ال
1Department of Biomedical Sciences and Pathobiology, Virginia Maryland College of Veterinary Medicine, Virginia Tech, 2Department of Biomedical Engineering, Cornell University, 3School of Electrical and Computer Engineering, Cornell University, 4Department of Biomedical Engineering, Duke University

Published 5/18/2016
0 Comments
  CITE THIS  SHARE 
Immunology and Infection

You must be subscribed to JoVE to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





By clicking "Submit," you agree to our policies.

 

Summary

هنا، يتم وصف بروتوكول لموسم الحصاد وصيانة وعلاج الماوس organoids الأمعاء الصغيرة مع الممرض المرتبطة أنماط الجزيئية (PAMPs) والمستوحدة الليستيريا، وكذلك التركيز على التعبير الجيني وتقنيات التطبيع المناسبة للبروتين.

Cite this Article

Copy Citation

Rothschild, D. E., Srinivasan, T., Aponte-Santiago, L. A., Shen, X., Allen, I. C. The Ex Vivo Culture and Pattern Recognition Receptor Stimulation of Mouse Intestinal Organoids. J. Vis. Exp. (111), e54033, doi:10.3791/54033 (2016).

Please note that all translations are automatically generated through Google Translate.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

organoids الأمعاء الأساسي ونظام نموذجا قيما لديه القدرة على التأثير بشكل كبير على مجال علم المناعة المخاطية. ومع ذلك، فإن تعقيدات خصائص نمو عضوي الشكل تحمل محاذير كبيرة للمحقق. على وجه التحديد، وأنماط النمو في كل عضي الفردية تختلف اختلافا كبيرا، وخلق مجموعة متغايرة من الخلايا الظهارية في الثقافة. مع مثل هذه المحاذير، وممارسات زراعة الأنسجة المشتركة لا يمكن تطبيقها ببساطة إلى نظام عضوي الشكل نظرا لتعقيد الهيكل الخلوي. عد وتصفيح تستند فقط على عدد الخلايا، وهو أمر شائع للخلايا فصل على حدة، مثل خطوط الخلايا، ليست طريقة يمكن الاعتماد عليها لorganoids ما لم يتم تطبيق بعض تقنيات التطبيع. يتم تطبيع لمحتوى البروتين الكلي معقدة نظرا لمصفوفة البروتين المقيمين. ينبغي أن تؤخذ هذه الخصائص من حيث عدد الخلايا وشكل ونوع من الخلايا في الاعتبار عند تقييم يخدع يفرزخيمة من كتلة عضي. وقد تم إنشاء هذا البروتوكول لوضع الخطوط العريضة لإجراء بسيط للثقافة وعلاج organoids الأمعاء الصغيرة مع مسببات الأمراض الميكروبية والممرض المرتبطة أنماط الجزيئية (PAMPs). كما يؤكد على تقنيات التطبيع التي يجب تطبيقها عندما يتم إجراء تحليل البروتين بعد هذا التحدي.

Introduction

القدرة على حصاد ولقد وصفت organoids الثقافة الابتدائية للالأمعاء الدقيقة والقولون والبنكرياس والكبد والدماغ ووالتقدم مثيرة ثيق لفهم أكثر تمثيلا من الناحية الفسيولوجية الظواهر لعلم الأحياء الأنسجة 1-5. وذكرت تقارير ان طرق الأولى واصفا الثقافة والمحافظة على organoids الأمعاء الصغيرة التي ساتو وآخرون من مختبر هانز كليفرز 1. قبل إلى هذا الأسلوب والحصاد والثقافة من الخلايا الظهارية في الأمعاء الأولية أثبتت أن تكون محدودة وغير فعالة في الحفاظ على نمو الخلايا الظهارية. ومن بين أساليب تفكك النسيج عبر الحضانة مع الإنزيمات، مثل كولاجيناز وdispase، التي من شأنها أن تؤدي في نهاية المطاف إلى نمو الخلايا الليفية الأولية اختلط 6. هذه الشروط من شأنه أيضا أن الوقت محدود في الحفاظ على ثقافة الخلايا الظهارية. أن الحد الأدنى للا مكانة الخلايا الظهارية تشكيل، والخلايا الظهارية ستدخل موت الخلايا المبرمج بسببعدم وجود عوامل النمو المناسبة أو فقدان النزاهة الاتصال، ووصف anokis 7. وقد وفرت ظهور نظام الثقافة 3D عضوي الشكل وسيلة لثقافة الخلايا المعوية الأولية التي تحتوي على مجموعة متنوعة من أنواع الخلايا المعوية في ثقافة مستدامة 1. هذه organoids الظهارية لها مزايا أكثر من خطوط الخلايا كونها أنها تتألف من عدة خلايا متباينة، وتحاكي أفضل الجهاز أنها مشتقة من في الحي 8. عملية لفي نهاية المطاف "تنمو الأمعاء صغيرة في طبق" أثبت أنه أداة قيمة لتقييم استجابة ظهارة الأمعاء تحت محفزات مختلفة. التحقيق في التفاعل بين الخلايا المعوية الأولية مع الممرض المرتبطة أنماط الجزيئية الميكروبية (PAMPs) هو ذات الصلة في مجال علم المناعة وهذه الأنماط الجزيئية يمكن أن تنظم الاستجابات المتنوعة من كل من المضيف وميكروب 9. لا يمكن إلا أن المحققين استكشاف الآن هذه التفاعلات مع organoids الماوس، لكنهميمكن أن يكون مثقف من البشر فضلا 2. هذه التكنولوجيا لديه القدرة على تغيير كبير الطب الشخصي وأنه من المغري التكهن بشأن التقدم أن هذه التقنية سوف تجعل من الممكن في المستقبل القريب.

ويتمثل الهدف العام من هذه الطريقة هو توفير بروتوكول للثقافة، والتوسع، وعلاج organoids الأمعاء مع مجموعة متنوعة من المحفزات. ويمكن لهذه المحفزات وتتراوح في نهاية المطاف من اللقاحات، PAMPs البكتيرية ومسببات الأمراض الحية، الجهاز الهضمي (GI) وعلاجات السرطان. وقد تم تكييف العزلة وثقافة الماوس organoids الأمعاء من ساتو وآخرون. وعلى الرغم من أن هناك انحرافات بسيطة من الأسلوب الأصلي، والمنتج النهائي يجري عضي ثقافة لا تزال تحقق عند اتباع هذا البروتوكول. وتركز هذه الطريقة على وصف تقنية كافية لتطبيع السليم عند التعامل مع هياكل الخلية غير المتجانسة، والتي يجب أن تؤخذ بعين الاعتبار عند إجراء فحص على أساس خلية نبني مصفر.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

تمت الموافقة على جميع البحوث وأجرى في إطار المبادئ التوجيهية فرجينيا للتكنولوجيا IACUC

1. إعداد R-Spondin1 مكيفة وسائل الإعلام من الخط الخلوي HEK293T Rspo1

  1. جيل من الخلايا HEK293T-Rspondin1 وقد وصفت سابقا 10. البذور HEK293T-Rspondin1 إفراز الخلايا في 5-10٪ confluency، ما يقرب من 8 × 10 5 -1.7 × 10 6 خلايا، في قارورة T-175 مع 40 مل من 1X Dulbecco لتعديل النسر متوسطة (DMEM) + 10٪ مصل بقري جنيني ( FBS) باعتبارها وسائط النمو، واحتضان عند 37 درجة مئوية + 5٪ CO 2.
    ملاحظة: وسائط النمو لإفراز خلايا HEK293T-Rspondin1 سيكون بمثابة R-spondin1 مكيفة وسائل الاعلام. R-spondin1 يمكن شراؤها بدلا من ذلك كعامل نمو المؤتلف تستخدم بتركيز نهائي من 500 نانوغرام / مل.
  2. تنمو الخلايا HEK293T-Rspondin1 لمدة سبعة أيام أو حتى وصلت 95٪ confluency يحدده المجهر مشرق الميدان. حصاد 40 مل من وسائل الاعلام مشروطة ونقل إلى 50أنبوب مخروطي مل. تجاهل قارورة T-175 من خلايا إفراز HEK293T-Rspondin1.
  3. أجهزة الطرد المركزي في أنبوب يحتوي على وسائل الإعلام مكيفة في 300 x ج لمدة 10 دقيقة في 4 درجات مئوية لتكوير الحطام الخلوية. جمع طاف، ووصف R-spondin1 سائل الإعلام مكيفة، وقسامة إلى 15 مل أنابيب. مخزن aliquots في -20 درجة مئوية لمدة قصيرة أو -80 درجة مئوية لمدة التخزين على المدى الطويل.
    ملاحظة: يمكن تخزين إذابة مرة واحدة، مكيفة وR-Spondin1 الوسائط تصل إلى 1 في الاسبوع 4 درجات مئوية.

2. إعداد وسائل الاعلام النمو عضي والكواشف لحصاد الصغيرة المعوية الأقبية  

  1. ليوم واحد قبل الحصاد، وضع مصفوفة البروتين المجمدة على الجليد وذوبان الجليد بين عشية وضحاها في 4 درجات مئوية. الأوتوكلاف تشريح مقص، ملقط والشرائح الزجاجية التي سيتم استخدامها للحصاد سرداب.
  2. في اليوم التالي، يبدأ من خلال إعداد 40 مل من وسائط النمو عضوي الشكل تحتوي على المكملات الغذائية وعوامل النمو من خلال زيادة تركيزات الأسهم إلى 40 مل من 1X DMم / F-12. مكملات تحتوي على وسائل الإعلام: 10 ملم 2- [4- (2-هيدروكسي) piperazin-1-YL] ethanesulfonic حمض (HEPES) - 400 ميكرولتر، 1X الجلوتامين ملحق - 400 ميكرولتر، 1X B27 دون فيتامين (أ) - 400 ميكرولتر، 1X N2 - 200 ميكرولتر، 1 ملم N-أسيتيل سيستين - 40 ميكرولتر، 100 نانوغرام / مل م-رأس - 40 ميكرولتر، 50 نانوغرام / مل م-EGF - 4 ميكرولتر ومكان في 37 درجة حمام مئوية الماء حتى الاستخدام. تدفئة قسامة 15 مل من R-spondin1 إلى 37 درجة مئوية في حمام مائي.
  3. الدافئة ثلاث لوحات 24 بئر العقيمة إلى 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة على الأقل عن طريق وضع في حاضنة. تجهيز 50 مل في الماوس 1X الفوسفات مخزنة المالحة (PBS) + 2 مم الإيثيلنديامين حمض tetraacetic (EDTA) وبارد إلى 4 درجات مئوية. إعداد 100 مل في الماوس برنامج تلفزيوني 1X تحتوي على 10٪ FBS وباردة إلى 4 درجات مئوية.

3. حصاد المصحف العضلة المعوية الصغيرة الأقبية لعضي الثقافة 1

  1. تضحية عمر الماوس C57B6 / J الذكور 6-12 أسابيع من العمر رفعت على طعام القوارض القياسية والمياه المتاحةlibitum الإعلانية وفقا للمبادئ التوجيهية المؤسسية. الموت ببطء عبر CO 2 الخنق تليها خلع عنق الرحم.
    ملاحظة: حافظ على الذبيحة على الجليد حتى الحصاد الأنسجة وأداء الحصاد الأنسجة في خزانة السلامة البيولوجية للحد من مخاطر التلوث.
    ملاحظة: يمكن استخدام الماوس الذكور أو الإناث لتوليد organoids.
  2. (اختياري) حلق الماوس لإزالة الفراء قبل الغمر في 70٪ من الإيثانول. Submerse الماوس في الايثانول 70٪ لمدة 2 دقيقة ويعلقون الأطراف لتعلق متن الطائرة مع الجانب الظهري للفأرة لمس لوحة.
  3. استخدام ما قبل تعقيمها تشريح مقص وملقط لجعل شق خط منتصف في الجزء البطني من الفأرة. جعل شق في الأعضاء التناسلية الشروع الجمجمة إلى قاعدة العنق. فتح شق الجلد أفقيا مع ملاقط ويعلقون الجلد إلى لوحة تعلق لفضح الصفاق.
  4. جعل شق خط منتصف في الغشاء البريتوني في البطن مع مقص تشريح وأمثالها عشرالبريد البريتوني مع ملقط أفقيا ودبوس إلى لوحة التدبيس من أجل فضح أعضاء البطن.
    ملاحظة: احرص على تفادي قطع أعضاء البطن.
  5. إزالة الأمعاء الدقيقة من تجويف البطن مع تشريح ملقط ومقص عن طريق خفض تقاطع القريب من الأمعاء الدقيقة المتصلة المعدة وتقاطع البعيدة متصلة الأعور. ضع الأمعاء الدقيقة في طبق بتري معقمة تحتوي على 10 مل من الجليد الباردة برنامج تلفزيوني 1X.
  6. مسح محتويات الواردة في تجويف الأمعاء الدقيقة مع الجليد الباردة برنامج تلفزيوني 1X باستخدام ماصة 1 مل. كرر هذه الخطوة حتى تتم إزالة الأنقاض داخل تجويف الأمعاء الدقيقة.
  7. قطع الأمعاء الدقيقة مع تشريح مقص إلى 3-4 شرائح طول متساوية تقريبا ووضع شرائط طوليا على طبق بتري معقمة الجديد. لكل قطاع، وإدراج المتطورة من مقص تشريح داخل تجويف الأمعاء الدقيقة إلى إجراء شق على طول سو قطاع غزة. استخدام ملقط لأضعاف أفقيا فتح شق من أجل فضح تجويف الأمعاء الدقيقة.
  8. استخدام شريحة زجاجية معقمة لكشط بلطف بعيدا الزغب على سطح اللمعية من الأمعاء الدقيقة. قطع الأمعاء الدقيقة إلى 1-2 سم شرائط طول مع مقص تشريح ونقل هذه الشرائط إلى 50 مل أنبوب مخروطي الشكل تحتوي على 10 مل الجليد الباردة برنامج تلفزيوني 1X.
  9. خلط محتويات بلطف بواسطة أنبوب عكس مخروطي 50 مل، والسماح للمحتويات الأنسجة لتستقر في الجزء السفلي من أنبوب مخروطي 50 مل. نضح في برنامج تلفزيوني 1X وكرر ذلك ثلاث مرات من قبل غسل الأنسجة مع 10 مل من الجليد الباردة برنامج تلفزيوني 1X. في غسل النهائي مغادرة أنبوب مخروطي على الجليد لمدة 10 دقيقة تحتوي على 10 مل برنامج تلفزيوني 1X وشرائح الأنسجة الأمعاء الصغيرة.
  10. نضح في برنامج تلفزيوني 1X وإضافة 25 مل من برنامج تلفزيوني 1X + 2 ملي EDTA. وضع على منصة هزاز عند 4 درجات مئوية أو في دلو الثلج لمدة 45 دقيقة. في حين أن الأنسجة يحتضنها، تسمية ستة أنابيب مخروطية 15 مل "جزء # 1-6".
  11. السماح محتويات الأنسجة لتستقر في قاع الأنبوب. إزالة ونقل طاف لمل المخروطية أنبوب 15 المسمى "جزء 1". كرر برنامج تلفزيوني 1X + 10٪ FBS تهز خطوة (3.11) خمس مرات ونقل محتويات طاف لأنبوب بشكل مناسب المسمى الكسر.
  12. أجهزة الطرد المركزي في 125 x ج لمدة 5 دقائق. وأضاف نضح طاف و resuspend الكريات في 5 مل قبل تحسنت 1X DMEM / F-12، مع عدم وجود عوامل النمو.
  13. أجهزة الطرد المركزي في 78 x ج لمدة 2 دقيقة. نضح 4 مل من طاف و resuspend كل بيليه في 1 مل من وسائل الاعلام المتبقية.
  14. إزالة 20 مل من كل جزء وإضافة إلى شريحة زجاجية. تصور الأقبية والحطام تحت المجهر الضوئي وتحديد الكسور إلى الجمع بين وتجمع وفقا لذلك لتحقيق أكبر بيرسntage من الأقبية إلى نسبة الحطام.
    ملاحظة: الكسور 2-6 تسفر عن أكبر نسبة من الأقبية إلى أن بالذهب. الكسور إلى تجمع في أغلب الأحيان جزء 3 مع جزء 4، وجزء 5 مع جزء 6.
  15. كسور أجهزة الطرد المركزي إلى أن بالذهب في 125 x ج لمدة 5 دقائق. نضح طاف مغادرة 50-100 ميكرولتر المتبقية فوق بيليه.
  16. إبقاء الأنابيب على الجليد وإضافة 1 مل من بروتين المصفوفة إلى أجزاء مجمعة. الماصة صعودا وهبوطا ببطء لمنع إضافة فقاعات الهواء.
  17. إزالة استعد قبل 24 لوحات جيدا من الحاضنة 37 درجة مئوية وإضافة 50 ميكرولتر من البروتين مصفوفة / التعليق سرداب في منتصف كل بئر. نقل لوحة المصنفة إلى 37 درجة مئوية الحاضنة لمدة 10 دقيقة للسماح للانخفاض البروتين مصفوفة ليصلب.
  18. إضافة 450 ميكرولتر من وسائط النمو عضي معدة مسبقا + 50 ميكرولتر من R-spondin1 مكيفة وسائل الإعلام لكل بئر. احتضان لوحات عند 37 درجة مئوية + 5٪ CO 2 بين عشية وضحاها.
  19. إضافة 50-100 ميكرولتر من R-spondin1 مكيفة ميديولكل بئر يوميا. كل يوم 3 الثالثة تحل محل كامل وسائل الاعلام نمو عضوي الشكل مع الطازجة وسائط النمو عضوي الشكل 450 ميكرولتر / صفا جيدا في الخطوة 2.2. بالإضافة إلى ذلك إضافة 50-100 ميكرولتر من R-spondin1 مكيفة وسائل الإعلام لكل بئر.
    ملاحظة: يحتفظ انخفاض البروتين مصفوفة سلامتها لمدة أسبوع واحد، ولكن بعد 7 ايام الشروع في organoids الركض.

4. الركض Organoids كل يوم ال 7

  1. ذوبان الجليد في مصفوفة بروتين في ليلة وضحاها الجليد في 4 درجات مئوية في اليوم السابق الركض. الدافئة واحد عقيم 24 لوحة جيدا إلى 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة على الأقل. إعداد وسائط النمو عضي هو موضح في الخطوة 2.2 والحفاظ على 37 درجة مئوية حتى الاستخدام.
  2. إزالة لوحة عضي من الحاضنة ويبدأ الركض لوحة على الجليد. وسائط النمو نضح مع ماصة 10 مل 3-4 الآبار لبدء.
    ملاحظة: حافظ على وسائل الإعلام يستنشق في ماصة 10 مل، وسوف تستخدم هذه لإزاحة انخفاض البروتين مصفوفة في الخطوة التالية.
  3. في مثلالمقرصنة الآبار، ماصة صعودا وهبوطا من أجل إزاحة انخفاض البروتين مصفوفة من لوحة. كشط لطيف مع غيض من ماصة 10 مل مفيد في طرد انخفاض البروتين مصفوفة. نقل المحتويات إلى أنبوب مخروطي 15 مل.
  4. احتضان أنابيب مخروطية 15 مل على الجليد لمدة 10 دقيقة وأجهزة الطرد المركزي في 125 x ج لمدة 5 دقائق في 4 درجات مئوية. مراقبة بيليه الأبيض في الجزء السفلي من أنبوب مخروطي الشكل. نضح بلطف وتجاهل الأغلبية من طاف / القديم وسائط النمو عضوي الشكل فوق بيليه عضوي الشكل ترك 100-200 ميكرولتر فوق بيليه.
  5. تفريق الخبايا عضي باستخدام إبرة قياس 23 تعلق على حقنة 1 مل. نضح وإخراج 10-15 مرة من أجل فصل الخبايا. تقليل تكوين فقاعة الهواء بسبب pipetting لالمفرط.
  6. Resuspend وorganoids في 500 ميكرولتر من مصفوفة البروتين وإضافة 50 ميكرولتر لكل بئر في درجة حرارة ما قبل 24 لوحة جيدا جديدة. إضافة 450 ميكرولتر من وسائط النمو عضي معدة مسبقا + 50 ميكرولتر من R-spondin1وسائل الإعلام مكيفة لكل بئر. احتضان لوحات عند 37 درجة مئوية خلال الليل.

5. طلاء Organoids في يوم 14 للالتعرف على الأنماط مستقبلات تحفيز مع PAMPs والمستوحدة الليستيريا لتحليل التعبير الجيني

  1. قبل يومين من تحدي، خط خارج L. المستوحدة على طبق من ذهب بهي أجار.
  2. في اليوم التالي تلتقط L. المستوحدة مستعمرة وتنمو في 10 مل من مرق بهي عند 37 درجة مئوية خلال الليل اهتزاز في 200 دورة في الدقيقة.
  3. ذوبان الجليد في مصفوفة بروتين في ليلة وضحاها الجليد في 4 درجات مئوية اليوم قبل التحدي عضوي الشكل. الدافئة واحد عقيم 24 لوحة جيدا إلى 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة على الأقل. إعداد وسائط النمو عضي هو موضح في الخطوة 2.2 والحفاظ على 37 درجة مئوية حتى الاستخدام.
  4. إزالة ثقافة عضي من الحاضنة ويبدأ الركض من organoids.
  5. وسائل الاعلام نضح 3-4 الآبار والحفاظ على وسائل الاعلام يستنشق في pipete 10 مل كما سيتم استخدام هذا لإزاحة انخفاض البروتين مصفوفة. ماصة صعودا وأسفل من أجل إزاحة انخفاض البروتين مصفوفة من لوحة. كشط لطيف مع غيض من ماصة 10 مل مفيد في طرد انخفاض البروتين مصفوفة. نقل المحتويات إلى أنبوب مخروطي 15 مل.
  6. احتضان أنابيب مخروطية 15 مل على الجليد لمدة 10 دقيقة. أجهزة الطرد المركزي في 125 x ج لمدة 10 دقيقة على 4 درجات مئوية. مراقبة بيليه الأبيض في الجزء السفلي من أنبوب مخروطي الشكل. نضح بلطف وطاف وترك ما يقرب من 100 ميكرولتر من طاف المتبقية وراء.
  7. resuspend الكرية عضوي الشكل في 5 مل من الجليد الباردة برنامج تلفزيوني 1X وإزالة قسامة 10 ميكرولتر لفرز الأصوات. إضافة قسامة 10 ميكرولتر إلى منتصف عدادة الكريات دون غطاء زجاجي زلة. تراكب بلطف ساترة الزجاج على أعلى من الانخفاض.
    ملاحظة: سوف عدادة الكريات تسد مع organoids إذا لم يتم إزالة شريحة زجاجية أولا.
  8. عد عدد من organoids عبر مجهر الضوء في كل شبكة / غرفة بأكملها من عدادة الكريات وتحديد تركيز عضوي الشكل: الأسطواناتنوفمبر من إجمالي organoids تحسب لكل 10 ميكرولتر.
  9. إزالة وحدة تخزين المناسب من أنبوب مخروطي 15 مل من شأنها أن تسمح أعداد كافية من organoids أن المصنف للفحص وأجهزة الطرد المركزي هذا تعليق في 125 x ج لمدة 10 دقيقة.
    ملاحظة: تتراوح ما بين 40-100 organoids لكل بئر من 24 لوحة جيدا يكفي لتحليل الحمض النووي الريبي. حجم عضوي الشكل النموذجي يمكن أن تتراوح من 300 ميكرون إلى 1000 ميكرون في القطر.
  10. نضح طاف و resuspend بيليه في 500 مل من بروتين المصفوفة دون توليد فقاعات الهواء. إضافة 50 مل من عضوي الشكل / البروتين تعليق مصفوفة لكل بئر في 24 لوحة جيدا.
    ملاحظة: مقدار بروتين المصفوفة المستخدمة ل resuspend organoids سوف تختلف لعدد من الشروط العلاج ومكررات التقنية.
  11. إضافة 500 ميكرولتر من وسائل الإعلام نمو عضوي الشكل (بدون N-أسيتيل سيستين) إلى كل بئر واحتضان عند 37 درجة مئوية + 5٪ CO 2 لمدة 1 ساعة.
  12. إعداد تركيزات 2X من PAMPs (أي فلاجيلين،lipopolysaccharide في) والعيش L. الليستريا. قياس OD من L. الحية اللستيريا وشريحة لحم على لوحة BHI لفرز الأصوات. علاج organoids في 1 × 10 6 مستعمرة وحدات تشكيل (كفو) / مل.
    ملاحظة: سيتم OD في تقرير كفو تختلف حسب نوع البكتيريا ويجب تقييمها قبل عضي التحفيز. على سبيل المثال، OD من 0.6 ≈ 1 × 10 9 كفو / مل لL. اللستيريا، ولكن ينبغي أيضا تقييم مسبق مستقل لهذه التجربة.
  13. خط خارج التخفيف المتسلسل من المخزون علاج L. اللستيريا إلى تحديد دقيق لمعالجة كفو / مل. ويخلص المؤلفان إلى أن التخفيف 1 × 10 8 من 100 ميكرولتر على طبق من ذهب بهي أجار كافية لحساب المستعمرات لتحديد دقيق كفو / مل.
  14. يعد حل الحرارة قتل من L. اللستيريا من خلال اتخاذ قسامة 1 مل من L. الحية المستوحدة حل وأجهزة الطرد المركزي في 5000 x ج لمدة 10 دقيقة. نضح طاف وغسلبيليه البكتيرية مع 1 مل من برنامج تلفزيوني 1X.
    1. الطرد المركزي ل. اللستيريا في 5000 x ج لمدة 10 دقيقة و resuspend بيليه في 1 مل من برنامج تلفزيوني 1X. الحرارة تقتل L. اللستيريا في أنبوب 1.7 مل البولي بروبلين عن طريق التسخين في 80-90 درجة مئوية لمدة 1 ساعة. ثقافة قسامة 100 ميكرولتر من الحرارة قتلت L. اللستيريا على طبق من ذهب بهي أجار لتأكيد ما زالت لا تعيش البكتيريا.
    2. إضافة 500 ميكرولتر من PAMP 2X المناسب و / أو علاج الميكروب إلى 500 ميكرولتر وسائل الإعلام المقيمين في الآبار المعينة التي يحددها المستخدم. احتضان عند 37 درجة مئوية + 5٪ CO 2 لمدة 24 ساعة.
      ملاحظة: إضافة قسامة 500 ميكرولتر من العلاج / ميكروب 2X PAMP إلى 500 ميكرولتر من وسائل الإعلام المقيمين جلب تركيز العلاج على 1x أخرى في إجمالي حجم 1 مل.
  15. في اليوم التالي، يدويا الاعتماد L. المستوحدة المستعمرات لتحديد دقيق لمعالجة كفو / مل. وسائل الإعلام نضح من لوحة من organoids المعالجة وغسل الآبار رمرات hree مع برنامج تلفزيوني 1X.
  16. الشروع في استخراج الحمض النووي الريبي عن طريق الفينول / الكلوروفورم 11 أو عدة استخراج الحمض النووي الريبي وفقا لتعليمات الشركات المصنعة. تقييم التعبير الجيني باستخدام معيار QRT-PCR 12.

6. طلاء Organoids في يوم 14 لPAMP وL. اللستيريا التحدي لتحليل البروتين في طاف

  1. قبل يومين من تحدي، تبدأ ثقافة خلية من خلايا كاتشو-2، كثافة البذر ≈1 × 10 6 الخلايا في T-75 قارورة مع 1X DMEM + 20٪ FBS واحتضان خلايا كاتشو-2 عند 37 درجة مئوية + 5 ٪ CO 2. بدء عمل مزرعة للبكتريا L. اللستيريا على لوحة BHI واحتضان لوحة في حاضنة البكتيرية عند 37 درجة مئوية.
  2. في اليوم التالي تلتقط L. المستوحدة مستعمرة وتنمو في 10 مل من مرق بهي عند 37 درجة مئوية خلال الليل. ذوبان الجليد في مصفوفة بروتين في ليلة وضحاها الجليد في 4 درجات مئوية اليوم قبل التحدي عضوي الشكل.
  3. في اليوم التالي واحد دافئ معقم 96 أسود الجدران جيدالوحة إلى 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة على الأقل. إعداد وسائط النمو عضوي الشكل دون N-أسيتيل سيستين هو موضح في الخطوة 2.2 والحفاظ على 37 درجة مئوية حتى الاستخدام. إزالة ثقافة عضي من الحاضنة ويبدأ الركض من organoids.
    ملاحظة: حجم عضوي الشكل النموذجي يمكن أن تتراوح من 300 ميكرون إلى 1000 ميكرون في القطر.
  4. وسائل الاعلام نضح 3-4 الآبار والحفاظ على وسائل الاعلام يستنشق في pipete 10 مل كما سيتم استخدام هذا لإزاحة انخفاض البروتين مصفوفة. و resuspend مع ماصة من أجل إزاحة انخفاض البروتين مصفوفة من لوحة. كشط لطيف مع ماصة 10 مل مفيد في طرد انخفاض البروتين مصفوفة. نقل المحتويات إلى أنبوب مخروطي 15 مل.
  5. احتضان أنابيب مخروطية 15 مل على الجليد لمدة 10 دقيقة. أجهزة الطرد المركزي في 125 x ج لمدة 10 دقيقة على 4 درجات مئوية. مراقبة بيليه الأبيض في الجزء السفلي من أنبوب مخروطي الشكل. نضح بلطف وطاف مغادرة 100 ميكرولتر من طاف المتبقية وراء.
  6. resuspend الكرية عضوي الشكل في 5ML من الجليد الباردبرنامج تلفزيوني 1X وإزالة قسامة 10 ميكرولتر لفرز الأصوات. إضافة قسامة 10 ميكرولتر إلى منتصف عدادة الكريات وتراكب بلطف ساترة الزجاج.
    ملاحظة: سوف عدادة الكريات تسد مع organoids إذا لم يتم إزالة شريحة زجاجية أولا.
  7. عد عدد من organoids عبر مجهر الضوء في كل شبكة من عدادة الكريات / الغرفة بأكملها وتحديد تركيز عضوي الشكل: العدد الإجمالي للorganoids تحسب لكل 10 مل.
  8. إزالة وحدة تخزين المناسب من أنبوب مخروطي 15 مل من شأنها أن تسمح أعداد كافية من organoids أن المصنف للفحص وأجهزة الطرد المركزي هذا تعليق في 125 x ج لمدة 10 دقيقة.
    ملاحظة: مقدار بروتين المصفوفة المستخدمة ل resuspend organoids سوف تختلف عن مبلغ شروط العلاج ومكررات التقنية. ويخلص المؤلفان إلى أن 40-100 organoids كافية لتحليل البروتين يفرز.
  9. نضح طاف و resuspend بيليه في 500 ميكرولتر من مصفوفة البروتين / جيد دون توليدفقاعات هواء.
    ملاحظة: مقدار بروتين المصفوفة المستخدمة ل resuspend organoids سوف تختلف عن مبلغ شروط العلاج ومكررات التقنية.
  10. ترك عمودين على الأقل فارغة على لوحة زراعة الأنسجة السوداء الجدران جيدا 96 وهذه ستكون بمثابة المصنفة الآبار مع كاتشو-2 الخلايا لتوليد منحنى القياسية. إضافة 50 ميكرولتر من البروتين مصفوفة + تعليق عضوي الشكل لكل بئر إلى بئر سوداء الجدران لوحة زراعة الأنسجة قبل درجة حرارة 96. تخزين لوحة عند 37 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة للسماح البروتين مصفوفة ليصلب.
  11. إضافة 100 ميكرولتر من وسائل الإعلام نمو عضوي الشكل (بدون N-أسيتيل سيستين) إلى كل بئر واحتضان عند 37 درجة مئوية + 5٪ CO 2 لمدة 1 ساعة.
  12. إعداد تركيزات 2X من PAMPs والعيش L. الليستريا. إضافة 100 مل من كل شرط المعاملة التي يلقاها لكل بئر واحتضان لمدة 24 ساعة.
  13. لوحة اليوم التالي كاتشو-2 الخلايا في الآبار منحنى القياسية. تبدأ من خلال ارتفاع درجة حرارة العقيمة برنامج تلفزيوني 1X، 0.25٪ التربسين و1X DMEM + 20٪ FBS رس 37 درجة مئوية.
  14. إزالة قارورة T-75 التي تحتوي على كاتشو-2 الخلايا ونضح وسائل الإعلام ثقافة الخلية. غسل الخلايا مع 10 مل برنامج تلفزيوني 1X. نضح في برنامج تلفزيوني 1X، إضافة 2 مل 0.25٪ التربسين ومكان T-75 قارورة في الحاضنة 37 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة.
  15. تصور قارورة تحت المجهر الضوئي لضمان الخلايا يكون فصل ثم إضافة 8 مل من 1X DMEM + 20٪ FBS إلى الخلايا كاتشو-2 فصل ونقل إلى 15 مل أنبوب مخروطي الشكل. إزالة قسامة 10 ميكرولتر وعدد الخلايا بواسطة المجهر الضوئي باستخدام عدادة الكريات.
    ملاحظة: إن عدد الخلايا العلوي من 60000 خلية / جيد يعمل بشكل جيد والتخفيفات يمكن أن تتم لتوليد منحنى قياسي وصولا الى 2500 خلية / جيدا.
  16. resuspend الخلايا كاتشو-2 في مصفوفة البروتين وإضافة 50 ميكرولتر لكل بئر من الآبار المناسبة. تسمح مصفوفة البروتين ليصلب عند 37 درجة مئوية لمدة خلايا كاتشو-2.
    ملاحظة: وسائل الاعلام النمو للخلايا كاتشو-2 لا تحتاج إلى إضافة بعد تصلب مصفوفة البروتين.
  17. التاليفي وقت العلاج 24 ساعة لفحص عضوي الشكل، نضح وحفظ وسائل الإعلام طاف الخلوية عضي والحفاظ على الجليد. غسل الآبار ثلاث مرات مع برنامج تلفزيوني 1X. إضافة 100 ميكرولتر من الميثانول بنسبة 100٪ لتشمل كل بئر على كاتشو-2 الآبار منحنى القياسية واحتضان عند 4 درجات مئوية أو على الجليد لمدة 20-30 دقيقة لإصلاح organoids.
    ملاحظة: ليس مطلوبا أن تغسل كاتشو-2 الآبار منحنى القياسية مع برنامج تلفزيوني 1X، لأنها يمكن أن الميثانول وأضاف مباشرة.
  18. بعد حضانة الميثانول، وغسل الآبار ثلاث مرات مع الجليد الباردة برنامج تلفزيوني 1X. تخزين لوحة عند 4 درجات مئوية لمدة تصل إلى 1-2 أسابيع.
  19. إضافة صبغة تلطيخ النووي في تركيز 1 ميكروغرام / مل لكل بئر، تغطية لوحة بورق الألمنيوم واحتضان عند 4 درجات مئوية خلال الليل.
  20. استخدام 96 بئر قارئ لوحة لقياس تلطيخ صبغ النووي الإثارة / الانبعاثات (350nm / 461nm على التوالي) وتطبيع كل عضي كذلك إلى منحنى مستوى خلايا كاتشو-2.
  21. انتقل إلى المقايسات المصب، مثل ELISA

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

عند اتباع هذا البروتوكول لزراعة organoids الأمعاء، سوف مميزة المجال على شكل organoids تكون موجودة بعد الحصاد. إضافة R-spondin1 سائل الإعلام مكيفة يوميا سوف تشرع في النمو والازهار من organoids. وأظهرت نمو organoids في الشكل 1A - وهو ممثل organoids الأمعاء في أيام 1 و 2 و 4 و 5 و 6 و يوم 14. الشكل 1F تمثل خصائص النمو غير متجانسة من organoids في يوم 14.

مرة واحدة تزرع organoids إلى وجود عدد كاف، ويمكن replated وتحدى مع مختلف PAMPs و / أو الميكروبات. تحليل التعبير لا يمكن أن يؤديها عن طريق التقنيات القياسية. ويمثل هذا في الشكل 2A-C مما يدل على التعبير مرنا من السيتوكينات الالتهابية IL-18، IL-6، وTNFα التي تم تحليلها بعد24 التحدي ساعة من organoids مع حرارة قتل L. اللستيريا وفلاجيلين PAMP. الأساس المنطقي لتقييم التعبير مرنا السيتوكينات IL-18، IL-6، وكان TNFα ان هؤلاء هم المرشحين الجيدين لكونها منظم من قبل الخلايا الظهارية ردا على التحدي المسببة للأمراض، وسيكون تعديل هذه السيتوكينات الالتهابية تثبت فعالية هذه التقنية.

الشكل 3A - C يدل على تلطيخ النووي النسبي للorganoids الأمعاء مع صبغ تلطيخ النووي بعد التثبيت مع الحد الأدنى من تلوين الخلفية من الحطام في مصفوفة البروتين المقيمين. هذا الأسلوب من التثبيت وتلطيخ يمكن تطبيقها على تطبيع المقايسات، والتي ستستحوذ على اختلاف أعداد الخلايا في كل بئر. هذا واضح في الشكل (4) عند إنشاء منحنى مستوى التخفيفات المسلسل من كاتشو-2 خلايا مطلي في مصفوفة البروتين، ثم الثابتة وملطخة النوويةصبغ تلطيخ. آر 2 قيمة 0.89 يشير إلى وجود علاقة خطية بين عدد الخلايا وتعني شدة الفلورسنت، ومعادلة خطية يمكن استخدامها لتطبيع organoids إلى عدد الخلايا. المنحنى القياسي هو مبين في الشكل (4) يبدأ في الوصول إلى الحد تشبع تتجاوز 30000 خلايا لكل بئر. وقد أظهرت المعايرة الخلايا فوق 30000 خلايا لكل بئر في الشكل (4) لتشمل مجموعة تشبع صبغ تلطيخ النووي. وسيتم الحصول على زيادة دقة التطبيع مع عدد الخلايا التي تعكس مجموعة خطية من صبغ تلطيخ النووي قبل الوصول إلى حد التشبع.

الشكل 1
الشكل 1: الصغيرة المعوية عضي النمو الوقت بالطبع لنمو الأمعاء الدقيقة organoids المستمدة الفئران بعد العزلة. (A) يوم 1. (ب) يوم 2. (C) يوم 4. (D) يوم 5. (E) يوم 6. (يوم F) 14. صور تمثيلية للنمو عضوي الشكل لكل يوم معين. الحانات على نطاق وتساوي 200 ميكرون في الصورة اليسرى لA، الحانات B، C، D و E. على نطاق وتساوي 100 ميكرون في الصورة الصحيحة لالحانات A، B، C، D و E. نطاق يساوي 1000 ميكرون، و 200 ميكرون للصور اليسار واليمين لF، على التوالي. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

الشكل 2
الشكل 2: التعبير مرنا من السيتوكينات الالتهابية وبعد 24 ساعة PAMP تحدي التعبير مرنا النسبي من النوع البري organoids الأمعاء تحدى لمدة 24 ساعة مع PAMPs والحرارة قتل المستوحدة الليستيريا (A - C) تمثل التغير أضعاف من ط. السيتوكينات nflammatory IL-18، IL-6 و TNFα على التوالي. أشرطة الخطأ تمثل الانحراف المعياري (SD) الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

الشكل (3)
الرقم 3: تلطيخ الفلورسنت النسبي للOrganoids لتطبيع تلطيخ النووي من organoids التالية مع تثبيت. (A) حقل مشرق من organoids. (ب) تلطيخ فلوري organoids مع صبغ تلطيخ النووي. (C) صورة مدموجة الحقل مشرق وتلطيخ الفلورسنت. الحانات على نطاق وتساوي 400 ميكرون في جميع الصور. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

"> الشكل (4)
الشكل (4): منحنى قياسي الناتجة عن كاتشو-2 خلايا منحنى قياسي المتولدة من الآبار ثلاث نسخ. كان البذر الخلية مجموعة ابتداء من 60000 خلية لكل جيدا مع التخفيفات وصولا الى 2500 خلية لكل جيدا. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

الرقم 5
الشكل (5): لمحة عامة عن مخطط بروتوكول يوضح 1-أعلى لوحة من الشكل حصاد R-spondin1 سائل الإعلام مكيفة. ويوضح لوحة 2-الأوسط من الشكل جوانب بروتوكول لموسم الحصاد والفأر ثقافة organoids الأمعاء الصغيرة. ويوضح لوحة 3-الجزء السفلي من الشكل: (أ) الطلاء من organoids مثقف 14 يوم. (ب) التحدي مع PAMPs / L.اللستيريا، وترك الآبار غير مأهولة لتوليد منحنى القياسية. (C) بعد التحدي PAMP، والطلاء من كاتشو-2 الخلايا في الآبار غير مأهولة سابقا لتوليد منحنى القياسية. (D) بعد تثبيت وإضافة صبغة تلطيخ النووي، وقياس الإثارة / الانبعاثات من الآبار وتطبيع ضد منحنى القياسية. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

ثقافة وصيانة organoids المعوي هو الإجراء الذي يمكن أن يلم بها أي فرد مع تقنية كافية زراعة الأنسجة. هناك الدقيقة في الركض بالمقارنة مع تنامي الخلايا في أحادي الطبقة الأكثر تقليدية، ولكن هذه الدقيقة وليس من الصعب التغلب عليها. الخطوات الحاسمة لهذه الطريقة تنطوي على أن تكون قادرة على النمو وorganoids إلى كثافة عالية بما فيه الكفاية لبذر الأمثل. ويجب توسيع التجارب إلى أسفل مع organoids كما كثافة البذر الكبيرة التي يمكن عادة أن يتحقق مع خطوط الخلايا ليست عملية. هذا يصبح واضحا خصوصا عندما تكون هناك مجموعات العلاج متعددة.

ويهدف هذا البروتوكول إلى توفير طريقة خطوة بخطوة لدراسة التفاعلات المضيف الممرض من ظهارة الأمعاء مع مجموعة متنوعة من بكتيريا مختلفة، مسببات الأمراض الفيروسية، والفطريات، فضلا عن الصعوبات العنوان باستخدام هذا النظام فيما يتعلق التطبيع. تتوفر تقارير تفيد بأن describالبريد تفاعلات organoids الأمعاء مع الممرض السالمونيلا البكتيري، ولكن لا تتناول وسائل تطبيع عند قياس السيتوكينات يفرز 13.

وهناك العديد من الصعوبات التي واجهتها عندما تطبيع الثقافات عضي بطرق مختلفة. تطبيع بروتين يفرز عن طريق فحص الحمض bicinchoninic (BCA) هو خيار. ومع ذلك، فإن مكونات النمو المطلوبة للثقافة عضي (N2 و / أو فيتامين B27) تتداخل مع مقايسة BCA (لا تظهر البيانات) تطبيع عبر جدوى الخلوية، مثل وقد وصفت فحص MTT تعديل 14؛ ومع ذلك، يعتمد العلاج الذي سوف يغير النشاط الأيضي الميتوكوندريا من organoids سوف أعرض طريقة غير دقيقة للتطبيع عبر هذه التقنية كما الإنتقالي العسكري على الحد من عمل أنزيم نازع للهيدروجين الميتوكوندريا 15. ومن الضروري أيضا لإزالة N-أسيتيل سيستين (بريدا) من وسائل الإعلام، وليس على لاي إذا كان المطلوب التطبيع عبر تقنية الإنتقالي العسكري، ولكن إذا علاج مع العوامل المسببة للأمراض البكتيرية كما NAC يمكن أن تمنع نمو البكتيريا 16.

مزايا هذه التقنية هي أن السيتوكينات يفرز ومنتجات البروتين من organoids يمكن أن يكون الآن تطبيع ضد منحنى مستوى خلايا كاتشو-2. القيود المفروضة على هذه التقنية هي أن التطبيع هو مترابط لتلطيخ النووي organoids الظهارية الابتدائي غير حولت-أمور اعتيادية ضد تلطيخ النووي من خط القولون الخلايا السرطانية. ويخلص المؤلفان إلى أن تحديد مع الميثانول وتلطيخ النوى مع النووي تلطيخ صبغ هو أسلوب التطبيع فعالة ضد منحنى مستوى خلايا كاتشو-2. على الرغم من أن خصائص نمو هذه القولون خط الخلايا السرطانية لا تحاكي بالضبط خصائص نمو organoids الأمعاء، وذلك باستخدام وصمة عار النووية وقياس كثافة مضان متوسط ​​هو استراتيجية جيدة لتطبيع ضد مجموع عدد الخلايا.

معشوقة = "jove_content"> مجتمعة، تقنية الموضحة هنا هو نقطة انطلاق جيدة لتقليد التفاعلات المضيف الممرض مع التطبيع الكافي الذي لا غنى عنه لصنع تفسيرات دقيقة باستخدام هذا النظام النموذجي. وتكمن أهمية هذه التقنية فيما يتعلق بأساليب بديلة هي أن التطبيع السليم يجب أن يؤديها عند إجراء أي تقييم للبروتين يفرز، مثل فحوصات ELISA مقرها.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Fetal Bovine Serum (FBS) Atlanta Biologicals S11050 (Section 1, 3, 6) Or equivalent brand
Sorvall Legend XTR Centrifuge Thermo (Section 1, 3)
DMEM GE Healthcare Sh30243.01 (Section 1, 6) For Caco-2 and HEK293 Rspondin1 cells
HEK293T-Rspondin1 secreting cell line (Section 1) Described and modified from Kim, K.A. et al. Lentiviral particles contained RSPO1(NM_138683) ORF cDNA cloned into a pReceiver-Lv105 backbone custom ordered and purchased from GeneCopoeia. 
50 ml conical tube Falcon 352070 (Section 1) Or equivalent brand
T-175 Flask Corning 431079 (Section 1) Or equivalent brand 
Protein Matrix Corning 356231 (Section 2, 3, 4, 5, 6) Matrigel Growth Factor Reduced 
HyClone Dulbecco's (DPBS) GE Healthcare SH30264.01 (Section 2, 3)
DMEM/F12  Life Technologies 12634-010 (Section 2, 3) Advanced DMEM/F12
Corning 24 Well TC Plates Corning 3524 (Section 2)
N2 Supplement 100x  Life Technologies 17502-048 (Section 2)
B27 without vitamin A 50x  Life Technologies 12587-010  (Section 2)
Trizol Life Technologies 15596-026 (Section 2)
Glutamine Supplement (Glutamax) Life Technologies 35050-061 (Section 2) Can Combine with Advanced DMEM/ F12
HEPES (1 M) Life Technologies 15630-080 (Section 2) Can Combine with Advanced DMEM/ F12 
10 ml Serological Pipet Falcon 357551 (Section 2) Or equivalent brand
Murine Noggin Peprotech 250-38 (Section 2) Stock = 100 mg/ml
N-Acetyl-L-cysteine Sigma-Aldrich A9165 (Section 2) Stock = 1M
Recombinant Mouse EGF Biolegend 585608 (Section 2) Stock = 500 mg/ml
Rocker Variable Bioexpres (Section 3)
dissecting scissors (Section 3)
forceps (Section 3)
glass slides (Section 3)
dissecting tweezers (Section 3)
25 ml Serological Pipet Falcon (Section 3)
EDTA  Sigma-Aldrich SLBB9821 (Section 3) 0.5 M or alternative TC grade EDTA
Sterile Petri Dish 100 mm x 15 mm Fisher FB0875712 (Section 3) Or equal sized TC dish
1 ml Syringe Becton Dickinson 309659 (Section 4)
Precision Glide Needle Becton Dickinson 305120 (Section 4) 23 G x 1 1/4 (0.6 mm x 30 mm)
Flagellin from Bacillus subtilis Invivogen tlrl-bsfla  (Section 5, 6)
Listeria monocytogenes ATCC 19115 (Section 5, 6) (Murray et al.) 
Hemocytometer Sigma-Aldrich Z359629-1EA (Section 5, 6) Or equivalent brand
BBL Brain Heart Infusion Agar Becton Dickinson 211065 (Section 5)
Bacto Brain Heart Infusion Becton Dickinson 237500 (Section 5)
Caco-2 ATCC HTB-37 (Section 6)
Trypsin  gibco 25200056 (Section 6)
Methanol Fisher A412-4 (Section 6)
SpectraMax M5 Molecuar Devices (Section 6)
96 Well Assay Plate Corning 3603 (Section 6) Black Plate, Clear Bottom TC treated
Nuclear Staining Dye Life Technologies H1399 (Section 6) Hoechst 33342
T-75 Flask Corning 430641 (Section 6) Or equivalent brand
15 ml conical tube Falcon 352096 (Section1, 3) Or equivalent brand
1.7 ml polypropylene tube Bioexpress C-3262-1 Or equivalent brand
Quick-RNA MiniPrep Zymo Research R1054 Or equivalent brand
TNF-alpha  Applied Biosystems Mm 00443260_g1 Taqman gene expression assay kit
IL-6  Applied Biosystems (Mm 00446190_m1 Taqman gene expression assay kit
IL-1beta Applied Biosystems Mm 00434228_m1 Taqman gene expression assay kit
IL-18 Applied Biosystems Mm 00434225_m1 Taqman gene expression assay kit
18s Applied Biosystems Hs 99999901_s1 Taqman gene expression assay kit
7500 Fast Real Time PCR System Applied Biosystems
Nexus gradient Mastercycler Eppendorf
TaqMan Fast Universal PCR Master Mix Life Technologies 4352042
High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit Life Technologies/Applied Biosystems 4368814
Fast Optical 96-Well Reaction Plate, 0.1 ml Life Technologies/Applied Biosystems 4346907
Recombinant Mouse R-Spondin 1 Protein R&D Systems 3474-RS-050 500 ng/ml
chloroform Sigma-Aldrich C7559

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Sato, T., et al. Single Lgr5 stem cells build crypt-villus structures in vitro without a mesenchymal niche. Nature. 459, (7244), 262-265 (2009).
  2. Sato, T., et al. Long-term expansion of epithelial organoids from human colon, adenoma, adenocarcinoma, and Barrett's epithelium. Gastroenterology. 141, (5), 1762-1772 (2011).
  3. Boj, S. F., et al. Organoid models of human and mouse ductal pancreatic cancer. Cell. 160, (1-2), 324-338 (2015).
  4. Huch, M., et al. Long-term culture of genome-stable bipotent stem cells from adult human liver. Cell. 160, (1-2), 299-312 (2015).
  5. Lancaster, M. A., et al. Cerebral organoids model human brain development and microcephaly. Nature. 501, (7467), 373-379 (2013).
  6. Freshney, R. I., Freshney, M. G. Culture of epithelial cells. 2nd edn. Wiley-Liss. (2002).
  7. Vachon, P. H., et al. Differentiation state-selective roles of p38 isoforms in human intestinal epithelial cell anoikis. Gastroenterology. 123, (6), 1980-1991 (2002).
  8. Hynds, R. E., Giangreco, A. Concise review: the relevance of human stem cell-derived organoid models for epithelial translational medicine. Stem Cells. 31, (3), 417-422 (2013).
  9. Kaiko, G. E., Stappenbeck, T. S. Host-microbe interactions shaping the gastrointestinal environment. Trends Immunol. 35, (11), 538-548 (2014).
  10. Kim, K. A., et al. Mitogenic influence of human R-spondin1 on the intestinal epithelium. Science. 309, (5738), 1256-1259 (2005).
  11. Chomczynski, P., Sacchi, N. The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction: twenty-something years on. Nat Protoc. 1, (2), 581-585 (2006).
  12. Allen, I. C., et al. NLRX1 protein attenuates inflammatory responses to infection by interfering with the RIG-I-MAVS and TRAF6-NF-kappaB signaling pathways. Immunity. 34, (6), 854-865 (2011).
  13. Zhang, Y. G., Wu, S., Xia, Y., Sun, J. Salmonella-infected crypt-derived intestinal organoid culture system for host-bacterial interactions. Physiol Rep. 2, (9), (2014).
  14. Grabinger, T., et al. Ex vivo culture of intestinal crypt organoids as a model system for assessing cell death induction in intestinal epithelial cells and enteropathy. Cell Death Dis. 5, 1228 (2014).
  15. Slater, T. F., Sawyer, B., Straeuli, U. Studies on Succinate-Tetrazolium Reductase Systems. Iii. Points of Coupling of Four Different Tetrazolium Salts. Biochim Biophys Acta. 77, 383-393 (1963).
  16. Parry, M. F., Neu, H. C. Effect of N-acetylcysteine on antibiotic activity and bacterial growth in vitro. J Clin Microbiol. 5, (1), 58-61 (1977).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Video Stats