakte fykobilisomer bekreftes av 77K fluorescerende utslippsspekter og SDS-PAGE-analyse. De resulterende fykobilisomfraksjonene er egnet for negativ farging av TEM og massespektrometrianalyse.