النمو الفيروسي والتقنيات

Source: Tang, N., et al. Generating Recombinant Avian Herpesvirus Vectors with CRISPR/Cas9 Gene Editing. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the clonal isolation and PCR-based screening of recombinant herpesvirus following site-specific excision of a GFP marker. Fluorescence-activated cell sorting is used to isolate non-fluorescent infected cells, and junction PCR confirms retention of the target gene in GFP-negative clones.

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the isolation of Arthrobacter bacteriophages from a soil sample using enrichment and plaque assay techniques. It highlights the infection, amplification, and visualization of phages as clear lysis zones formed on a bacterial lawn.

Source: Morales Vasquez, D., et al. Live Imaging and Quantification of Viral Infection in K18 hACE2 Transgenic Mice Using Reporter-Expressing Recombinant SARS-CoV-2. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the protocol for carrying out plaque assay–based viral titration for quantifying infectious virus levels in tissue sample collected from a virus–infected mouse model.

Source: Vijayraghavan, S., Kantor, B. A Protocol for the Production of Integrase-deficient Lentiviral Vectors for CRISPR/Cas9-mediated Gene Knockout in Dividing Cells. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the procedure for generating recombinant viral particles by transfecting embryonic kidney cells with plasmids encoding viral proteins and a gene of interest.

Source: Rustad, M., et.al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the purification of bacteriophages from a suspension containing host bacterial debris using a sucrose density gradient. It shows how the density gradient separates phages by buoyant density, enabling recovery of a visible band for resuspension and further analysis.

Source: Brauer, R. et al., Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the synthesis and harvest of the influenza virus in fertilized chicken eggs. The virus is inoculated into the allantoic cavity, where it replicates in epithelial cells and buds into the allantoic fluid, which is then collected and stored for downstream applications.

Source: Nguyen, H., et al. Growth, Purification, and Titration of Oncolytic Herpes Simplex Virus. J. Vis. Exp. (2021).This video demonstrates the propagation and harvesting of oncolytic herpes simplex virus in mammalian cell cultures, highlighting viral entry, replication, and the recovery of virus-loaded cells. It further shows methods for preserving infected cells for downstream processing.

Source: Nguyen, H., et al. Growth, Purification, and Titration of Oncolytic Herpes Simplex Virus. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the purification of an oncolytic virus from infected mammalian cell cultures using nuclease treatment, sequential centrifugation, membrane filtration, and sucrose cushion centrifugation.

Source: Huang, D., et al. Mosquito-Associated Virus Isolation from Field-Collected Mosquitoes. J. Vis. Exp. (2022).This video demonstrates the step-by-step procedure for the in vitro isolation of mosquito-associated viruses from mosquito homogenates using fibroblast-like mammalian cells.

Source: Eggers, C. H. Phage-Mediated Genetic Manipulation of the Lyme Disease Spirochete Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022).This video demonstrates the isolation of borrelial phage particles from a Borrelia burgdorferi suspension using polyethylene glycol-mediated phase separation. The sample is centrifuged, treated with a salt solution, and a molecular crowding agent to precipitate phages. Chloroform extraction is done to remove debris and concentrate phage particles. The purified phage...

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates the purification of bacteriophages from bacterial cell lysates using sequential centrifugation, membrane filtration, chloroform extraction, centrifugal filtration, and buffer exchange to obtain a purified phage preparation.

Source: Van Lidth de Jeude, et al. A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the process of producing viral particles through transfection of embryonic kidney cells with plasmid–polyethylenimine complexes, which leads to viral genome expression, particle assembly, and virus collection in the medium.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp.(2018)This video demonstrates preparation of a bacteriophage lysate containing transducing particles. A donor strain is infected, plaques form, and the soft agar overlay is processed with chloroform to yield a clarified lysate for downstream analysis.

قبل يوم أو يومين من عملية التثقيب الكهربائي، يتم تحضير قارورة T182 واحدة من خلايا Vero (يُقبل استخدام القوارير ما بين T150 وT182؛ وتُنمى في وسط Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) + 10% مصل جنين البقر (FBS)) لكل بنية جزيئية سيتم استعادتها. تضَمّن قارورة T182 واحدة كعينة ضابطة للترانسفكشن الوهمي. يجب استخدام الخلايا عندما تصل نسبة تلاقيها إلى 70-80%.

المصدر: Mackler, R. M., et al. تجميع وتنقية الإنتاسومات الخاصة بالفيروس الرغوي النموذجي. J. Vis. Exp. (2018)يوضح هذا الفيديو عملية تنقية الإنتازومات (intasomes) الخاصة بالفيروس الرغوي النموذجي (PFV) من معلق مختلط من البروتين والحمض النووي (DNA) باستخدام استخلاص الملح وكروماطوغرافيا استبعاد الحجم، مما ينتج عنه معقدات نشطة للتحليلات اللاحقة.

المصدر: Suzuki, Y., et al. قياس RNA لفيروس dengue في السائل الطافي لمستنبت الخلايا المصابة باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي في الوقت الحقيقي. J. Vis. Exp. (2018).يوضح هذا الفيديو إجراء تحضير العينات الفيروسية لتحليل تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (Polymerase chain reaction). يتم تخفيف العينات الفيروسية ومعايير RNA تخفيفاً تسلسلياً، ومعالجتها بمحلول منظم من البروتيناز K، ثم تحضينها في درجات حرارة مضبوطة لتحرير RNA. بعد ذلك، يتم تثبيت RNA المعالج وتخزينه من أجل تقدير مستويات RNA...

المصدر: Dembowski, J. A., et al. تنقية الحمض النووي الفيروسي لتحديد البروتينات الفيروسية والخلوية المرتبطة به. J. Vis. Exp. (2017).يوضح هذا الفيديو كيفية عزل معقدات البروتين والحمض النووي الفيروسي (protein–viral DNA complexes) من نواى الخلايا باستخدام كيمياء النقر (click chemistry) والتنقية بالخرز المغناطيسي. يتضمن البروتوكول وسم الجينومات الفيروسية بنوكليوتيدات معدلة بالألكين، والبيوتينية عبر تفاعل النقر، والارتباط بخرز مغناطيسي مغلف بالستريبتاديفين. وبعد الغسل والاستخلاص الحراري، يتم جمع...

المصدر: دينغ، ج. وآخرون، تحضير rAAV9 للإفراط في تعبير الجينات أو تثبيطها في قلوب الفئران. J. Vis. Exp. (2016)يوضح هذا الفيديو تنقية جزيئات الفيروس المؤتلف من خلايا كلى بشرية محولة. يتم تحرير الفيروس عن طريق التحلل بالتجميد والذوبان، ثم تنقيته باستخدام تدرجات iodixanol مع الترشيح بمساعدة البوليمر المشترك الكتلوي.

المصدر: رغي، أ. د.، وآخرونإنتاج ناقلات الفيروس المرتبط بالغدة (AAV) في مصفوفات خلوية للدراسات قبل السريرية في نماذج الحيوانات الكبيرة. مجلة التجارب المرئية (J. Vis. Exp.) (2021)يوضح هذا الفيديو كيفية استعادة الفيروس المرتبط بالغدة (adeno-associated virus) الخام من خلايا ثديية منقولة باستخدام التحلل الكيميائي والطرد المركزي، مما يتيح إنتاج AAV بإنتاجية عالية لعمليات التنقية اللاحقة وتطبيقات العلاج الجيني قبل السريرية.

المصدر: Lopez Jr., M. A., et al. الكشف عن تلوث النيوكلييز وإزالته أثناء تنقية إنزيم integrase لفيروس prototype foamy virus المؤتلف. J. Vis. Exp. (2017)يوضح هذا الفيديو عملية تنقية إنزيم التكامل الفيروسي المسمى بـ polyhistidine-tagged باستخدام كروماطوغرافيا الألفة للنيكل. يستخدم البروتوكول شطفاً بتدرج الإيميدازول لعزل إنزيم التكامل انتقائياً بناءً على ألفته للراتنج المشحون بالنيكل.

Source: Rustad, M. et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the amplification and recovery of infectious bacteriophages from E. coli cultures. It outlines the steps for plaque isolation, phage replication, controlled lysis, and purification.

Source: Wang, M., et al, Evaluation of T Follicular Helper Cells and Germinal Center Response During Influenza A Virus Infection in Mice. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates intranasal infection of a mouse with a pathogenic influenza virus to establish a respiratory tract infection. The procedure outlines the administration of the virus into the nasal cavity. The virus enters host cells, replicates, and activates the immune system.

Source: Asad, S., et al. Quantification of Antibody-dependent Enhancement of the Zika Virus in Primary Human Cells. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates antibody-dependent enhancement of Zika virus infection in human primary macrophages, using dengue antibody–virus complexes to model how cross-reactive antibodies facilitate Fcγ receptor–mediated viral entry and replication for studying infection mechanisms and immune interactions.

Source: Klaus, J. P., et al Highly Sensitive Assay for Measurement of Arenavirus-cell Attachment. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates how to measure arenavirus attachment to monkey kidney cells. The assay uses low temperatures to block endocytosis and isolate the virus binding step. The approach enables precise quantification of surface-bound virus particles under conditions that restrict internalization.

Source: Fernández-Fernández, R., et. al. Bacteriophage Removal from Infected Salmonella Cultures. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates the use of exogenous LPS (Lipopolysaccharide) as a receptor mimic to inactivate lytic bacteriophages in Salmonella cultures. Through sequential incubation, centrifugation, and washing, phages are eliminated, resulting in a viable, phage-free bacterial suspension for downstream applications.

المصدر: جاو، ج.، وآخرون. إسكات الـ microRNA القائم على فيروس البطاطس X (VbMS) في البطاطس. مجلة التجارب المرئية (J. Vis. Exp.) (2020).يوضح هذا الفيديو استخدام Agrobacterium tumefaciens لإيصال بنية قائمة على فيروس البطاطس X (PVX) إلى نباتات بطاطس منمّاة في المختبر (in vitro) لغرض إسكات microRNA القائم على الفيروس (VbMS). وتتيح هذه الطريقة التثبيط الجهازِي لـ microRNA مستهدف، مما يسمح للباحثين بدراسة دوره في نمو النبات من خلال تغيرات ظاهرية يمكن ملاحظتها.

المصدر: Esposito, A. M.,et al. مقايسة اندماج الغشاء الفيروسي عالية الإنتاجية المنشطة بـ Cre-Lox لتحديد مثبطات اندماج الغشاء الفيروسي لـ HIV-1. J. Vis. Exp. (2018)يوضح هذا الفيديو مقايسة فلورية للزراعة المشتركة لمراقبة الانتقال الفيروسي من خلية إلى أخرى. وتستخدم هذه المقايسة كاسيت مراسل من اللون الأحمر إلى الأخضر لتصوير اندماج الغشاء الفيروسي وتقييم فعالية المركبات المختبرة في منع دخول الفيروس.

المصدر: Yates, J. G. E., et al. إنتاج فيروس مرض نيوكاسل المؤتلف عالي العيار من السائل السلوي. J. Vis. Exp. (2022)يوضح الفيديو عملية تنقية وتركيز الجسيمات الفيروسية من السائل السلوي المصفى الذي تم جمعه من بيض الدجاج الملقح والمصاب بالفيروس. كما يستعرض سلسلة من خطوات الترشيح والفصل، بما في ذلك الترشيح العميق، والترشيح بالتدفق المماسي، والطرد المركزي الفائق بتدرج الكثافة لعزل الفيروسات السليمة. بعد ذلك، يتم إجراء ديالة للجزء الغني بالفيروسات لإزالة الأملاح المتبقية ومكونات التدرج عن طريق الانتشار،...

Source: Zhang, L., et al. Immunofluorescent Labeling of Plant Virus and Insect Vector Proteins in Hemipteran Guts. J. Vis. Exp. (2021)The video demonstrates the preparation of gut tissue from a plant virus–infected insect vector for fluorescence imaging. Fixed guts were washed, permeabilized, and incubated with two fluorescent antibodies in a blocking solution—one targeting a viral antigen in vesicles, the other a vesicle-associated membrane protein. The tissue was counterstained for actin...

Source: Schaeffer, J. W., Chandler, et al. Detection of Viruses from Bioaerosols Using Anion Exchange Resin. J. Vis. Exp. (2018).This video demonstrates the detection of viruses from bioaerosols using an anion exchange resin. A liquid impinger containing the resin is used to capture viruses from the air. The resin is collected and treated with a virus lysis buffer containing carrier RNA. The lysate is transferred to a microcentrifuge tube for viral RNA isolation, followed by qRT-PCR to amplify...

Source: Yuan, M., et al. A Simple and Efficient Approach to Construct Mutant Vaccinia Virus Vectors. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the process of performing a fluorescent plaque assay using recombinant vaccinia virus encoding red fluorescent protein (RFP) in fibroblast cells, followed by plaque isolation and purification for further analysis.

Source: Williams, S. M. et al. Novel Atomic Force Microscopy Based Biopanning for Isolation of Morphology Specific Reagents against TDP-43 Variants in Amyotrophic Lateral Sclerosis. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates tapping-mode AFM to visualize phage–antigen interactions on a mica surface. It outlines the steps for antigen immobilization, phage binding, and high-resolution nanoscale imaging.

Source: DeMarino, C., et al. Purification of High Yield Extracellular Vesicle Preparations Away from Virus. J. Vis. Exp. (2019)The video demonstrates the separation of EVs from virions and other contaminants by density gradient centrifugation, followed by capture and concentration with hydrogel nanoparticles. Washed fractions are then ready for downstream identification of those enriched in EVs.

Source: Van Lidth de Jeude, J. F., et al. A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the processing of lentivirus-transduced mouse intestinal organoids for paraffin embedding, to enable their downstream analysis for assessing gene expression.

Source: Chen, H. et. al. Live Cell Imaging of the TGF-β/Smad3 Signaling Pathway In Vitro and In Vivo Using an Adenovirus Reporter System. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the preparation of luciferase-expressing breast cancer cells using recombinant adenoviruses for in vivo imaging.

Source: Ren, S., et al. A Protocol for Analyzing Hepatitis C Virus Replication. J. Vis. Exp. (2014).This video demonstrates an immunofluorescence-based method to detect Hepatitis C virus replication in infected hepatoma cells. The protocol involves cell fixation, antibody staining for viral protein and double-stranded RNA, and visualization using fluorophore-tagged secondary antibodies. Dual signal detection under a fluorescence microscope confirms active viral replication within the host cells.

Source: Stauffer, S. et al. In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the pH-dependent disassembly of influenza A virus (IAV) cores using gradient ultracentrifugation. It outlines glycerol gradient preparation, ultracentrifugation, and how different pH conditions affect IAV core disassembly.

Source: Philip, A. A., et al., Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the isolation of rotavirus double-stranded RNA from clarified cell lysates. It further illustrates the separation and visualization of genome segments through polyacrylamide gel electrophoresis.

Source: Philip, A. A., et. al., Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates a plaque assay technique to monitor rotavirus infection in epithelial cells. Trypsin activation enhances viral entry, and staining highlights viable cells, enabling visualization of infection-induced plaques.

Source: Stauffer, S. et al., In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the effect of pH on the solubilization of influenza A viral cores. Gel electrophoresis and protein staining reveal the progressive disassembly of the core structure under acidic conditions.

Source: Moore, M. D., et al. Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity. J. Vis. Exp. (2017)The video demonstrates a protocol for monitoring the heat-induced aggregation of virus-like particles using dynamic light scattering (DLS). It begins with preparing a monodisperse suspension of purified particles. The sample is then loaded into a preheated DLS instrument. As the capsid proteins denature with heat, exposed hydrophobic regions cause particle...

Source: Tran, B. N., et. al. High-throughput Confocal Imaging of Quantum Dot-Conjugated SARS-CoV-2 Spike Trimers to Track Binding and Endocytosis in HEK293T Cells. J. Vis. Exp. (2022)This video demonstrates the use of quantum dot–conjugated spike protein (QD-Spike) to visualize dose-dependent viral entry in ACE2-GFP–expressing cells. Confocal imaging captures the internalization of QD-Spike via receptor-mediated endocytosis, modeling early coronavirus entry.

Source: Mateer, E., et al., Confocal Imaging of Double-Stranded RNA and Pattern Recognition Receptors in Negative-Sense RNA Virus Infection. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the confocal imaging of viral double-stranded RNA (dsRNA) and cytoplasmic pattern recognition receptors (PRRs) in virus-infected epithelial cells. It highlights how antibody-based fluorescent labeling reveals the interaction between viral replication intermediates and host immune sensors.

Source: Xu, C., et al. An Efficient and Simple Method to Establish NK and T Cell Lines from Patients with Chronic Active Epstein-Barr Virus Infection. J. Vis. Exp. (2018).This video demonstrates the phenotyping of EBV-infected T and NK cell lines using flow cytometry, highlighting the preparation, antibody staining, and analysis steps to identify lineage-specific surface markers. It shows how marker profiles confirm distinct T-cell and NK-cell populations.

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp.(2015)This video demonstrates the isolation of bacteriophages from a soil sample. A soil sample is collected and suspended in a phage buffer and allowed to settle the sediment. The extract is filtered, and nutrients are added. A vacuum filtration is done to remove microbial contaminants. The filtrate with phages is aliquoted into flasks, and...

Source: Allaire, A., et al. Immunofluorescence to Monitor the Cellular Uptake of Human Lactoferrin and its Associated Antiviral Activity Against the Hepatitis C Virus. J. Vis. Exp. (2015).The video demonstrates the procedure for preparing cells to assess the intracellular uptake and activity of an antiviral agent against the hepatitis C virus.

Source: Olety, B., et. al., Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes. J. Vis. Exp. (2016)This study demonstrates a fluorescence-based assay to observe the membrane-binding behavior of human immunodeficiency virus type-1 structural protein. Using synthetic giant unilamellar vesicles as model membranes, the assay visualizes protein recruitment and assembly, mimicking early steps of viral particle formation.

Source: Lê-Bury, G., et al. Phagosome Migration and Velocity Measured in Live Primary Human Macrophages Infected with HIV-1. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates live confocal imaging of HIV-1-infected human macrophages to visualize and quantify phagosome migration using GFP fluorescence and bright field tracking, providing insights into how HIV alters intracellular trafficking during Fc receptor–mediated phagocytosis.

المصدر: Vacca, O., et al. استخدام الفيروس المرتبط بالغدة (Adeno-associated Virus) كأداة لدراسة الحواجز الشبكية في المرض. J. Vis. Exp. (2015)يوضح هذا الفيديو الإجراء التفصيلي لتحضير المقاطع التجميدية لشبكية فأر لتصور نفاذية الفيروس المرتبط بالغدة (adeno-associated virus) عبر الحواجز الشبكية المتضررة.

المصدر: Moore, M. D., et al. طرق بديلة في المختبر لتحديد السلامة الهيكلية للقفيصة الفيروسية. J. Vis. Exp.(2017).يوضح هذا الفيديو كيفية معالجة القفيصات الفيروسية المنقاة حرارياً، وتحضيرها، وتصويرها باستخدام المجهر الإلكتروني النافذ (TEM) للكشف عن التغيرات الهيكلية والتلف الناجم عن الحرارة.

المصدر: Shah, R., et al. التصوير الفلوري المتعدد للخلية الواحدة لتصور الأحماض النووية والبروتينات الفيروسية ومراقبة العدوى بفيروسات HIV و HTLV و HBV و HCV وفيروس زيكا والإنفلونزا. J. Vis. Exp. (2020)يوضح هذا الفيديو التصوير المتزامن للحمض النووي DNA، والحمض النووي RNA، وبروتين القفيصة للفيروس HIV-1 في اللمفاويات البشرية المصابة باستخدام تهجين DNA المتفرع والفلورة المناعية، مما يتيح تحليلاً مفصلاً لمراحل التكاثر الفيروسي داخل الخلايا الفردية.

المصدر: بوهل، م. أو. وستيرتز، س. قياس التصاق واندماج فيروس الإنفلونزا أ في خلايا A549 باستخدام قياس التدفق الخلوي. J. Vis. Exp. (2015)يوضح هذا الفيديو استخدام مقايسة حجب الستريبتفيدين للتمييز بين فيروس الإنفلونزا المرتبط بالسطح والفيروس الذي تم استيعابه داخلياً في الخلايا الظهارية للرئة البشرية. وتظهر مقارنة إشارات الفلورة أن الشدة الأعلى بعد الحضن تشير إلى نجاح الاستيعاب الداخلي للفيروس.

المصدر: Niu, Y. D., وآخرون. تقييم فعالية العاثيات (البكتيريوفاج) في المكافحة الحيوية لمسببات الأمراض المنقولة بالغذاء عبر إعدادات عالية الإنتاجية. J. Vis. Exp. (2021)يوضح هذا الفيديو مقايسة تعتمد على الأطباق الدقيقة لتقييم النشاط التحليلي لخليط من العاثيات ضد مستنبتات بكتيرية من E.coli. كما يسلط الضوء على كيفية كشف التغيرات في الكثافة الضوئية عن فاعلية العاثيات والتركيز اللازم للتثبيط البكتيري...

المصدر: ديمبوفسكي، ج. أ.، ديلوكا، ن. أ. تنقية الحمض النووي الفيروسي لتحديد البروتينات الفيروسية والخلوية المرتبطة به. مجلة التجارب المرئية (2017)يوضح هذا الفيديو عملية إصابة خلايا ثديية في طور السكون بفيروس HSV-1 (الفيروس القهري البسيط-1)، يليها تضاعف الجينوم الفيروسي باستخدام آليات التضاعف الخاصة بالعائل والفيروس. يتم دمج نظير نوكليوزيد اصطناعي في الحمض النووي الفيروسي المُصنع حديثًا لوسم الجينومات المتضاعفة، والتي يتم عزلها لاحقًا لإجراء تحليل بروتومي للبروتينات الفيروسية وبروتينات العائل...

الإنتاج واسع النطاق للنواقل الفيروسية المشتقة من الفيروسات المرتبطة بالغدة (ناقل...

المصدر: Bou Khalil, J. Y., et al. استراتيجية سريعة لعزل فيروسات Faustoviruses جديدة من عينات بيئية باستخدام Vermamoeba vermiformis. J. Vis. Exp. (2016).يوضح هذا الفيديو تصوير جزيئات فيروس Faustovirus من مزرعة أميبا مصابة باستخدام المجهر الإلكتروني النافذ. ويتناول الفيديو تحضير الشبكة، والتصبيغ السلبي باستخدام موليبدات الأمونيوم لتعزيز التباين، ورؤية الفيروس تحت المجهر. وينتهي البروتوكول بقياس حجم Faustovirus باستخدام أدوات البرمجيات المدمجة في المجهر.

المصدر: Vallery, T. K. & Steitz, J. A. التهجين الموضعي الفلوري الكمي (FISH) والومضان المناعي (IF) لنواتج جينية محددة في الخلايا المصابة بفيروس KSHV. J. Vis. Exp. (2019)يوضح هذا الفيديو تقنية التهجين الموضعي المتألق لتصوير الحمض النووي الريبوزي (RNA) الفيروسي في الخلايا المصابة بالفيروس. كما يستعرض الخطوات المتبعة في تهجين المسبار، وتضخيم الإشارة، والتصوير المجهري البؤري.

المصدر: Rghei, A. D., et al. إنتاج ناقلات الفيروس المرتبط بالغدّة في مصفوفات خلوية للدراسات قبل السريرية في نماذج الحيوانات الكبيرة. J. Vis. Exp. (2021)يوضح الفيديو عملية تنقية ناقلات الفيروس المرتبط بالغدة (AAV) المؤتلف من محلل المضيف الخام باستخدام مصفوفة ألفة تعتمد على الهيبارين. ترتبط الجسيمات الفيروسية بالهيبارين المثبت، بينما يتم غسل الشوائب وإزالتها. ويقوم محلول منظم عالي الملوحة بتحرير الفيروسات السليمة، والتي تُجمع في أجزاء مخصبة. يتم بعد ذلك تركيز هذه الأجزاء عن طريق الطرد المركزي...

Source: Rustad, M., et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the synthesis of bacteriophages using a cell-free transcription–translation (TXTL) system. A master mix is prepared using a bacterial crude extract, an energy mix, an amino acid mix, an inhibitor for a DNA-degrading enzyme, and bacteriophage DNA, then incubated. The in vitro molecular machinery enables viral protein expression and DNA...

Source: Jamieson, T. R., et al. Detection of SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies using High-Throughput Fluorescent Imaging of Pseudovirus Infection. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the procedure for infecting mammalian cells with green fluorescent protein (GFP)-encoding pseudovirus, monitoring viral replication and spread by fluorescence microscopy, and collecting virus-containing supernatant for downstream applications.

Source: Yuan, M., et al. A Simple and Efficient Approach to Construct Mutant Vaccinia Virus Vectors. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the expansion of plaque-derived recombinant virus in adherent mammalian cells. The virus carries a fluorescent reporter in place of a virulent gene, enabling infection tracking. Infected cells are harvested for PCR verification of the genetic modification.

Source: Liu, P., et al. Use of a Recombinant Mosquito Densovirus As a Gene Delivery Vector for the Functional Analysis of Genes in Mosquito Larvae. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the process of isolating recombinant Aedes aegypti densovirus (rAaeDV) from infected mosquito-derived epithelial cells. The infected cells are collected and exposed to repeated freeze-thaw cycles for lysis. Lysate is centrifuged, and the supernatant containing viral particles is filtered, aliquoted, and...

Source: Philip, A. A., et al. Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the recovery of recombinant rotavirus by transfecting plasmids encoding viral genome segments into hamster kidney cells, followed by amplification in monkey epithelial cells, enabling studies of rotavirus biology, replication, and vaccine development.

Source: Prasad, M. et al. In Vitro Establishment of a Genetically Engineered Murine Head and Neck Cancer Cell Line using an Adeno-Associated Virus-Cas9 System. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in vitro transformation of murine epithelial cells through viral delivery of Cre recombinase and mutation-inducing components. It outlines the steps for Cas9 activation, cancer-gene modification, and the establishment of a tumorigenic murine cell line.

Source: Ehrke-Schulz, E., et al. Cloning and Large-Scale Production of High-Capacity Adenoviral Vectors Based on the Human Adenovirus Type 5. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the large-scale amplification of high-capacity adenoviral vectors in suspension-adapted human embryonic kidney cells expressing Cre recombinase for use in gene delivery applications requiring high-titer, helper-free vector preparations.

المصدر: Nishitsuji, H., et al. تطوير نظام مراسل لفيروس التهاب الكبد B لمراقبة المراحل المبكرة من دورة التضاعف. J. Vis. Exp. (2017)يوضح هذا الفيديو كيفية إنتاج وتنقية جزيئات فيروس التهاب الكبد B المؤتلف، مما يتيح تحضير مستحضرات فيروسية آمنة وناقصة التضاعف لدراسة أحداث العدوى المبكرة ولتطبيقات الفحص عالي الإنتاجية للأدوية المضادة للفيروسات.

المصدر: Liu, P., et al. استخدام فيروس دنزو للبعوض المؤشب كناقل لتوصيل الجينات للتحليل الوظيفي للجينات في يرقات البعوض. J. Vis. Exp. (2017)يوضح هذا الفيديو استخدام فيروسات الدنسو المعاد تركيبها للبعوض والتي تشفر microRNA لإسكات جينات محددة في يرقات البعوض. وتنتج اليرقات المصابة في الأعمار المبكرة microRNAs وظيفية تعمل على تثبيط تعبير الجينات المستهدفة لإجراء الدراسات اللاحقة.

المصدر: إيغرز، سي. إتش. التلاعب الجيني بوساطة العاثيات للملولبة Borrelia burgdorferi المسببة لداء لايم. J. Vis. Exp. (2022).يوضح هذا الفيديو عملية نقل الجينات لـسبيروكيتات Borrelia المعدلة وراثياً باستخدام عاثيات بكتيرية غير معدية، مرسبة بواسطة البولي إيثيلين جلايكول، وتحمل بلازميد مقاوم للكاناميسين. بعد التحضين مع البكتيريا، يتم زرع المزرعة على وسط مضاف إليه مضادات حيوية، حيث تنجو فقط الخلايا التي استقبلت البلازميد وتكون مستعمرات. يتم بعد ذلك اختيار هذه المستعمرات وتكثيرها في وسط سائل يحتوي...

المصدر: Van Lidth de Jeude, J. F., et al. بروتوكول لنقل الفيروسات lentiviral والتحليل اللاحق للعضويات المعوية. J. Vis. Exp. (2015)يصف هذا الفيديو عملية عفن الفيروسات lentiviral لعضوانيات الأمعاء الفأرية من معلق يحتوي على بنية شبيهة بالخبايا. وباستخدام مصفوفة الغشاء القاعدي كدعامة وأوساط مضاف إليها عوامل النمو، يتم إدخال ناقلات lentiviral لتمكين التكامل الجيني...

المصدر: Chen, H., et al. تصوير الخلايا الحية لمسار إشارات TGF-β/Smad3 في المختبر وفي الكائن الحي باستخدام نظام مراسل للفيروس الغدي. J. Vis. Exp. (2018).يوضح هذا الفيديو طريقة لدراسة تفعيل مسار SMAD في خلايا سرطان الثدي باستخدام العدوى الفيروسية الغدية المزدوجة. يقوم أحد الفيروسين بنقل جين GFP المعبر عنه بشكل مستمر، بينما يحمل الفيروس الآخر مراسل RFP تحت محفز حساس لـ SMAD. وعند تحفيز TGF-beta، يتم تفعيل بروتينات SMAD، مما يؤدي إلى تكوين معقد يحفز تعبير RFP. ويؤكد الكشف عن الإشارات المزدوجة في...

المصدر: Meister, T. L., et al. نموذج زراعة خلوية لإنتاج مخزونات عالية العيار من فيروس التهاب الكبد E. J. Vis. Exp. (2020).يوضح هذا الفيديو عملية عزل جزيئات فيروس التهاب الكبد E (HEV) من خلايا سرطان الخلايا الكبدية البشرية المنقولة جينياً. يتم جمع الجزيئات الفيروسية خارج الخلوية من السوائل الطافية المُرشحة، بينما يتم تحرير الجزيئات داخل الخلوية عن طريق إخضاع الخلايا لدورات متكررة من التجميد والإذابة. يتم طرد المستخلص مركزياً، ثم تُقسم السوائل الطافية التي تحتوي على جزيئات HEV إلى حصص وتُخزن في...

المصدر: Rim, Y. A., et al. توليد الخلايا الجذعية المستحثة متعددة القدرات من خلايا الدم باستخدام فيروس سينداي والطرد المركزي. J. Vis. Exp. (2016).يوضح هذا الفيديو كيفية توليد الخلايا الجذعية المستحثة متعددة القدرات (iPSCs) من الخلايا أحادية النواة في الدم المحيطي البشري باستخدام إعادة البرمجة بوساطة فيروس سينداي. تعمل عوامل النسخ الفيروسية على تنشيط شبكات تعدد القدرات وتثبيط جينات السلالة، مما يسمح لمجموعة فرعية من الخلايا باكتساب خصائص الالتصاق وتكوين مستعمرات من الخلايا الجذعية المستحثة متعددة...

المصدر: إيركي-شولتز، إي.، وآخرون. استنساخ والإنتاج واسع النطاق لنواقل الفيروس الغداني عالية السعة القائمة على الفيروس الغداني البشري من النوع 5. J. Vis. Exp. (2016)يوضح هذا الفيديو عملية تنقية النواقل الغدانية عالية السعة باستخدام الطرد المركزي الفائق بتدرج كلوريد السيزيوم، مما يتيح فصل الفيروسات التي تحتوي على الجينوم لاستخدامها في تطبيقات إيصال الجينات، وتوصيف النواقل، والدراسات العلاجية قبل...

المصدر: Lu, A., et al. التعبير عن الجينات المنقولة الفيروسية في قلوب القوارض وتقييم مخاطر عدم انتظام ضربات القلب. J. Vis. Exp. (202)يوضح الفيديو طريقة للحقن داخل عضلة القلب الموجه بالموجات فوق الصوتية لناقل فيروسي مؤتلف في نموذج فأر. تتيح هذه التقنية إيصال الجينات المستهدفة إلى القلب لدراسة آثار تعبير الجينات المنقولة على الوظيفة القلبية.

المصدر: Hiller, T., et al. دراسة الناقلات الفيروسية في نموذج كبدي ثلاثي الأبعاد تمت إعادة استيطانُه باستخدام خط خلايا سرطان الخلايا الكبدية البشرية HepG2. J. Vis. Exp., (2016)يوضح هذا الفيديو عملية توصيل الجينات بوساطة الفيروس المرتبط بالغدة (AAV) في سِقالة كبد جرذ مأنسن. يقوم الناقل بتوصيل جين خارجي يشفر لبروتين تقرير فلوري وحمض نووي ريبوزي مُسكت للجينات إلى خلايا الكبد عبر عملية الإدخال الخلوي بوساطة المستقبلات. ويدعم هذا النموذج عملية ترنسدكشن فعالة في نظام أنسجة كبد ثلاثي الأبعاد يتم ترويته.

يتم استزراع خلايا سرطان القولون HCT116 وخلايا سرطان الثدي MDA-MB-231 بكثافة 50,000 خلية/بئر في وسط Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM) المكمل بـ 10% مصل بقري جنيني (FBS) و1% بنسيلين/ستربتومايسين (Pen/Strep) في طبق يحتوي على 12 بئراً. تُحضن الخلايا عند درجة حرارة 37 درجة مئوية وبتركيز 5% من ثاني أكسيد الكربون (CO2) حتى تصل نسبة تلاقي الخلايا إلى 60 - 70%.

قم بتحضير محلول بولي إيثيلين إيمين (PEI) خطي بتركيز 1 ميكروجرام/ميكرولتر. أذب مسحوق PEI في ماء مقطر (dH2O) خالٍ من الإندوتوكسين تم تسخينه إلى 70-80 درجة مئوية. بعد التبريد إلى درجة حرارة الغرفة (RT)، قم بمعادلة المحلول إلى pH 7.0 باستخدام حمض الهيدروكلوريك (HCl) بتركيز 1 مولار. قم بتعقيم المحلول بالترشيح (0.22 ميكرومتر). قسم المحلول المخزون من PEI بتركيز 1 ميكروجرام/ميكرولتر إلى حصص (1,40 ميكرولتر/أنبوب) واحفظ المحلول عند -20 درجة مئوية.

Source: Chang, X., et al. Preparation of Pseudo-Typed H5 Avian Influenza Viruses with Calcium Phosphate Transfection Method and Measurement of Antibody Neutralizing Activity. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates a luciferase-based pseudovirus titration assay to determine the optimal target cell density for maximum infection. By comparing luminescence across cell densities, the method ensures high assay sensitivity and reproducibility for downstream applications.

Source: Chang, X., et al. Preparation of Pseudo-Typed H5 Avian Influenza Viruses with Calcium Phosphate Transfection Method and Measurement of Antibody Neutralizing Activity. J. Vis. Exp. (2021).This video demonstrates a luciferase-based assay to quantify pseudovirus infection in epithelial cells. The pseudovirus encodes the luciferase gene, which is expressed in infected cells. After washing, and cells are incubated with lysis buffer at an ultra-low temperature, and then thawed to induce lysis.

Source: Klaus, J. P. et al. Highly Sensitive Assay for Measurement of Arenavirus-cell Attachment. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the extraction of viral RNA from surface-bound virions on epithelial cells using silica spin columns. The method includes chemical lysis, RNA stabilization, and membrane-based purification for downstream quantification of virus-cell attachment.

Source: Ren, S., et al. A Protocol for Analyzing Hepatitis C Virus Replication. J. Vis. Exp. (2014).This video demonstrates the procedure for quantifying Hepatitis C viral RNA using quantitative reverse transcription PCR to measure viral load in infected cell cultures.

Source: Kadoya, S., Sano, D. Assays for the Specific Growth Rate and Cell-binding Ability of Rotavirus. J. Vis. Exp. (2019).This video demonstrates the use of a plaque assay to assess the rotavirus growth curve. The method involves infecting host cells with diluted virus, overlaying with agarose to restrict spread, and staining to visualize plaques formed by viral replication. By counting plaque-forming units at defined time points, the resulting growth curve reveals the lag, exponential, and...

Source: Fout, G. S., Cashdollar, J. L. EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the use of a total culturable virus assay to quantify infectious viruses in water samples. It outlines host cell inoculation, observation of cytopathic effect, and statistical quantification of infectious virus concentration.

Source: Scarborough, R. J., et al. Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates a reverse transcriptase (RT) assay to assess the effect of a test RNA on virus-like particle (VLP) production. Cells are co-transfected with plasmids, and RT activity is measured as a quantitative indicator of VLP output. A decrease in RT activity reflects suppression of viral gene expression by the test RNA.

Source: Manocheewa, S., et al. Pairwise Growth Competition Assay for Determining the Replication Fitness of Human Immunodeficiency Viruses. J. Vis. Exp. (2015)The video demonstrates the procedure for a growth competition assay to measure the relative replication fitness of two viral strains by comparing their replication in human immune cells.

المصدر: Vijayraghavan, S., et al. بروتوكول لإنتاج نواقل فيروسية بطيئة (Lentiviral Vectors) ناقصة الإنزيم الدمجي من أجل تعطيل الجينات بوساطة CRISPR/Cas9 في الخلايا المنقسمة. J. Vis. Exp. (2017).يوضح هذا الفيديو استخدام مقايسة ELISA لبروتين p24 لتقدير العيارات الفيروسية للنواقل الفيروسية البطيئة (lentiviral vectors). تتضمن المقايسة تحلل الجزيئات الفيروسية لتحرير p24، ثم التقاطه باستخدام أجسام مضادة نوعية، والكشف عنه بواسطة نظام مرتبط بإنزيم البيروكسيديز الذي ينتج تغيراً لونياً يمكن قياسه. ويتم...

المصدر: Krishnamurthi, R., et al. فهم تأثير العاثيات المعتدلة على مستعمراتها الليزوجينية من خلال الترانسكريبتوميات. J. Vis. Exp. (2024).يوضح هذا الفيديو التعداد الزمني للحث العفوي للعواقم في بكتيريا Pseudomonas aeruginosa المحولة ليزوجينياً، وذلك من خلال قياس الخلايا البكتيرية الحية (CFUs) وجسيمات العواقم المعدية (PFUs) بمرور الوقت. ومن خلال أخذ عينات في فترات زمنية محددة أثناء النمو وتحليل تكوين المستعمرات واللقاحات، تكشف هذه الطريقة عن الوقت الذي يكون فيه الحث العفوي في حده الأدنى. وهذا يتيح...

Source: Frias-De-Diego and A., Crisci, E. Use of Crystal Violet to Improve Visual Cytopathic Effect-based Reading for Viral Titration using TCID50 Assays. J. Vis. Exp., (2022)This video demonstrates a crystal violet staining method to visualize cytopathic effects in virus-infected cell cultures. The pattern of stained and unstained wells across serial dilutions enables rapid, cost-effective estimation of the viral infectious dose.